PDB-8pie: Crystal structure of the human nucleoside diphosphate kinase B do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pie

タイトル

Crystal structure of the human nucleoside diphosphate kinase B domain in complex with the product AT-8500 formed by catalysis of compound AT-9010

要素

Nucleoside diphosphate kinase B

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermis development / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Ribavirin ADME / G-quadruplex DNA binding / nucleoside-diphosphate kinase / positive regulation of keratinocyte differentiation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Feracci, M. / Chazot, A. / Ferron, F. / Alvarez, K. / Canard, B.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: The activation cascade of the broad-spectrum antiviral bemnifosbuvir characterized at atomic resolution.
著者: Chazot, A. / Zimberger, C. / Feracci, M. / Moussa, A. / Good, S. / Sommadossi, J.P. / Alvarez, K. / Ferron, F. / Canard, B.

履歴

登録	2023年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pie.cif.gz	380.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pie.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ptsC 8pwkC 8qchC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.51093/xrd-00152 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase B

B: Nucleoside diphosphate kinase B

C: Nucleoside diphosphate kinase B

D: Nucleoside diphosphate kinase B

E: Nucleoside diphosphate kinase B

F: Nucleoside diphosphate kinase B

ヘテロ分子

120 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.190, 120.313, 71.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.154, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 6 - 156 / Label seq-ID: 21 - 171

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase B / NDK B / NDP kinase B / C-myc purine-binding transcription factor PUF / Histidine protein kinase NDKB / nm23-H2 分子量: 19547.240 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME2, NM23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22392, nucleoside-diphosphate kinase, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-7QT / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate / AT-8500 分子量: 459.218 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆FN₅O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: mixing 1:1 ration with precipitant solution composed of: -50mM Tris-HCl pH8.4 -12% PEG3350 -16% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98010736891201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98010736891201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.68 Å / Num. obs: 67263 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.0552 / Net I/σ(I): 8.61
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 6623 / CC_1/2: 0.793 / R_pim(I) all: 0.3295 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→49.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.633 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	3342	4.969 %
R_work	0.1724	63919	-
all	0.174	-	-
obs	-	67261	98.902 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.471 Å²	-0 Å²	-0.662 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7284	0	180	402	7866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	7647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.05	1.663	10368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.699	1.577	16757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.536	5	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.869	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.026	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.821	10	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.857	10	342
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	8713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	6684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.243	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.453	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.336	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.321	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.881	2.146	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.881	2.146	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.578	3.838	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.578	3.838	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.694	2.901	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.694	2.901	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.248	5.111	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.247	5.112	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.374	23.306	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.362	23.178	8573
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.067	0.05	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.07	0.05	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	4949
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.067	0.05	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.064	0.05	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.069	0.05	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.075	0.05	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.058	0.05	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.074	0.05	4976
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.073	0.05	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.071	0.05	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.055	0.05	4992

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06258	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06258	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06569	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06569	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06744	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06744	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06681	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06681	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07005	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07005	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07072	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07072	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06731	0.05009
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06731	0.05009
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06362	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06362	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0689	0.05009
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0689	0.05009
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05761	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05761	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07425	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07425	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07313	0.05009
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07313	0.05009
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07072	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07072	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05498	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05498	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.272	242	0.224	4680	X-RAY DIFFRACTION	98.0088
1.949-2.003	0.257	256	0.22	4572	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.003-2.061	0.251	254	0.196	4388	X-RAY DIFFRACTION	98.3058
2.061-2.124	0.248	243	0.197	4272	X-RAY DIFFRACTION	98.2804
2.124-2.193	0.215	243	0.177	4154	X-RAY DIFFRACTION	98.5212
2.193-2.27	0.238	232	0.176	4052	X-RAY DIFFRACTION	98.6642
2.27-2.356	0.205	211	0.16	3914	X-RAY DIFFRACTION	98.7551
2.356-2.452	0.228	195	0.177	3787	X-RAY DIFFRACTION	98.7844
2.452-2.56	0.203	180	0.166	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.0923
2.56-2.685	0.24	158	0.163	3468	X-RAY DIFFRACTION	99.0981
2.685-2.83	0.208	173	0.157	3337	X-RAY DIFFRACTION	99.2647
2.83-3.001	0.216	140	0.171	3177	X-RAY DIFFRACTION	99.3114
3.001-3.207	0.239	149	0.178	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.5171
3.207-3.463	0.218	123	0.176	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.5161
3.463-3.792	0.193	145	0.175	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.6284
3.792-4.236	0.185	109	0.16	2324	X-RAY DIFFRACTION	99.754
4.236-4.886	0.166	88	0.148	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.8146
4.886-5.969	0.162	78	0.161	1741	X-RAY DIFFRACTION	99.8902
5.969-8.382	0.202	76	0.162	1336	X-RAY DIFFRACTION	99.9292
8.382-49.68	0.216	47	0.173	777	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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