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- PDB-8pi3: Cathepsin S Y132D mutant in complex with NNPI-C10 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pi3
タイトルCathepsin S Y132D mutant in complex with NNPI-C10 inhibitor
要素
  • Cathepsin S
  • NNPI-C10 inhibitor
キーワードONCOPROTEIN / Protease / Inhibitor / Complex / Cathepsin
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / antigen processing and presentation / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / phagocytic vesicle / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / adaptive immune response / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cathepsin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Petruzzella, A. / Lau, K. / Pojer, F. / Oricchio, E.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss Cancer LeagueKFS-5102-08-2020 スイス
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Antibody-peptide conjugates deliver covalent inhibitors blocking oncogenic cathepsins.
著者: Petruzzella, A. / Bruand, M. / Santamaria-Martinez, A. / Katanayeva, N. / Reymond, L. / Wehrle, S. / Georgeon, S. / Inel, D. / van Dalen, F.J. / Viertl, D. / Lau, K. / Pojer, F. / ...著者: Petruzzella, A. / Bruand, M. / Santamaria-Martinez, A. / Katanayeva, N. / Reymond, L. / Wehrle, S. / Georgeon, S. / Inel, D. / van Dalen, F.J. / Viertl, D. / Lau, K. / Pojer, F. / Schottelius, M. / Zoete, V. / Verdoes, M. / Arber, C. / Correia, B.E. / Oricchio, E.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin S
B: NNPI-C10 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,02222
ポリマ－26,5562
非ポリマー1,46620
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.706, 87.706, 69.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-568-

PEG

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin S


分子量: 25345.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSS / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P25774, cathepsin S
#2: タンパク質・ペプチド NNPI-C10 inhibitor


分子量: 1210.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 85分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Covalently-bound inhibitor for Cathepsin S
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.01M Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.1M Pipes pH 7, 15% PEG Smear Broad, 10% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999859 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→43.85 Å / Num. obs: 54165 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.49 % / Biso Wilson estimate: 29.04 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 8701 / CC1/2: 0.324 / Rrim(I) all: 2.71 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5246精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→43.85 Å / SU ML: 0.2776 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.6341
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 2717 5.02 %
Rwork0.1761 51399 -
obs0.1776 54116 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 111 65 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01241889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17542528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7191692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.760.40621380.38812639X-RAY DIFFRACTION97.78
1.76-1.790.42211410.36832719X-RAY DIFFRACTION99.9
1.79-1.830.40121430.33622723X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.32281490.30862707X-RAY DIFFRACTION99.96
1.87-1.910.28681430.26742684X-RAY DIFFRACTION99.96
1.91-1.960.27461440.24382712X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.21461420.21532699X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.070.21651470.20122718X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.2161440.19332710X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.20531400.18542714X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.310.2131450.16472713X-RAY DIFFRACTION99.93
2.31-2.410.16941340.1642687X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.540.22131410.15262726X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.70.18781440.15692715X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.910.15541440.15492689X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.20.18191410.15042719X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.660.15911440.14222715X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.610.19151450.15032717X-RAY DIFFRACTION100
4.61-43.850.21781480.17962693X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38492286013-0.444683354078-2.596204435283.131264643993.959752430546.25804351934-0.003317466452790.05644434379270.71321211321-0.1754259937780.149843828278-0.40836867556-0.366294377697-0.020396945005-0.1940227589840.307643613988-0.0218575627849-0.06932759307080.2007198878940.0004636874962820.44018876625312.369795510626.205528327910.2379981148
25.700648847995.42824447485-2.272231081688.33778390718-3.581598160454.37134750951-0.0184777539704-0.0110538199669-0.3696021673980.187699019301-0.0731925587911-0.805382608813-0.01671138645150.1824160582950.08231131064790.1729280600570.0261342401054-0.03526852851320.171896460522-0.04603785884630.27449164685217.81574517538.536600809049.82134182234
32.64435390472-0.988112318950.5215388789515.58586678329-1.602558127564.204042013560.0420833548746-0.0365515633971-0.5408120593160.179878940631-0.0290320514553-0.5501690900170.4370028882150.344415483420.02507373836590.2315352028260.00539937090154-0.1055751073060.224583765737-0.009754244768120.49837574288524.43443012342.0225881099213.3180178037
46.532519629380.8786428904971.57916418260.3064048792770.8009687891662.303203916750.172313725431-0.242845091705-0.4416451681950.738866557698-0.133623884701-0.8949480044080.1335903751630.156432176428-0.004895607351640.4151074863360.00715696891332-0.2358287037740.2431556166920.005633554865160.50103139771422.8995156823.0702799959121.0352809607
56.84470226045-0.966695548083-0.33595922843.14651129278-1.261252018332.371834372350.03982394041990.427851508763-0.6492043355390.3129094031050.0966425467789-0.5716651427250.317301571580.22060783865-0.1107153498120.3031260135680.0474817547065-0.07952611811490.249297898909-0.1119716455740.53812081306424.7795361013-2.695404354829.52910228449
62.043302880380.0350192584341-0.05542978124092.924849306120.3261048392971.274192434750.0668939277382-0.2071157870620.1009322400240.448645895560.0131830798676-0.3520680553250.008093080480160.09262632175-0.08636915401440.333722400424-0.0551764712817-0.08871902010290.2334455914660.001280573885360.23881172224815.877985387612.532777144218.0078747049
76.80906330098-3.05548010495-1.805010130726.39208549894-2.573617245998.381962584720.0129411235728-0.696561394190.2910280353480.738768648360.0886516325410.495352827493-0.152506908013-0.536596311088-0.1445780990890.330101772958-0.1042753057650.08720456860250.175577515127-0.04880445236420.256728899029-1.1197044174210.742485601220.6653004477
86.19569676745-0.393881117367-0.6432948074967.739119951751.10315827454.129313517080.109940340990.1079934494960.2526778200290.127400658461-0.0996590656020.260489365412-0.152192939202-0.271786085458-0.001689838119030.189551718488-0.00888225977615-0.007481748399960.1999571135510.01936119303540.1581607675144.9083151558114.15189398811.9026956775
95.33420398070.839813258467-0.7238381982812.642371213660.5553877828742.710318529050.224482805901-0.5260845120040.3728522380740.43100464001-0.1994500061840.0213427034063-0.0836939624085-0.0599621269691-0.01581406137050.400805000797-0.0334687927596-0.02033101170530.199177442262-0.05161334295990.2406772376439.2369548570416.304549587719.9613968216
106.084873420135.863099244742.033201654475.674357568071.843762777071.15887280260.910379799257-1.07364262584-0.2751048962241.34619255795-0.535396407641-0.2856348171180.263749656393-0.642799981684-0.3766731472080.689556135112-0.0332708614883-0.0859716225260.4288338282290.0342857344590.36027552934511.37564450430.094588709790225.2449845311
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 113 through 124 )AA113 - 1241 - 12
22chain 'A' and (resid 125 through 156 )AA125 - 15613 - 44
33chain 'A' and (resid 157 through 175 )AA157 - 17545 - 63
44chain 'A' and (resid 176 through 194 )AA176 - 19464 - 82
55chain 'A' and (resid 195 through 214 )AA195 - 21483 - 102
66chain 'A' and (resid 215 through 261 )AA215 - 261103 - 149
77chain 'A' and (resid 262 through 277 )AA262 - 277150 - 165
88chain 'A' and (resid 278 through 308 )AA278 - 308166 - 196
99chain 'A' and (resid 309 through 331 )AA309 - 331197 - 219
1010chain 'B' and (resid 3 through 10 )BB3 - 103 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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