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万見
- PDB-8pjc: Crystal structure of human insulin desB30 precursor with an Alani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pjc
タイトルCrystal structure of human insulin desB30 precursor with an Alanine-Alanine-Lysine C-peptide in dimer (T2) conformation
要素Insulin
キーワードHORMONE / insulin / precursor / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone activity / glucose metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Schluckebier, G. / Johansson, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Not funded デンマーク
引用ジャーナル: Trends Biotechnol / 年: 2024
タイトル: Molecular engineering of insulin for recombinant expression in yeast.
著者: Kjeldsen, T. / Andersen, A.S. / Hubalek, F. / Johansson, E. / Kreiner, F.F. / Schluckebier, G. / Kurtzhals, P.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9701
ポリマ－5,9701
非ポリマー00
水61334
1
A: Insulin

A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9402
ポリマ－11,9402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area1130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.874, 77.874, 77.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-134-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Insulin


分子量: 5969.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P67973
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: TBD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月17日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→99 Å / Num. obs: 4325 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.97 % / Biso Wilson estimate: 28.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.45 / Net I/av σ(I): 25 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Num. unique obs: 1073 / Χ2: 1.49 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20000.93データ削減
HKL-20000.93データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.14→18.36 Å / SU ML: 0.1421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1606
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 203 4.69 %
Rwork0.1736 4122 -
obs0.1752 4325 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→18.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数416 0 0 34 450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7458575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051863
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.867158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.220.3154220.2213384X-RAY DIFFRACTION90.02
2.22-2.310.1938210.1752415X-RAY DIFFRACTION98.64
2.31-2.410.2568180.1831416X-RAY DIFFRACTION98.86
2.41-2.540.2106230.1891400X-RAY DIFFRACTION97.69
2.54-2.70.2052210.1604417X-RAY DIFFRACTION96.9
2.7-2.90.2056180.1731394X-RAY DIFFRACTION95.37
2.91-3.20.2506190.1573410X-RAY DIFFRACTION95.12
3.2-3.650.1783190.1697401X-RAY DIFFRACTION96.55
3.65-4.590.159200.1567439X-RAY DIFFRACTION99.14
4.6-18.360.2316220.1917446X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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