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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pa6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine | ||||||
要素 | Histidine triad nucleotide-binding protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Novel inhibitors for hHINT1 protein 著者: Dillenburg, M. / Dolot, R. / Wagner, C.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pa6.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pa6.ent.gz | 51.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pa6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pa6_validation.pdf.gz | 700.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pa6_full_validation.pdf.gz | 700.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pa6_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pa6_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-XKB / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→19.101 Å / Num. obs: 31671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 8.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1554 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 0.775 / Χ2: 1.07 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→19.101 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.78 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.824 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→19.101 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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