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万見
- PDB-8p9e: Crystal structure of wild type p63-p73 heterotetramer (tetrameris... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p9e
タイトルCrystal structure of wild type p63-p73 heterotetramer (tetramerisation domain) in complex with darpin 1810 F11
要素
  • Darpin 1810 F11
  • Isoform 2 of Tumor protein 63
  • Tumor protein p73
キーワードDNA BINDING PROTEIN / p63 / p73 / tetramerization domain / darpin / heterotetramer / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / polarized epithelial cell differentiation / proximal/distal pattern formation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / hair follicle morphogenesis / : / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of Notch signaling pathway / WW domain binding / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / odontogenesis of dentin-containing tooth / epithelial cell development / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / Pyroptosis / negative regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / mismatch repair / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / MDM2/MDM4 family protein binding / Notch signaling pathway / regulation of mitotic cell cycle / kidney development / transcription corepressor binding / determination of adult lifespan / stem cell proliferation / skeletal system development / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein tetramerization / positive regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular senescence / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / spermatogenesis / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / damaged DNA binding / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / dendrite / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor protein p73 / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Strubel, A. / Doetsch, V. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2023
タイトル: DARPins detect the formation of hetero-tetramers of p63 and p73 in epithelial tissues and in squamous cell carcinoma.
著者: Strubel, A. / Munick, P. / Hartmann, O. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J.V. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Buck, V. / Rosenfeldt, M. / Knapp, S. / Pluckthun, ...著者: Strubel, A. / Munick, P. / Hartmann, O. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J.V. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Buck, V. / Rosenfeldt, M. / Knapp, S. / Pluckthun, A. / Diefenbacher, M.E. / Dotsch, V.
#1: ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Saccharin Derivative Inhibition of Carbonic Anhydrase IX.
著者: Leitans, J. / Kazaks, A. / Bogans, J. / Supuran, C.T. / Akopjana, I. / Ivanova, J. / Zalubovskis, R. / Tars, K.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _entity.pdbx_description / _entity.src_method

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Tumor protein 63
B: Tumor protein p73
C: Darpin 1810 F11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3804
ポリマ－30,2883
非ポリマー921
水52229
1
A: Isoform 2 of Tumor protein 63
B: Tumor protein p73
C: Darpin 1810 F11
ヘテロ分子

A: Isoform 2 of Tumor protein 63
B: Tumor protein p73
C: Darpin 1810 F11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7608
ポリマ－60,5766
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.704, 60.728, 53.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 7380.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質・ペプチド Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 6034.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP73, P73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15350
#3: タンパク質 Darpin 1810 F11


分子量: 16872.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.05 Å / Num. obs: 12746 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1208 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.905 / Χ2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 20.913 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25012 643 5 %RANDOM
Rwork0.18932 ---
obs0.19226 12100 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å20.86 Å2
2--6.78 Å20 Å2
3----6.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2068 0 6 29 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.632845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2431.5764559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9865259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85825.398113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35515384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.754157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4143.8951045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4153.8931044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8075.8181301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8065.8211302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2574.3981058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2554.4021059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2966.4021545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.20146.2482293
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.19946.2682293
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 47 -
Rwork0.313 849 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33470.1071.60320.8578-0.61382.557-0.1647-0.04130.3493-0.0083-0.05780.204-0.22010.030.22250.02710.02-0.05260.2491-0.0030.25632.18472.716721.0936
20.2583-0.17020.28832.5698-1.9642.31070.05830.05280.0816-0.0293-0.22730.00970.03770.15150.1690.0338-0.0076-0.05970.24930.03160.313334.25212.617719.5975
31.9867-0.1735-0.74840.5555-0.46153.1327-0.02990.0478-0.0441-0.0917-0.09650.10380.07140.12480.12640.06050.0606-0.06750.1351-0.01120.255619.204312.69533.4388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A357 - 413
2X-RAY DIFFRACTION2B352 - 397
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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