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- PDB-8p9d: Crystal structure of p63-p73 heterotetramer (tetramerisation doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p9d
タイトルCrystal structure of p63-p73 heterotetramer (tetramerisation domain) in complex with darpin 1810 A2
要素
  • Darpin 1810 A2
  • Tumor protein 63
  • Tumor protein p73
キーワードDNA BINDING PROTEIN / p63 / p73 / tetramerization domain / darpin / heterotetramer / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of keratinocyte differentiation / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / WW domain binding / regulation of epidermal cell division / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / positive regulation of stem cell proliferation / epithelial cell development / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cellular senescence / keratinocyte proliferation / negative regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / mismatch repair / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / kidney development / skeletal system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein tetramerization / promoter-specific chromatin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular senescence / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / ciliary basal body / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / dendrite / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor protein p73 / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Strubel, A. / Doetsch, V. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2023
タイトル: DARPins detect the formation of hetero-tetramers of p63 and p73 in epithelial tissues and in squamous cell carcinoma.
著者: Strubel, A. / Munick, P. / Hartmann, O. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J.V. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Buck, V. / Rosenfeldt, M. / Knapp, S. / Pluckthun, ...著者: Strubel, A. / Munick, P. / Hartmann, O. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J.V. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Buck, V. / Rosenfeldt, M. / Knapp, S. / Pluckthun, A. / Diefenbacher, M.E. / Dotsch, V.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly
Item: _citation.journal_id_ISSN / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_ISSN / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_struct_assembly.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein 63
B: Tumor protein p73
C: Tumor protein 63
D: Tumor protein p73
E: Darpin 1810 A2
F: Darpin 1810 A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2786
ポリマ－53,2786
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.729, 113.186, 135.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 7380.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質・ペプチド Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 6034.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP73, P73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15350
#3: タンパク質 Darpin 1810 A2


分子量: 13223.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.1M bis-tris propane pH 7.0, 0.2M salicylic, sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.08 Å / Num. obs: 17853 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2555 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 1.01 / Χ2: 1.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→43.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 38.382 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.631 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25164 906 5.1 %RANDOM
Rwork0.21466 ---
obs0.21656 16896 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.26 Å2-0 Å20 Å2
2--5.12 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 0 6 3464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.6324751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1191.5787678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8045430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1225.026193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.06215640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7931514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.524.8811738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5194.881737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9577.312162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9577.3112163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.895.2231772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8855.2231772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6377.6952589
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4357.0643783
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.4357.0743784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A12610.14
12C12610.14
21B12600.13
22D12600.13
31E37790.08
32F37790.08
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 68 -
Rwork0.377 1230 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.51450.99674.63664.6907-0.53368.71740.0784-0.5176-0.36170.2468-0.16510.0662-0.0898-0.19770.08670.29570.06990.10620.22570.01230.11611.196612.4851-0.0911
23.44470.0394-4.19521.5678-1.508211.81150.2687-0.5343-0.46410.271-0.1471-0.1660.23910.4326-0.12160.3765-0.0072-0.1380.37540.02990.333811.11796.3207-0.1099
34.48252.2672-0.67316.0207-3.06148.54320.03040.1087-0.4108-0.7353-0.1454-0.11770.24710.08870.11510.25550.05840.00910.2960.06660.171314.5539.208814.7828
43.03391.53040.66523.43523.60689.6194-0.17880.2186-0.3126-0.45620.10240.24730.3228-0.28760.07640.22670.0427-0.05310.30820.13050.21099.23157.536114.6257
55.7192-3.4982-0.13387.67960.59642.56370.08360.5991-0.0732-0.22650.0804-0.1066-0.27190.1201-0.16410.0347-0.02180.02150.2822-0.06640.023916.742916.5348-23.4808
69.302-1.6713-0.84524.8891-0.5733.74040.1694-0.96140.14240.3017-0.09530.0599-0.1871-0.001-0.07410.0568-0.02030.0030.32860.08230.059617.334812.790238.9618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A359 - 404
2X-RAY DIFFRACTION2B350 - 397
3X-RAY DIFFRACTION3C359 - 404
4X-RAY DIFFRACTION4D352 - 397
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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