PDB-8pf0: Diubiquitin-derived artificial binding protein (Affilin) variant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pf0

タイトル

Diubiquitin-derived artificial binding protein (Affilin) variant Af1 specific to oncofetal fibronectin

要素

Affilin variant Af1 (77405)

キーワード

DE NOVO PROTEIN / extra domain B / EDB / oncofetal fibronectin / ubiquitin / diubiqutin / Affilin / beta strand register shift / strand slippage / scaffold / artificial binding protein / plasticity / directed evolution

機能・相同性

COPPER (II) ION / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Parthier, C. / Katzschmann, A. / Fiedler, E. / Haupts, U. / Reimann, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Ubiquitin-derived artificial binding proteins targeting oncofetal fibronectin reveal scaffold plasticity by beta-strand slippage
著者: Katzschmann, A. / Fiedler, E. / Haupts, U. / Reimann, A. / Settele, F. / Gloser-Braeunig, M. / Parthier, C.

履歴

登録	2023年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pf0.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pf0.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pf0_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pf0_full_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示
XML形式データ	8pf0_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8pf0_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8peqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Affilin variant Af1 (77405)

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.767, 62.767, 67.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Affilin variant Af1 (77405) 分子量: 17529.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.73 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM Imidazol/MES, 60 mM calcium/magnesium chloride, 30% PEG 8000/ethylene glycol (w/v), 10 mM copper(II)chloride dehydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 26176 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_rim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 22.88

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.2-2.3	0.387	3189	0.91	0.451	1
2.3-2.4	0.335	2717	0.917	0.389	1
2.4-2.5	0.215	2394	0.955	0.25	1
2.5-2.6	0.151	2005	0.977	0.175	1
2.6-3	0.067	5532	0.996	0.078	1
3-3.4	0.031	3251	0.999	0.036	1
3.4-3.8	0.023	1996	0.999	0.027	1
3.8-4.2	0.02	1355	0.999	0.024	1
4.2-4.6	0.021	880	0.999	0.025	1
4.6-10	0.02	2617	0.999	0.023	1
10-20	0.033	240	0.997	0.038	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.05 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	1285	5.04 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.195	25510	97.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1223	0	14	78	1315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.094	479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	218

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.288	0.5097	115	0.5102	2161	X-RAY DIFFRACTION	79
2.288-2.3919	0.3782	142	0.2955	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3919-2.5178	0.2711	151	0.2249	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5178-2.6751	0.2355	143	0.2015	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6751-2.881	0.2239	147	0.1856	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.881-3.1698	0.2056	149	0.1891	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1698-3.6257	0.2512	145	0.1834	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6257-4.5577	0.2043	147	0.162	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5577-19.05	0.1906	146	0.1802	2761	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9801	0.7012	-1.3596	7.3581	-2.8625	6.6371	-0.0221	0.2832	0.3321	-0.0218	0.011	-0.3335	-0.3534	0.0516	0.0167	0.331	-0.0264	-0.0185	0.23	0.0013	0.2603	18.2424	27.9273	40.3691
2	2.3989	2.7826	1.4823	3.361	1.7491	0.9221	0.7594	0.9491	-0.7426	-1.243	0.0369	-1.1509	0.656	0.4723	-0.7738	1.4576	0.3271	-0.3384	0.8691	-0.0282	1.7271	19.4825	11.052	27.2187
3	8.8728	0.4333	-0.716	7.9876	3.2882	5.9815	0.0442	-0.3469	0.2714	0.0526	-0.0102	0.3484	-0.2079	-0.0601	-0.0581	0.3018	0.0302	-0.0001	0.2369	-0.0048	0.2266	13.0742	-3.7259	35.3309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 80 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 152 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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