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- PDB-8pau: Crystal structure of MAP4K1 with a SMOL inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pau
タイトルCrystal structure of MAP4K1 with a SMOL inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitor / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Friberg, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and optimization of Azaindole based MAP4K1 Inhibitors and the discovery of BAY-405
著者: Mowat, J. / Offringa, R.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5324
ポリマ－64,6112
非ポリマー9212
水30617
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7662
ポリマ－32,3061
非ポリマー4601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7662
ポリマ－32,3061
非ポリマー4601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.983, 99.904, 61.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 32305.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-XOR / [(5~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]amino]-5-fluoranyl-4,6-dihydro-1,3-oxazin-5-yl]methanol


分子量: 460.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14F6N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: NOT DISCLOSED

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.46 Å / Num. obs: 17639 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.8→3.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 3972 / CC1/2: 0.927 / Rrim(I) all: 0.511 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 51.042 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2723 794 4.5 %RANDOM
Rwork0.21667 ---
obs0.21928 16844 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å2-2.13 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4366 0 64 17 4447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.6576138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2531.59410170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5075548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85422.381210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08715810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3611524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8243.2872204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8223.2852203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1264.9152748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1264.9182749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8193.4722328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8183.4742329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.085.1543391
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.84637.9964958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84838.0154959
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8576 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 38 -
Rwork0.323 1258 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4108-1.2995-0.03918.88953.4363.41460.2522-0.13250.6577-0.1896-0.06140.6161-0.9332-0.0036-0.19090.98080.00080.07860.51440.01451.1766-34.55024.9983-27.1932
21.26462.11941.38626.48072.92211.65540.06430.14990.04610.534-0.1160.14760.18140.01360.05170.4735-0.0492-0.01110.5538-0.02020.4473-10.646813.0236-18.3726
33.50760.29140.99693.77280.24133.43190.0060.0449-0.0319-0.03930.0586-0.2588-0.10070.1166-0.06450.3805-0.0097-0.23310.0081-0.01860.2505-15.2158-14.1482-27.011
42.93993.2494-0.06967.6919-1.05641.3781-0.1166-0.0973-0.99270.5985-0.0633-0.06420.6789-0.13440.181.26050.03910.09730.55310.04311.1462-4.78157.72819.5772
53.4055.76693.534511.17025.94113.6822-0.0325-0.13940.2489-0.1068-0.23850.8366-0.0642-0.06470.27090.5485-0.0476-0.11780.5766-0.06960.5427-8.4656-0.2926-15.6339
62.88110.19391.06353.73960.41894.2625-0.01660.0775-0.1142-0.2470.0439-0.1029-0.00610.019-0.02730.299-0.0152-0.27250.0112-0.01730.3614-0.962326.8783-9.351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3A94 - 155
4X-RAY DIFFRACTION3A192 - 999
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 93
6X-RAY DIFFRACTION5B156 - 191
7X-RAY DIFFRACTION6B94 - 155
8X-RAY DIFFRACTION6B192 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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