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- PDB-8pc2: SelDeg51 in complex with FKBP51FK1 domain and pVHL:EloB:EloC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pc2
タイトルSelDeg51 in complex with FKBP51FK1 domain and pVHL:EloB:EloC
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Complex / PROTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / response to alcohol / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / response to alcohol / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / FK506 binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / heat shock protein binding / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / transcription corepressor binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / response to bacterium / response to cocaine / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein folding / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / : / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / : / Elongin-C / Elongin B / Tetratricopeptide repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XZW / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Meyners, C. / Walz, M. / Geiger, T.M. / Hausch, F.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Discovery of a Potent Proteolysis Targeting Chimera Enables Targeting the Scaffolding Functions of FK506-Binding Protein 51 (FKBP51).
著者: Geiger, T.M. / Walz, M. / Meyners, C. / Kuehn, A. / Dreizler, J.K. / Sugiarto, W.O. / Maciel, E.V.S. / Zheng, M. / Lermyte, F. / Hausch, F.
履歴
登録2023年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Elongin-C
F: Elongin-B
H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,54610
ポリマ－110,8598
非ポリマー2,6872
水25214
1
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7735
ポリマ－55,4294
非ポリマー1,3441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Elongin-C
F: Elongin-B
H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7735
ポリマ－55,4294
非ポリマー1,3441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.646, 68.425, 159.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.453, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21B
32B
42B
53B
63B
74B
84B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
111B61 - 209
211B61 - 209
322B16 - 112
422B16 - 112
533B1 - 104
633B1 - 104
744B22 - 138
844B22 - 138

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 BACEDFGH

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#4: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase


分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / Mutation: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#5: 化合物 ChemComp-XZW / [(1~{R})-3-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-[4-[[1-[3-[2-[[[(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]methyl]-5-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenoxy]propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]phenyl]propyl] (2~{S})-1-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate


分子量: 1343.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C72H91FN8O14S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5 and 10% glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.74 Å / Num. obs: 33478 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.29-48.7440.0289460.9990.0220.036
2.8-2.944.70.52344590.9250.4090.668

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.739 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 36.246 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.948 / ESU R Free: 0.355 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 1674 5 %
Rwork0.2104 31803 -
all0.213 --
obs-33477 98.889 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 74.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.195 Å2-0 Å26.89 Å2
2---9.174 Å20 Å2
3----0.204 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7018 0 192 14 7224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0127390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0166848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.69110082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7931.61215726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8625908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.829546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.272101108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.43110302
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.2030.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.20.26537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.23649
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.23876
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0990.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5155.6143668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5145.6133667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.70710.0844564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.70710.0844565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7035.7543722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7025.7553723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.97610.4875512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.97510.4885513
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.85952.0397855
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.8652.0357855
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1030.054562
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0830.052603
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0960.052913
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.1010.052977
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.103270.0501
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.103270.0501
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.083030.05009
24BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.083030.05009
35BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.096380.05009
36BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.096380.05009
47BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.101220.05008
48BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.101220.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.8-2.8720.3651150.31623400.31824760.910.92999.15190.298
2.872-2.9510.3581370.29523030.29924580.8950.93199.26770.274
2.951-3.0360.3581050.29422040.29723260.8960.93599.26910.271
3.036-3.1290.3331220.25721410.26222790.9220.9599.29790.235
3.129-3.2310.3291120.23520740.23922010.9250.95999.31850.213
3.231-3.3440.32970.22120220.22621360.9440.96699.20410.199
3.344-3.470.305890.23119560.23420640.9440.96599.07950.216
3.47-3.6110.334890.25218870.25620140.9390.95998.11320.234
3.611-3.770.298880.21817790.22119030.9480.97298.10830.204
3.77-3.9530.245950.17917260.18218270.9630.98299.67160.166
3.953-4.1660.2840.1516450.15317360.9770.98699.59680.141
4.166-4.4160.178920.14815550.1516550.9780.98699.51660.142
4.416-4.7180.166660.1414660.14115400.9830.98899.48050.136
4.718-5.0920.196710.14813750.1514650.9770.98998.70310.143
5.092-5.5720.259680.19812350.20113450.9640.98296.87730.189
5.572-6.220.276660.21311620.21712360.9570.97699.35280.204
6.22-7.1630.231630.2069880.20710600.9640.97799.15090.197
7.163-8.7260.237510.2038780.2059450.9640.97498.30690.206
8.726-12.1470.205420.1986520.1987210.9810.98296.25520.208
12.147-48.7390.301220.354150.3484500.9570.93797.11110.376
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58331.14620.26383.04811.89241.7819-0.02910.1126-0.17830.18020.0238-0.27060.19990.18440.00520.03870.00630.01820.11950.05210.0853-27.412720.0544-20.5866
20.85430.1-1.23482.60560.61395.08110.1523-0.45670.04270.4278-0.1429-0.2623-0.18210.3646-0.00940.0958-0.0867-0.02710.2712-0.02040.0941-30.070636.22183.7523
33.46650.85-2.08261.0975-1.01172.82630.1798-0.26540.35040.1157-0.06270.2532-0.2168-0.281-0.11720.0725-0.02240.03960.1917-0.11390.1494-46.667939.43719.3145
43.33980.2421-0.58582.5491-0.89343.6762-0.05710.2496-0.04440.0365-0.11850.40380.2232-0.55230.17560.04130.0057-0.00220.2253-0.14130.1404-37.22890.3219-46.4265
53.7022-1.00870.33061.4355-0.40941.24290.1126-0.0068-0.48020.0368-0.14430.12010.2381-0.11180.03180.158-0.08020.07650.0539-0.03760.1268-49.35470.7343-9.3988
63.3613-0.02690.23660.9865-0.20341.02810.03660.6665-0.0525-0.3297-0.04120.16490.0367-0.20970.00460.1538-0.01480.02320.3259-0.11380.1821-69.024514.6773-25.7424
72.38620.3584-0.25843.3918-0.36931.38410.11130.4820.499-0.1454-0.0266-0.0911-0.4401-0.047-0.08480.19210.02770.09760.35970.06610.2235-68.923932.8217-25.7425
83.07510.80040.72673.5476-2.30916.53120.2743-0.23060.06990.5546-0.1242-0.5324-0.51310.859-0.15010.5916-0.2187-0.1190.61750.00060.4656-22.0734-2.70959.7216
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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