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- PDB-8pia: DNA binding domain of HNF-1A bound to P2-HNF4A promoter DNA varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pia
タイトルDNA binding domain of HNF-1A bound to P2-HNF4A promoter DNA variant (P2 -181G>T)
要素
  • Chains: E
  • Chains: F
  • Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / gene transcription / HNF-1A / HNF4A / MODY
機能・相同性
機能・相同性情報


renal glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity ...renal glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus ...Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kind, L. / Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.
資金援助 ノルウェー, デンマーク, 4件
組織認可番号国
Research Council of Norway245828 ノルウェー
Research Council of Norway245922 ノルウェー
Research Council of Norway240413 ノルウェー
Novo Nordisk Foundation54741 デンマーク
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of HNF-1A-mediated HNF4A gene regulation and promoter-driven HNF4A-MODY diabetes.
著者: Kind, L. / Molnes, J. / Tjora, E. / Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Colclough, K. / Saint-Martin, C. / Adelfalk, C. / Dusatkova, P. / Pruhova, S. / Valtonen-Andre, C. / Bellanne-Chantelot, C. ...著者: Kind, L. / Molnes, J. / Tjora, E. / Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Colclough, K. / Saint-Martin, C. / Adelfalk, C. / Dusatkova, P. / Pruhova, S. / Valtonen-Andre, C. / Bellanne-Chantelot, C. / Arnesen, T. / Kursula, P. / Njolstad, P.R.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Chains: E
F: Chains: F
A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7275
ポリマ－58,6354
非ポリマー921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.695, 48.752, 215.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 Chains: E


分子量: 6378.144 Da / 分子数: 1 / 変異: NM_175914.5 c.-181G>T (g.42984264) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NM_175914.5 c.-181G>T (g.42984264) / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 Chains: F


分子量: 6503.261 Da / 分子数: 1 / 変異: NM_175914.5 c.-181G>T (g.42984264) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NM_175914.5 c.-181G>T (g.42984264) / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 1-alpha / HNF-1-alpha / HNF-1A / Liver-specific transcription factor LF-B1 / LFB1 / Transcription factor 1 / TCF-1


