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万見
- PDB-8pdr: Rigid body fit of assembled HMPV N-RNA spiral bound to the C-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pdr
タイトルRigid body fit of assembled HMPV N-RNA spiral bound to the C-terminal region of P
要素
  • Nucleoprotein
  • Phosphoprotein
  • RNA
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / Virus / Nucleocapsid / RNA-binding / HMPV / Pneumoviridae / Mononegavirales
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleoprotein / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Whitehead, J.D. / Decool, H. / Leyrat, C. / Carrique, L. / Fix, J. / Eleouet, J.F. / Galloux, M. / Renner, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the N-RNA/P interface indicates mode of L/P recruitment to the nucleocapsid of human metapneumovirus.
著者: Jack D Whitehead / Hortense Decool / Cédric Leyrat / Loic Carrique / Jenna Fix / Jean-François Eléouët / Marie Galloux / Max Renner /
要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and transcription, the L/P complex traverses the viral RNA genome, which is encapsidated within nucleoproteins (N). An essential interaction between N and a C-terminal region of P tethers the L/P polymerase to the template. This N-P interaction is also involved in the formation of cytoplasmic viral factories in infected cells, called inclusion bodies. To define how the polymerase component P recognizes N-encapsidated RNA (N-RNA) we employed cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics simulations, coupled to activity assays and imaging of inclusion bodies in cells. We report a 2.9 Å resolution structure of a triple-complex between multimeric N, bound to both RNA and the C-terminal region of P. Furthermore, we also present cryo-EM structures of assembled N in different oligomeric states, highlighting the plasticity of N. Combined with our functional assays, these structural data delineate in molecular detail how P attaches to N-RNA whilst retaining substantial conformational dynamics. Moreover, the N-RNA-P triple complex structure provides a molecular blueprint for the design of therapeutics to potentially disrupt the attachment of L/P to its template.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource ...em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
I: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
L: Phosphoprotein
M: Phosphoprotein
N: Phosphoprotein
O: Phosphoprotein
P: Phosphoprotein
Q: Phosphoprotein
R: Phosphoprotein
S: Phosphoprotein
T: Phosphoprotein
U: Phosphoprotein
V: Phosphoprotein
a: RNA
b: RNA
c: RNA
d: RNA
e: RNA
f: RNA
g: RNA
h: RNA
i: RNA
j: RNA
k: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,41733
ポリマ－525,41733
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area63030 Å2
ΔGint-480 kcal/mol
Surface area167160 Å2

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / Protein N / Nucleocapsid protein


分子量: 44534.570 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ウイルス)
株: CAN97-83 / 遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q6WBA1
#2: タンパク質・ペプチド
Phosphoprotein / Protein P


分子量: 1139.276 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ウイルス)
参照: UniProt: Q8B9Q8
#3: RNA鎖
RNA


分子量: 2091.315 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Spiral of assembled HMPV N-RNA bound to the C-terminal region of PCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2NucleoproteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#21NATURAL
4Human metapneumovirus P C-terminal regionCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ウイルス)694067CAN97-83
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ウイルス)694067CAN97-83
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8 / 詳細: 12.5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 125 mM NaCl
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Please see publication for details
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201568 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 詳細: Rigid body only
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00532758
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59544517
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.90312584
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435236
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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