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万見
- PDB-8p8s: Recombinant Ym2 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p8s
タイトルRecombinant Ym2 crystal structure
要素Chitinase-like protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ym2 / Chil4 / in vivo crystallization / chitinase-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate metabolic process / inflammatory response / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Heyndrickx, I. / Smole, U. / Aegerter, A. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N.
資金援助European Union, ベルギー, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)789384European Union
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H1222N ベルギー
引用
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7867
ポリマ－47,4131
非ポリマー3726
水10,485582
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Monomeric in solution as determined via SEC-MALLS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area15280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.090, 59.900, 59.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitinase-like protein 4 / Chitinase-3-like protein 4 / Secreted protein Ym2


分子量: 47413.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The cDNA sequence encoding murine Ym2 (Uniprot Q91Z98, residues 22 - 402) was cloned in the pTwist-CMV-BetaGlobin mammalian expression vector, in frame with the mouse IgH signal peptide ...詳細: The cDNA sequence encoding murine Ym2 (Uniprot Q91Z98, residues 22 - 402) was cloned in the pTwist-CMV-BetaGlobin mammalian expression vector, in frame with the mouse IgH signal peptide (MGWSCIIFFLVATATGVHS), and an N-terminal hexahistine-tag followed by a Tobacco Etch Virus (TEV)-protease cleavage site. Ym2 was purified via IMAC and SEC. Before crystallization the His-tag was removed by incubation with TEV protease.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Chil4, Chi3l4, Ym2 / プラスミド: pTwist_ss_His_TEV_Ym2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91Z98
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 6.0 and 200 mM CaCl / Temp details: Temperature controlled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold N2 gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日
放射モノクロメーター: 0.9763 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→59.73 Å / Num. obs: 119183 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.76 % / Biso Wilson estimate: 12.048 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル解像度: 1.17→1.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.74 / Num. unique obs: 18719 / CC1/2: 0.925 / Rrim(I) all: 0.358 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.17→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU R Cruickshank DPI: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.037 / SU Rfree Blow DPI: 0.037 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.034
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.167 5924 4.97 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.158 119181 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.867 Å20 Å20.0606 Å2
2--0.2042 Å20 Å2
3---0.6629 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.17→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2976 0 24 584 3584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0711117HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1332SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes987HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6170HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion401SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7550SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.17→1.18 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 124 5.2 %
Rwork0.1893 2260 -
all0.189 2384 -
obs--89.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0327-0.04380.02540.1039-0.01930.0035-0.0046-0.00640.0001-0.00720.00420.0173-0.00990.00290.00040.0044-0.0014-0.0012-0.0077-0.0029-0.000334.164918.478411.4558
20.0051-0.05820.05150.18220.00860.0074-0.0116-0.0066-0.01350.00430.0115-0.0034-0.01440.00450.00010.0049-0.0003-0.0044-0.0035-0.0038-0.002151.486210.492519.4579
30.0505-0.0459-0.0010.0567-0.06570.0305-0.01150.0012-0.0010.00620.00530.00480.01610.00280.00620.0053-0.0001-0.0018-0.0071-0.0015-0.003946.7211-2.882115.9983
40.2931-0.1788-0.03480-0.14670.15010.0741-0.0307-0.01430.01020.0499-0.0259-0.0033-0.0149-0.1240.0053-0.00180.01660.00450.0198-0.01229.183-0.56925.0016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|166 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|167 - A|213 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|214 - A|356 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|357 - A|374 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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