PDB-8p9b: Crystal Structure of Mnk2-D228G in complex with Tinodasertib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p9b

タイトル

Crystal Structure of Mnk2-D228G in complex with Tinodasertib

要素

MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / MNK2 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / regulation of translation / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Sabin, V. / Bell, C. / Watson, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mnk2-D228G in complex with Tinodasertib
著者: Sabin, V. / Turnbull, A.P. / Bell, C. / Watson, M.

履歴

登録	2023年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p9b.cif.gz	153 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p9b.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p9b_validation.pdf.gz	707.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p9b_full_validation.pdf.gz	708.5 KB	表示
XML形式データ	8p9b_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	8p9b_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/8p9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/8p9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.910, 105.910, 71.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / MAP kinase signal-integrating kinase 2 / MAPK signal-integrating kinase 2 / Mnk2 分子量: 35604.461 Da / 分子数: 1 / 変異: D228G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK2, GPRK7, MNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HBH9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-X8K / 4-[6-(4-morpholin-4-ylcarbonylphenyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]benzenecarbonitrile 分子量: 408.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% (w/v) polyacrylic acid 5100, 2% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM HEPES, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→56.39 Å / Num. obs: 14740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.59→2.66 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1099 / CC_1/2: 0.558 / R_rim(I) all: 1.617 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→50.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.209 / SU B: 21.773 / SU ML: 0.21 / Average fsc free: 0.9511 / Average fsc work: 0.969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	738	5.013 %
R_work	0.2081	13983	-
all	0.211	-	-
obs	-	14721	99.932 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0.055 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.357 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→50.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2015	0	32	0	2047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.662	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.542	1.588	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.074	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.976	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.464	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	11.264	10	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.095	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.188	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.709	6.443	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.707	6.443	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.728	11.555	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.725	11.558	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.245	6.61	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.242	6.611	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.579	12.052	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.576	12.052	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.667	62.017	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.665	62.019	2322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.59-2.658	0.388	41	0.365	1055	0.366	1096	0.952	0.94	100	0.354
2.658-2.73	0.546	41	0.314	989	0.322	1030	0.931	0.957	100	0.293
2.73-2.809	0.414	43	0.301	964	0.305	1007	0.918	0.959	100	0.27
2.809-2.895	0.361	50	0.296	934	0.3	984	0.941	0.958	100	0.259
2.895-2.99	0.323	44	0.23	929	0.234	974	0.949	0.971	99.8973	0.196
2.99-3.094	0.295	52	0.208	851	0.213	903	0.949	0.973	100	0.178
3.094-3.211	0.248	46	0.199	872	0.202	919	0.959	0.975	99.8912	0.17
3.211-3.341	0.304	58	0.208	797	0.214	855	0.95	0.974	100	0.186
3.341-3.489	0.277	49	0.195	777	0.199	826	0.95	0.978	100	0.176
3.489-3.659	0.284	33	0.201	779	0.205	812	0.957	0.977	100	0.186
3.659-3.855	0.263	27	0.2	728	0.202	757	0.959	0.979	99.7358	0.193
3.855-4.088	0.261	52	0.194	656	0.198	708	0.954	0.979	100	0.185
4.088-4.368	0.206	36	0.169	650	0.171	686	0.975	0.984	100	0.172
4.368-4.715	0.207	34	0.141	595	0.144	629	0.973	0.989	100	0.15
4.715-5.16	0.22	32	0.167	553	0.17	585	0.97	0.982	100	0.179
5.16-5.762	0.351	23	0.252	513	0.256	536	0.918	0.962	100	0.265
5.762-6.638	0.328	28	0.272	450	0.275	478	0.941	0.958	100	0.284
6.638-8.095	0.26	20	0.214	394	0.216	414	0.965	0.972	100	0.249
8.095-11.3	0.156	19	0.18	301	0.179	322	0.985	0.979	99.3789	0.217
11.3-50.005	0.322	10	0.267	196	0.27	206	0.951	0.946	100	0.317

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.8287 Å / Origin y: 73.9554 Å / Origin z: 2.7716 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0585 Å²	0.0064 Å²	-0.0785 Å²	-	0.0811 Å²	-0.0731 Å²	-	-	0.206 Å²
L	4.2638 °²	0.7804 °²	1.3396 °²	-	3.3298 °²	1.3433 °²	-	-	2.5001 °²
S	-0.2038 Å °	-0.0606 Å °	0.6105 Å °	-0.172 Å °	-0.1502 Å °	0.1042 Å °	-0.3608 Å °	0.0819 Å °	0.3541 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL / Selection details: { A|71-531 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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