PDB-8pdf: FKBP12 in complex with PROTAC 6a2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pdf

タイトル

FKBP12 in complex with PROTAC 6a2

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / Complex / PROTAC

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor inhibitor activity / macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Walz, M. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Discovery of a Potent Proteolysis Targeting Chimera Enables Targeting the Scaffolding Functions of FK506-Binding Protein 51 (FKBP51).
著者: Geiger, T.M. / Walz, M. / Meyners, C. / Kuehn, A. / Dreizler, J.K. / Sugiarto, W.O. / Maciel, E.V.S. / Zheng, M. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pdf.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pdf.ent.gz	83 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pdf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.993, 36.506, 44.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.186, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C23V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-Y5Q / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[4-[(1~{S})-1-[(1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonyl-5-ethenyl-2-oxidanylidene-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-3-yl]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 1043.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₆₁Cl₂N₉O₉S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.36 Na/K tartrate, 0.2M ammonium citrate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→43.22 Å / Num. obs: 32330 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.57-43.22	5.8	0.039	220	0.998	0.025	0.046
1.2-1.22	6	1.318	1625	0.625	0.892	1.599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→31.791 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.994 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1756	1615	4.996 %
R_work	0.1516	30709	-
all	0.153	-	-
obs	-	32324	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.843 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.127 Å²	0 Å²	0.489 Å²
2-	-	-0.995 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.314 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→31.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	820	0	70	152	1042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.774	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.159	1.697	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.191	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.487	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.366	10	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.602	10	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.307	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.576	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.392	1.821	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.392	1.821	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.815	3.286	550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.813	3.284	551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.776	2.056	497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.774	2.055	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.314	3.657	729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.314	3.655	729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.892	25.212	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.127	21.868	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.118	3	1804

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.313	115	0.284	2275	0.286	2390	0.916	0.927	100	0.285
1.231-1.265	0.259	110	0.263	2187	0.262	2297	0.936	0.94	100	0.259
1.265-1.301	0.272	113	0.246	2165	0.248	2279	0.932	0.948	99.9561	0.239
1.301-1.341	0.24	102	0.221	2085	0.222	2187	0.958	0.958	100	0.206
1.341-1.385	0.206	97	0.193	2017	0.194	2114	0.971	0.97	100	0.176
1.385-1.434	0.234	93	0.179	1936	0.182	2029	0.966	0.976	100	0.16
1.434-1.488	0.251	85	0.165	1887	0.169	1972	0.963	0.98	100	0.147
1.488-1.548	0.218	105	0.145	1811	0.149	1919	0.963	0.985	99.8437	0.126
1.548-1.617	0.173	94	0.12	1734	0.122	1828	0.98	0.991	100	0.105
1.617-1.696	0.133	90	0.113	1670	0.115	1761	0.989	0.992	99.9432	0.101
1.696-1.787	0.189	110	0.128	1568	0.132	1678	0.978	0.99	100	0.117
1.787-1.895	0.166	85	0.13	1490	0.132	1576	0.98	0.989	99.9366	0.126
1.895-2.026	0.179	86	0.136	1403	0.138	1490	0.981	0.989	99.9329	0.135
2.026-2.187	0.147	73	0.134	1317	0.135	1390	0.987	0.99	100	0.136
2.187-2.395	0.174	57	0.14	1214	0.142	1272	0.984	0.988	99.9214	0.148
2.395-2.676	0.174	60	0.148	1103	0.149	1164	0.98	0.987	99.9141	0.161
2.676-3.086	0.194	44	0.147	974	0.15	1026	0.98	0.986	99.2203	0.171
3.086-3.771	0.172	40	0.145	843	0.146	890	0.979	0.987	99.2135	0.175
3.771-5.295	0.113	41	0.126	645	0.125	686	0.994	0.992	100	0.163
5.295-31.791	0.222	15	0.203	385	0.203	403	0.976	0.974	99.2556	0.251

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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