PDB-8pba: Cryo-EM structure of Caenorhabditis elegans DPF-3 (apo)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pba

タイトル

Cryo-EM structure of Caenorhabditis elegans DPF-3 (apo)

要素

Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family

キーワード

HYDROLASE / Dipeptidylpeptidase

機能・相同性

Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / dipeptidyl-peptidase activity / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / proteolysis / Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family

機能・相同性情報

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Gudipati, R.K. / Cavadini, S. / Kempf, G. / Grosshans, H.

資金援助

スイス,

ポーランド, 4件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	182880	スイス
Other private
Polish National Science Centre	SONATA BIS 2021/42/E/NZ1/00336	ポーランド
Polish National Science Centre	OPUS 2022/45/B/NZ2/02183	ポーランド

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Caenorhabditis elegans DPF-3 (apo)
著者: Gudipati, R.K. / Cavadini, S. / Kempf, G. / Grosshans, H.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pba.cif.gz	540.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pba.ent.gz	446.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pba_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pba_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8pba_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	8pba_validation.cif.gz	76.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17582MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family

B: Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family

213 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family 分子量: 106462.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: dpf-3, CELE_K02F2.1, K02F2.1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q965K3

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Homodimeric complex of DPF-3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)	生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	RELION	粒子像選択
4	Gctf	CTF補正
5	cryoSPARC	CTF補正
6	RELION	CTF補正
9	Coot	モデルフィッティング
10	ISOLDE	モデルフィッティング
12	RosettaEM	モデル精密化
13	cryoSPARC	初期オイラー角割当
15	RELION	分類

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223429 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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