分子量: 22876.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF1A, TCF1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P20823
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.55 Å / Num. obs: 12346 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 81.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 7.15
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 986 / CC1/2: 0.289 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEJan 10, 2022データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.55 Å / SU ML: 0.5795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.0215
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1112 4.99 %
Rwork0.2451 21184 -
obs0.2481 12303 91.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 855 6 0 3545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63095172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0326552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.894774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.39431450.41242634X-RAY DIFFRACTION91.38
2.93-3.080.39341540.36892902X-RAY DIFFRACTION99.03
3.08-3.280.32551570.31362919X-RAY DIFFRACTION99.87
3.28-3.530.3331140.25922111X-RAY DIFFRACTION73.68
3.53-3.870.33091100.30082228X-RAY DIFFRACTION80.01
3.93-4.450.29261300.23292621X-RAY DIFFRACTION99.82
4.45-5.60.31441480.24072856X-RAY DIFFRACTION99.4
5.6-47.550.25721540.18982913X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00800022122-7.29591886929-0.1842275871936.48501408498-2.673679732554.99245833974-0.01602320063321.52630061522-0.1333299188091.16659703257-0.295085222588-1.46507212214-1.06781177898-0.4887731750720.4372575820081.237843709780.02140591719310.2905367725451.37732538959-0.2306483085371.06269193999-4.36046769707-14.10501593034.86229205312
28.097612611120.711131463448-0.9646120750016.819968719814.885182108976.081883860890.319725376339-0.268071950151.040944368340.0383064757839-1.005905584110.719033510780.844518367965-2.201968187910.5308022380221.02205319875-0.00324109754980.0057924597931.09874593784-0.159901356190.704167974028-16.0868509058-5.9036058447325.6449944242
32.598228262643.627895841932.142789968375.437939470664.665044628989.782080477220.4061874153060.5353605503170.4929648237071.700553440620.2671122982820.8402162686181.99353222888-2.64294779805-1.008723280751.466989543080.2846118867790.3393222345951.618301878820.1865969818360.768397178804-30.9771344512.1020896810644.6278293256
41.092325790550.553604953026-0.2771056797782.064769757630.4569539651481.000499146240.278720127148-0.900058069399-0.2819446934520.790332240375-0.843152448242-0.1696411372190.08275137510440.599375407229-0.03615919129042.628743107950.2433845701720.4235918695032.151450948850.3435742389960.29091083082-31.92927096895.3443797634456.4380912691
57.36073181277-2.691129449654.738251702395.97907268377-2.528164097415.02399174350.1221941133262.54473319744-0.04731455222681.43232910042-0.3596371755730.936739451542-1.1191603122.301521052830.1606141286541.632853129140.1376995002240.2893581601211.47397735783-0.3073682518510.907168307942-26.52853035017.8532619554748.957101823
64.600389604140.499827819321-0.2441269171346.94383021903-2.882673134337.59875595493-1.025792268830.40250405704-0.7883010968760.418159905110.286059437411-0.8167763731420.895152861541-1.312479831190.7251937266651.03308362857-0.01315671684320.1587636089590.926596833335-0.1654209930840.807372262418-17.9975204748-3.870650500928.2613212121
71.817364861592.12783926606-3.041491199112.566691414-3.197300553246.807929104070.04148577238642.50742590048-1.78680087224-1.796872482981.36195999747-1.452329413580.0327772697512-1.01291814048-1.041529630741.986913276240.406469244644-0.08434251376591.8234924628-0.2837606573490.662283215893-10.0621227334-18.82576035799.31141573868
80.9992036705910.6369112159861.716369491660.8631670222151.295102336363.03755070907-0.3207304932590.1805105350960.0124332125065-0.3615920964850.2082588102760.0482020614934-0.332140875633-0.0299901113658-0.09406118020341.89710266370.771687265425-0.3712468021892.9912484466-0.3473580283580.13498245394-7.0764487048-19.5184403121-2.6393726392
96.125659880410.704267843467-0.4404175981045.03212111349-0.9319930552535.54568405052-0.0940759063814-1.64530802588-0.4810524701670.07750386003920.180363946754-0.01732180794730.2178236045150.410312176825-0.06907059909360.594608281872-0.02275674945880.007056336686420.9082406401840.05901530438990.448517481574-7.60778161892-13.074226409545.2321930048
102.39123652957-0.2548073954340.554013238832.54364830185-1.655189332225.22271906215-0.1035749340310.7569556088950.170747648981-0.721078961182-0.143454630172-0.2117709861730.4265483140070.6026778221180.2395331663820.7585363601920.008645110928120.03501230606250.822851814135-0.06098970800160.5213664071085.36426035488-13.771482521521.2777393178
111.203784527170.2468094661711.165809050825.860540186820.7439216542263.90692744591-0.04696916182890.729380000239-0.388223509799-1.199454725480.0573991640140.297785698647-0.0461603187211-0.0659292721084-0.2807946327510.9211501295180.0416602943393-0.03679352706150.8493689990560.02731258765660.450315010359-25.23709858334.64533809758.63104137305
123.835646755020.1364224106553.070878586282.02311395176-0.2883572697517.23729284773-0.118569645966-0.188636098272-0.05276242898590.134582185771-0.03400666195210.00623870384292-0.02115080233630.06736735744860.2663825424870.7626410216980.0646592101810.1065530864140.618758892508-0.08710329060410.424568962009-25.874412169917.545345311532.6744693753
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 301 through 305 )EA301 - 305
22chain 'E' and (resid 306 through 315 )EA306 - 315
33chain 'E' and (resid 316 through 320 )EA316 - 320
44chain 'E' and (resid 321 through 321 )EA321
55chain 'F' and (resid 401 through 405 )FB401 - 405
66chain 'F' and (resid 406 through 415 )FB406 - 415
77chain 'F' and (resid 416 through 420 )FB416 - 420
88chain 'F' and (resid 421 through 421 )FB421
99chain 'A' and (resid 94 through 180 )AC94 - 1801 - 87
1010chain 'A' and (resid 201 through 276 )AC201 - 27688 - 163
1111chain 'B' and (resid 94 through 180 )BD94 - 1801 - 87
1212chain 'B' and (resid 201 through 276 )BD201 - 27688 - 163

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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