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- PDB-8pa6: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pa6
タイトルCrystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XKB / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI146049 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel inhibitors for hHINT1 protein
著者: Dillenburg, M. / Dolot, R. / Wagner, C.R.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1403
ポリマ-27,6482
非ポリマー4921
7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.845, 46.324, 63.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.799, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-XKB / 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanylimidazo[2,1-f]purin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]carbamate


分子量: 492.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C23H24N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→19.101 Å / Num. obs: 31671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 8.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1554 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 0.775 / Χ2: 1.07 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
CrysalisPro1.171.41.123aデータ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→19.101 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.78 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 1625 5.131 %
Rwork0.1474 30046 -
all0.15 --
obs-31671 99.912 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 10.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.397 Å20 Å2-0.114 Å2
2---0.473 Å20 Å2
3----0.893 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→19.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 36 390 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.6522710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5471.5994327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2175257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.088511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.14351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21410343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.9531083
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.21788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1380.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1830.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0911.026989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.091.026988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7051.841259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7041.841260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6561.177998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6561.177998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5582.0811451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5582.081452
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.48814.6222470
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.78311.2862324
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.58-1.6210.2471130.23921870.2423000.9460.9541000.215
1.621-1.6650.2361080.22121410.22222490.9580.9621000.193
1.665-1.7130.2451160.20720830.20921990.9530.9691000.177
1.713-1.7650.2291400.18620300.18921700.9640.9751000.153
1.765-1.8220.21250.17519110.17620360.9670.9781000.144
1.822-1.8860.2431120.16918940.17320060.9620.9811000.14
1.886-1.9560.178730.15218450.15319180.9810.9841000.127
1.956-2.0350.177820.13917860.14118680.980.9881000.119
2.035-2.1250.209820.14716990.1517820.9720.98799.94390.126
2.125-2.2270.174870.13316400.13517270.9820.9891000.114
2.227-2.3460.168690.12415600.12616290.980.991000.106
2.346-2.4850.165620.12414810.12615430.9820.991000.106
2.485-2.6540.153690.12113920.12314610.9840.9911000.105
2.654-2.8620.176710.1313020.13213730.9790.991000.113
2.862-3.1280.178720.12811730.13112450.9820.991000.114
3.128-3.4860.151730.12110790.12311520.9860.9921000.113
3.486-4.0030.185510.1259650.12810160.9820.9911000.119
4.003-4.8490.16340.1168330.1178670.9850.9921000.111
4.849-6.6470.257630.1696410.1777040.9760.9871000.162
6.647-19.1010.169230.1814040.184300.9840.98199.30230.171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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