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- PDB-8pbd: RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pbd
タイトルRAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus
要素
  • Breast cancer type 2 susceptibility protein
  • DNA repair protein RAD51 homolog 1
  • DNA strand 1
  • DNA strand 2
キーワードRECOMBINATION / RAD51 / BRCA2 / Filament / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / cellular response to camptothecin / DNA recombinase assembly / telomere maintenance via telomere lengthening ...BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / cellular response to camptothecin / DNA recombinase assembly / telomere maintenance via telomere lengthening / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / cellular response to cisplatin / DNA strand invasion / cellular response to hydroxyurea / mitotic recombination / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / lateral element / DNA strand exchange activity / histone H4 acetyltransferase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / histone H3 acetyltransferase activity / telomere maintenance via recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of DNA damage checkpoint / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / gamma-tubulin binding / single-stranded DNA helicase activity / reciprocal meiotic recombination / DNA repair complex / oocyte maturation / response to UV-C / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / ATP-dependent DNA damage sensor activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nuclear chromosome / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / hematopoietic stem cell proliferation / female gonad development / Transcriptional Regulation by E2F6 / male meiosis I / replication fork processing / centrosome duplication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / interstrand cross-link repair / condensed chromosome / DNA polymerase binding / positive regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / secretory granule / condensed nuclear chromosome / regulation of cytokinesis / meiotic cell cycle / cellular response to ionizing radiation / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to gamma radiation / brain development / PML body / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / response to toxic substance / cellular senescence / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / protease binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / spermatogenesis / chromosome, telomeric region / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 ...BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 / BRCA2 TR2 domain / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / DNA recombination/repair protein Rad51 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Breast cancer type 2 susceptibility protein / DNA repair protein RAD51 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Appleby, R. / Pellegrini, L.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust221892/Z/20/ 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2271086 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for stabilisation of the RAD51 nucleoprotein filament by BRCA2.
著者: Robert Appleby / Luay Joudeh / Katie Cobbett / Luca Pellegrini /
要旨: The BRCA2 tumour suppressor protein preserves genomic integrity via interactions with the DNA-strand exchange RAD51 protein in homology-directed repair. The RAD51-binding TR2 motif at the BRCA2 C- ...The BRCA2 tumour suppressor protein preserves genomic integrity via interactions with the DNA-strand exchange RAD51 protein in homology-directed repair. The RAD51-binding TR2 motif at the BRCA2 C-terminus is essential for protection and restart of stalled replication forks. Biochemical evidence shows that TR2 recognises filamentous RAD51, but existing models of TR2 binding to RAD51 lack a structural basis. Here we used cryo-electron microscopy and structure-guided mutagenesis to elucidate the mechanism of TR2 binding to nucleoprotein filaments of human RAD51. We find that TR2 binds across the protomer interface in the filament, acting as a brace for adjacent RAD51 molecules. TR2 targets an acidic-patch motif on human RAD51 that serves as a recruitment hub in fission yeast Rad51 for recombination mediators Rad52 and Rad55-Rad57. Our findings provide a structural rationale for RAD51 filament stabilisation by BRCA2 and reveal a common recruitment mechanism of recombination mediators to the RAD51 filament.
履歴
登録2023年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD51 homolog 1
B: DNA repair protein RAD51 homolog 1
C: DNA repair protein RAD51 homolog 1
D: DNA repair protein RAD51 homolog 1
E: DNA repair protein RAD51 homolog 1
F: DNA repair protein RAD51 homolog 1
G: DNA repair protein RAD51 homolog 1
H: DNA repair protein RAD51 homolog 1
I: DNA repair protein RAD51 homolog 1
J: DNA repair protein RAD51 homolog 1
K: Breast cancer type 2 susceptibility protein
L: Breast cancer type 2 susceptibility protein
M: Breast cancer type 2 susceptibility protein
N: Breast cancer type 2 susceptibility protein
O: Breast cancer type 2 susceptibility protein
P: Breast cancer type 2 susceptibility protein
Q: Breast cancer type 2 susceptibility protein
R: Breast cancer type 2 susceptibility protein
S: Breast cancer type 2 susceptibility protein
T: DNA strand 1
U: DNA strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,91351
ポリマ－436,04021
非ポリマー5,87330
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TU

#3: DNA鎖 DNA strand 1


分子量: 8699.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA strand 2


分子量: 7898.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 19分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRS

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD51 homolog 1 / HsRAD51 / hRAD51 / RAD51 homolog A


分子量: 37009.125 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD51, RAD51A, RECA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06609
#2: タンパク質・ペプチド
Breast cancer type 2 susceptibility protein / Fanconi anemia group D1 protein


分子量: 5483.415 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51587

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非ポリマー , 2種, 30分子

#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1RAD51 filament formed on dsDNA and bound with a peptide corresponding to the BRCA2 c-terminusCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2DNA repair protein RAD51 homolog 1COMPLEX#11RECOMBINANTRAD51 was recombinantly purified BRCA2 c-terminus peptide was synthesised 27-mer DNA strands were synthesised and annealed
3Breast cancer type 2 susceptibility proteinCOMPLEX#21RECOMBINANT
4DNA strand 1 and 2COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
22Escherichia coli (大腸菌)562pMBP4-RAD51
33synthetic construct (人工物)32630
44synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 52.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Coot0.9.8.5モデルフィッティング
9PHENIXdev-4707モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 56 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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