[日本語] English
万見
- PDB-8pjh: Crystal structure of human insulin desB30 precursor with an Aspar... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pjh
タイトルCrystal structure of human insulin desB30 precursor with an Aspartate-Glycine-Lysine C-peptide in dimer (T2) conformation
要素Insulin
キーワードHORMONE / insulin / precursor / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone activity / glucose metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schluckebier, G. / Johansson, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Not funded デンマーク
引用ジャーナル: Trends Biotechnol / 年: 2024
タイトル: Molecular engineering of insulin for recombinant expression in yeast.
著者: Kjeldsen, T. / Andersen, A.S. / Hubalek, F. / Johansson, E. / Kreiner, F.F. / Schluckebier, G. / Kurtzhals, P.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0001
ポリマ－6,0001
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Insulin

A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0002
ポリマ－12,0002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_455-x-1/2,y,-z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.100, 78.100, 78.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

HOH

21A-163-

HOH

31A-165-

HOH

41A-167-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Insulin


分子量: 5999.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P67973
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: TBD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月9日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→99 Å / Num. obs: 72811 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.26 / Net I/av σ(I): 15.7 / Net I/σ(I): 45.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1250 / Χ2: 1.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20000.93データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→14.26 Å / SU ML: 0.0861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 616 4.83 %
Rwork0.1719 12134 -
obs0.1723 12750 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→14.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数418 0 0 68 486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1413617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.010480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.512366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.650.24681740.22283005X-RAY DIFFRACTION99.94
1.65-1.890.20321490.19513007X-RAY DIFFRACTION100
1.89-2.380.17391520.17313059X-RAY DIFFRACTION100
2.38-14.260.17341410.16263063X-RAY DIFFRACTION97.3
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.2391038276 Å / Origin y: -0.765479047723 Å / Origin z: 9.15692256171 Å
111213212223313233
T0.204635608908 Å2-0.00592210633226 Å20.0207705175243 Å2-0.211263957805 Å2-0.0265466972804 Å2--0.184814931126 Å2
L2.85109111952 °2-0.309062334226 °2-0.167844679844 °2-1.70204155419 °20.0809777096213 °2--4.79880031991 °2
S-0.0057694312883 Å °-0.168345777795 Å °0.11259966164 Å °0.198321518686 Å °0.0773147529879 Å °-0.147163236313 Å °-0.163706672535 Å °0.228432147807 Å °-0.0414272669448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る