PDB-8p8r: Ex vivo Ym1 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8r

タイトル

Ex vivo Ym1 crystal structure

要素

Chitinase-like protein 3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ym1 / autocrystallization / Chil3 / chitinase-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

rough endoplasmic reticulum lumen / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Heyndrickx, I. / Smole, U. / Aegerter, H. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N.

資金援助

European Union,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Ym1 protein crystals promote type 2 immunity.
著者: Heyndrickx, I. / Deswarte, K. / Verstraete, K. / Verschueren, K.H.G. / Smole, U. / Aegerter, H. / Dansercoer, A. / Hammad, H. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N.

履歴

登録	2023年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8r.cif.gz	161.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8r.ent.gz	124.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p8r_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p8r_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	8p8r_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8p8r_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8qC 8p8sC 8p8tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase-like protein 3

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Recombinant Ym1 is predominantly monomeric at lower concentrations but SEC-MALLS shows concentration-dependent self-association (> 0.3 mg/ml).

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.518, 60.248, 60.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitinase-like protein 3 / Beta-N-acetylhexosaminidase Ym1 / Chitinase-3-like protein 3 / ECF-L / Eosinophil chemotactic ...Beta-N-acetylhexosaminidase Ym1 / Chitinase-3-like protein 3 / ECF-L / Eosinophil chemotactic cytokine / Secreted protein Ym1 分子量: 44503.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: The sequence corresponds to Uniprot ID O35744. Residues 1 to 21 correspond to the native secretion signal. Ym1 crystals were harvested from the BAL fluid of viable motheaten mice (mev/mev mice). 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) Plasmid details: Ym1 crystals were harvested from the BAL fluid of viable motheaten mice (mev/mev mice). 株: mev/mev / 組織: Lung BAL fluid / 参照: UniProt: O35744, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: in cell 詳細: Spontaneous in vivo crystallisation. Single ex vivo Ym1 crystals were harvested from the BAL fluid of mev/mev mice using mounted cryo-loops. Temp details: In vivo - lung of mice

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→59.9 Å / Num. obs: 66956 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.33 % / B_iso Wilson estimate: 20.936 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.42→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 10672 / CC_1/2: 0.395 / R_rim(I) all: 1.382

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808	データ削減
Aimless	v. 0.7.4	データスケーリング
PHASER	v. 2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→26.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.061 / SU R_free Blow DPI: 0.063 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.063

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	3335	4.98 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	66944	98.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9093 Å²	0 Å²	0.8787 Å²
2-	-	0.9115 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.9978 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.42→26.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2957	0	4	163	3124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3061	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	4166	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1020	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		515	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3061	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.99
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		385	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3702	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.42→1.43 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3005	-	5 %
R_work	0.2224	1272	-
all	0.2263	1339	-
obs	-	-	96.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6508	-0.3963	0.2014	0.8465	1.1598	3.8461	0.1033	0.0325	-0.0917	-0.0305	-0.0566	0.1369	0.0375	-0.3283	-0.0468	0.0214	-0.012	-0.0133	0.0025	-0.0029	0.0128	31.0713	2.717	8.2696
2	0.4655	0.0747	-0.0253	0.4828	-0.072	0.4118	-0.0412	0.0243	0.0186	-0.0988	0.0417	0.0596	-0.0142	-0.053	-0.0006	-0.0054	-0.0026	0.0069	-0.0236	-0	-0.0182	32.5121	18.2507	9.1887
3	2.1722	-0.4077	-0.4216	0.4866	0.3538	0.8691	-0.055	-0.0515	0.1289	0.0438	0.0131	0.0279	-0.1054	-0.0622	0.042	0.0104	0.006	0.0028	-0.0145	-0.0047	-0.0232	35.9313	26.3289	18.695
4	0.2003	-0.4034	-0.3335	0.9414	0.4227	0.5039	-0.0351	-0.0036	-0.0197	0.0278	0.0057	-0.0023	-0.0275	0.0323	0.0294	0	0.0074	0.0073	-0.0056	0.0013	-0.0122	46.9569	15.6199	19.9441
5	1.7188	-0.19	0.6573	1.6412	0.1629	0.1903	0.0154	0.1054	-0.0095	-0.0872	0.009	-0.2188	-0.0031	0.0671	-0.0244	-0.0147	0.0029	0.0261	-0.0123	0.0052	0.0283	56.8303	-1.7867	17.6671
6	0.3983	-0.223	-0.027	0.5771	0.0512	0.4605	0.0091	0.0325	0.0159	-0.0013	-0.0114	-0.0289	0.0408	0.0248	0.0023	-0.0056	0.0001	0.017	-0.0048	0.0052	0.0013	49.2439	-0.8656	14.0124
7	0.4715	-0.3053	-0.0282	0.4692	-0.0699	0.4284	-0.0272	-0.0066	-0.0585	0.0222	0.0232	0.0405	0.0668	-0.0535	0.004	0.0094	-0.0114	0.0134	-0.0086	-0.0006	0.0048	39.5824	-5.3547	19.2668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|24 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|25 - A\|127 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|128 - A\|166 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|167 - A\|195 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|196 - A\|213 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|214 - A\|290 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|291 - A\|373 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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