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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pcm | ||||||||||||
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タイトル | Structure of serine-beta-lactamase CTX-M-14 following the time-resolved active site binding of boric acid and subsequent glycerol-boric acid-ester formation, 80 ms | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / catalytic activity / beta-lactamase activity / hydrolase activity / inhibitor / time-resolved / tape drive | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Prester, A. / Perbandt, M. / Galchenkova, M. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Hinrichs, W. / Rohde, H. / Betzel, C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Time resolved crystallography of boric acid binding to the active site serine of the beta-lactamase CTX-M-14 and subsequent 1,2-diol esterification 著者: Prester, A. / Perbandt, M. / Galchenkova, M. / Oberthuer, D. / Werner, N. / Henkel, A. / Maracke, J. / Yefanov, O. / Hakanpaeae, J. / Pompidor, G. / Meyer, J. / Chapman, H. / Aepfelbacher, M. ...著者: Prester, A. / Perbandt, M. / Galchenkova, M. / Oberthuer, D. / Werner, N. / Henkel, A. / Maracke, J. / Yefanov, O. / Hakanpaeae, J. / Pompidor, G. / Meyer, J. / Chapman, H. / Aepfelbacher, M. / Hinrichs, W. / Rohde, H. / Betzel, C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pc9C ![]() 8pcaC ![]() 8pcbC ![]() 8pccC ![]() 8pcdC ![]() 8pceC ![]() 8pcfC ![]() 8pcgC ![]() 8pciC ![]() 8pcjC ![]() 8pckC ![]() 8pclC ![]() 8pcnC ![]() 8pcoC ![]() 8pcpC ![]() 8pcqC ![]() 8pcrC ![]() 8pcsC ![]() 8pctC ![]() 8pcuC ![]() 8pcvC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28000.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-YCH / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-BO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 50% CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200mM lithium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5) and with 5% undiluted seed stock in batch crystallization setups |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→38.88 Å / Num. obs: 21824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3113 % / Biso Wilson estimate: 38.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.86 Å / Num. unique obs: 1402 / CC1/2: 0.195 / CC star: 0.572 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: CFEL TapeDrive / 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→38.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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