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万見
- PDB-8pd4: Crystal structure of TRIM58 PRY-SPRY domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pd4
タイトルCrystal structure of TRIM58 PRY-SPRY domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58
キーワードTRANSFERASE / E3 ligase / TRIM58 / PRY-SPRY
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of erythrocyte enucleation / regulation of nuclear migration along microtubule / dynein heavy chain binding / dynein intermediate chain binding / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...positive regulation of erythrocyte enucleation / regulation of nuclear migration along microtubule / dynein heavy chain binding / dynein intermediate chain binding / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / innate immune response / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, PRY/SPRY domain / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, RING finger, HC subclass / zinc finger of C3HC4-type, RING / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger ...E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, PRY/SPRY domain / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, RING finger, HC subclass / zinc finger of C3HC4-type, RING / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.714 Å
データ登録者Renatus, M. / Schroeder, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Ligands for TRIM58, a Novel Tissue-Selective E3 Ligase.
著者: Hoegenauer, K. / An, S. / Axford, J. / Benander, C. / Bergsdorf, C. / Botsch, J. / Chau, S. / Fernandez, C. / Gleim, S. / Hassiepen, U. / Hunziker, J. / Joly, E. / Keller, A. / Lopez Romero, ...著者: Hoegenauer, K. / An, S. / Axford, J. / Benander, C. / Bergsdorf, C. / Botsch, J. / Chau, S. / Fernandez, C. / Gleim, S. / Hassiepen, U. / Hunziker, J. / Joly, E. / Keller, A. / Lopez Romero, S. / Maher, R. / Mangold, A.S. / Mickanin, C. / Mihalic, M. / Neuner, P. / Patterson, A.W. / Perruccio, F. / Roggo, S. / Scesa, J. / Schroder, M. / Shkoza, D. / Thai, B. / Vulpetti, A. / Renatus, M. / Reece-Hoyes, J.S.
履歴
登録2023年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4692
ポリマ－48,4692
非ポリマー00
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.059, 76.531, 107.226
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58 / Protein BIA2 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM58 / Tripartite motif-containing protein 58


分子量: 24234.566 Da / 分子数: 2 / 変異: C266S, C278S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NG06, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG8000, 0.2 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→62.29 Å / Num. obs: 14294 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.72 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 139 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.714→62.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 1.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.354
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 710 -RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.205 14294 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6241 Å20 Å20 Å2
2---9.6031 Å20 Å2
3---3.9789 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.714→62.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 0 268 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.034420HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1060SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes536HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3236HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2530SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.87
LS精密化 シェル解像度: 2.714→2.74 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3062 21 -
Rwork0.2471 --
obs--100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18630.10840.13630.11420.18911.5539-0.0273-0.01420.0057-0.01420.01580.05220.00570.05220.0116-0.13550.02130.00020.1904-0.0202-0.0841-0.7807-4.800715.353
20.4267-0.08430.45160.00390.00121.1965-0.03110.0445-0.00830.04450.00380.0531-0.00830.05310.0273-0.12710.00450.0020.167-0.0021-0.09510.7822-4.97947.0217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A258 - 461
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B258 - 461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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