PDB-8phb: Crystal structure of apo Cami1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8phb

タイトル

Crystal structure of apo Cami1

要素

CRISPR-associated protein, APE2256 family

キーワード

HYDROLASE / CRISPR / cyclic oligoadenylate / RNAse / RelE-toxin

機能・相同性

CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / CRISPR-associated protein, APE2256 family

機能・相同性情報

生物種

Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Tamulaitis, G. / Mogila, I. / Keda, K.

資金援助

リトアニア, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Ribosomal stalk-captured CARF-RelE ribonuclease inhibits translation following CRISPR signaling.
著者: Irmantas Mogila / Giedre Tamulaitiene / Konstanty Keda / Albertas Timinskas / Audrone Ruksenaite / Giedrius Sasnauskas / Česlovas Venclovas / Virginijus Siksnys / Gintautas Tamulaitis
要旨: Prokaryotic type III CRISPR-Cas antiviral systems employ cyclic oligoadenylate (cA) signaling to activate a diverse range of auxiliary proteins that reinforce the CRISPR-Cas defense. Here we ...

履歴

登録	2023年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8phb.cif.gz	313 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8phb.ent.gz	253.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8phb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17663C 17664C 17665C 17666C 17667C 8phjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR-associated protein, APE2256 family

B: CRISPR-associated protein, APE2256 family

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.238, 90.428, 65.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein, APE2256 family 分子量: 45904.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌) 株: DSM180 / 遺伝子: Alvin_3127 / プラスミド: pBAD/HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: D3RW14
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M carboxylic acids, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 10% PEG 20K, 10% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→64.71 Å / Num. obs: 81871 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 578268
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Num. measured all: 83153 / Num. unique obs: 11877 / R_pim(I) all: 0.292 / R_rim(I) all: 0.784 / Net I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→64.71 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	16039	9.95 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.1887	81810	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→64.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5754	0	0	367	6121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	8387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.73	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3546	544	0.3231	4896	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.74	0.3368	527	0.3181	4754	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.76	0.2964	487	0.3008	4832	X-RAY DIFFRACTION	98
1.76-1.78	0.3131	548	0.2923	4798	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.81	0.3055	506	0.2752	4863	X-RAY DIFFRACTION	99
1.81-1.83	0.3406	527	0.2532	4846	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.86	0.2666	556	0.2384	4828	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.89	0.2638	514	0.2292	4841	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.91	0.2421	573	0.2165	4807	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.95	0.2334	541	0.2065	4796	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.98	0.244	529	0.2058	4926	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.02	0.2542	561	0.2036	4788	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.05	0.2498	547	0.2033	4830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.1	0.239	502	0.2011	4896	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1-2.14	0.2389	556	0.1922	4799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.19	0.2332	503	0.1782	4886	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.25	0.227	537	0.1848	4858	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.31	0.2074	490	0.1788	4792	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.38	0.2246	556	0.1774	4847	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.45	0.2212	511	0.1802	4791	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.54	0.2288	489	0.1852	4925	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.64	0.2622	607	0.196	4809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.76	0.2274	555	0.1965	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.91	0.2192	540	0.1971	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.2433	543	0.1947	4854	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.33	0.2191	540	0.1952	4827	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-3.66	0.1942	526	0.1837	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1816	550	0.1561	4842	X-RAY DIFFRACTION	99
4.19-5.28	0.1587	579	0.1401	4808	X-RAY DIFFRACTION	99
5.28-64.71	0.1895	495	0.1799	4872	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3504	-0.3333	-0.6595	0.7631	0.3148	1.0006	-0.0958	0.1486	-0.1764	0.0606	-0.0443	0.1227	0.1403	-0.2277	-0.0004	0.2406	-0.0273	0.0081	0.2565	-0.0489	0.282	-15.9088	-6.5542	-32.7205
2	0.3945	-0.0044	0.3173	0.7139	0.0165	0.4769	-0.0018	-0.1834	0.1262	0.1551	0.084	-0.1951	-0.0653	0.2127	0.0001	0.2703	-0.0182	0.003	0.2353	-0.0064	0.2815	-1.6357	13.0171	-14.7654
3	0.012	0.2349	-0.1013	0.5593	-0.2949	0.5472	-0.0929	0.0884	-0.0675	-0.0306	-0.0694	-0.0726	0.1269	0.2322	-0	0.2582	0.0265	0.0156	0.4447	0.0509	0.2752	15.752	-6.7759	3.0111
4	1.2907	-0.3768	-0.1967	1.2964	0.0462	1.4016	-0.0131	0.0828	0.0284	-0.0469	0.0498	-0.0955	-0.1064	-0.0437	-0	0.2408	-0.0107	-0.004	0.1944	-0.019	0.2155	0.7771	6.1793	-47.7546
5	0.3319	0.3544	-0.1453	0.4605	0.424	0.3504	-0.0346	-0.262	-0.0555	0.2211	-0.0296	-0.0722	0.1483	0.1472	0	0.2667	0.022	0.0062	0.2569	0.0139	0.2716	16.9946	-11.4738	-30.0449
6	0.8388	0.3453	0.4651	1.0477	-0.1599	0.4806	-0.0282	-0.1006	0.1063	0.0897	-0.0519	0.0956	-0.0303	-0.0867	0	0.2327	-0.0091	-0.0057	0.275	-0.0209	0.2354	31.5742	7.0268	-10.1134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:195)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 196:263)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 264:391)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 2:194)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 195:264)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 265:390)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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