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- PDB-8pf5: Crystal structure of Trypanosoma brucei trypanothione reductase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pf5
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei trypanothione reductase in complex with 1-(3,4-dichlorobenzyl)-4-(((5-((4-fluorophenethyl)carbamoyl)furan-2-yl)methyl)carbamoyl)-1-(3-phenylpropyl)piperazin-1-ium
要素(Trypanothione ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase activity / nucleotide binding / flavoenzyme / inhibitor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Trypanothione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Exertier, C. / Antonelli, L. / Fiorillo, A. / Ilari, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationFISR2019_03796 イタリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Fragment Merging, Growing, and Linking Identify New Trypanothione Reductase Inhibitors for Leishmaniasis.
著者: Exertier, C. / Salerno, A. / Antonelli, L. / Fiorillo, A. / Ocello, R. / Seghetti, F. / Caciolla, J. / Uliassi, E. / Masetti, M. / Fiorentino, E. / Orsini, S. / Di Muccio, T. / Ilari, A. / Bolognesi, M.L.
履歴
登録2023年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypanothione reductase
B: Trypanothione reductase
C: Trypanothione reductase
D: Trypanothione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,26918
ポリマ－213,9364
非ポリマー6,33314
水6,125340
1
A: Trypanothione reductase
B: Trypanothione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1649
ポリマ－106,9972
非ポリマー3,1677
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area36630 Å2
2
C: Trypanothione reductase
D: Trypanothione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1069
ポリマ－106,9392
非ポリマー3,1677
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area37000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)100.960, 63.311, 169.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Trypanothione ... , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Trypanothione reductase / N(1) / N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase


分子量: 53556.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Due to flexibility of the N- and C-terminal parts, the electronic density was not well defined which prevent us from reconstructing the polypeptid chain.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: DPX39_100110900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3L6KZJ1, trypanothione-disulfide reductase
#2: タンパク質 Trypanothione reductase / N(1) / N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase


分子量: 53440.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Due to flexibility of the N- and C-terminal parts, the electronic density was not well defined which prevent us from reconstructing the polypeptid chain.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: DPX39_100110900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3L6KZJ1, trypanothione-disulfide reductase
#3: タンパク質 Trypanothione reductase / N(1) / N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase


分子量: 53497.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: DPX39_100110900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3L6KZJ1, trypanothione-disulfide reductase

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非ポリマー , 5種, 354分子

#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-YJK / 4-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-~{N}-[[5-[2-(4-fluorophenyl)ethylcarbamoyl]furan-2-yl]methyl]-4-(3-phenylpropyl)-1,4$l^{4}-diazinane-1-carboxamide


分子量: 652.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38Cl2FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13-15% PEG3350, 22-24% MPD, 40 mM imidazole pH 7.5, 50 mM NaBr

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→167.3 Å / Num. obs: 81239 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.56
反射 シェル解像度: 2.42→2.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 12995 / CC1/2: 0.764

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→55.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.48 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25741 4052 5 %RANDOM
Rwork0.18988 ---
obs0.19329 77174 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20.87 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.42→55.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14847 0 436 340 15623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01315734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01514931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.64121383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2381.57734459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.70651970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01722.671700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.713152559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5081571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1174.1167844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1154.1157843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6276.1659802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6276.1659803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.464.5737890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.464.5737891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3566.67311574
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.26847.3516838
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.26847.35116827
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 286 -
Rwork0.265 5599 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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