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- PDB-8pii: VHH Z70 mutant 3 in interaction with PHF6 Tau peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pii
タイトルVHH Z70 mutant 3 in interaction with PHF6 Tau peptide
要素
  • Microtubule-associated protein tau
  • VHH Z70 Mutant 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH / nanobody / complex / Tau
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / enzyme inhibitor activity / nuclear periphery / stress granule assembly / protein phosphatase 2A binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / Hsp90 protein binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / synapse organization / regulation of synaptic plasticity / regulation of autophagy / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / neuron projection development / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell body / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / dendritic spine / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Dupre, E. / Mortelecque, J. / NGuyen, M. / Hanoulle, X. / Landrieu, I.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE44-0016 フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-11-LABX-01 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A selection and optimization strategy for single-domain antibodies targeting the PHF6 linear peptide within the tau intrinsically disordered protein.
著者: Mortelecque, J. / Zejneli, O. / Begard, S. / Simoes, M.C. / ElHajjar, L. / Nguyen, M. / Cantrelle, F.X. / Hanoulle, X. / Rain, J.C. / Colin, M. / Gomes, C.M. / Buee, L. / Landrieu, I. / Danis, C. / Dupre, E.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_validate_planes / struct
Item: _citation.title / _pdbx_validate_planes.type / _struct.title
改定 1.22024年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.32024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VHH Z70 Mutant 3
B: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2052
ポリマ－15,2052
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.435, 135.435, 35.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 VHH Z70 Mutant 3


分子量: 13744.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1460.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 % / 解説: hexagonal rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 4.5% isopropanol, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→44.33 Å / Num. obs: 8432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.1-44.3329.50.0581870.9990.0130.06
2.35-2.4340.22.2277890.9470.492.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
REFMAC5.8.0415精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.729 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 398 4.728 %
Rwork0.2003 8020 -
all0.203 --
obs-8418 99.964 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.119 Å20.559 Å20 Å2
2--1.119 Å20 Å2
3----3.629 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 0 0 30 946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.011941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.6641270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4991.5711925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2825120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.30255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16410143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.3771041
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2070.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0670.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2794.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2844.211486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4517.51604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4487.513605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.254.614455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2454.618456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8178.214666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.8128.216667
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.0440.028989
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.03940.039989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.4110.249290.249562X-RAY DIFFRACTION100
2.411-2.4770.365260.255563X-RAY DIFFRACTION100
2.477-2.5480.258270.246564X-RAY DIFFRACTION100
2.548-2.6260.299320.225509X-RAY DIFFRACTION100
2.626-2.7120.223290.196518X-RAY DIFFRACTION100
2.712-2.8070.322290.198487X-RAY DIFFRACTION100
2.807-2.9130.258180.195492X-RAY DIFFRACTION100
2.913-3.0310.254250.207467X-RAY DIFFRACTION100
3.031-3.1650.33220.202449X-RAY DIFFRACTION100
3.165-3.3190.237140.188438X-RAY DIFFRACTION100
3.319-3.4970.25230.188420X-RAY DIFFRACTION100
3.497-3.7080.285170.181385X-RAY DIFFRACTION100
3.708-3.9620.175180.186377X-RAY DIFFRACTION100
3.962-4.2770.331140.177349X-RAY DIFFRACTION100
4.277-4.680.184200.155322X-RAY DIFFRACTION100
4.68-5.2260.173190.168292X-RAY DIFFRACTION100
5.226-6.020.26110.224272X-RAY DIFFRACTION100
6.02-7.3390.80590.258235X-RAY DIFFRACTION100
7.339-10.240.38460.217193X-RAY DIFFRACTION100
10.24-44.330.264100.306126X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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