PDB-8p8f: Crystal structure of the lipase SpL from Sphingomonas sp. HXN-200...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8f

タイトル

Crystal structure of the lipase SpL from Sphingomonas sp. HXN-200 in complex with N-benzyl-picolinamide

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta hydrolase / lipase / SpL

機能・相同性

Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / : / Lipase

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mokos, D. / Gruber, K. / Daniel, B.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Biocatalytic Heteroaromatic Amide Formation in Water Enabled by a Catalytic Tetrad and Two Access Tunnels.
著者: Zukic, E. / Mokos, D. / Weber, M. / Stix, N. / Ditrich, K. / Ferrario, V. / Muller, H. / Willrodt, C. / Gruber, K. / Daniel, B. / Kroutil, W.

履歴

登録	2023年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8f.cif.gz	235.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8f.ent.gz	190 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oimC 8p7eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

B: Lipase

ヘテロ分子

71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.833, 60.833, 217.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 6 - 314 / Label seq-ID: 20 - 328

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 35488.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: LH19_08550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7I173
#2: 化合物	ChemComp-XBW / ~{N}-(phenylmethyl)pyridine-2-carboxamide 分子量: 212.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 mg/ml SPL, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03319 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→46.62 Å / Num. obs: 72849 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-46.62	13.3	0.074	607	0.995	0.03	0.079
1.8-1.84	11.7	0.743	4338	0.835	0.336	0.817

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
REFMAC	5.8.0403	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→46.618 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	3612	4.964 %
R_work	0.1886	69153	-
all	0.191	-	-
obs	-	72765	99.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.177 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.177 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.354 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4674	0	32	550	5256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.655	6602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	1.576	10380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.647	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.082	10	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.899	10	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.581	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.976	2.415	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.973	2.415	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.626	4.331	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.625	4.333	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.318	2.828	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.317	2.829	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.06	4.987	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.059	4.987	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.721	24.388	5557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.619	24.047	5436
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.065	0.05	10127

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06502	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06502	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.269	247	0.249	5152	0.25	5399	0.949	0.958	100	0.236
1.847-1.897	0.292	239	0.257	4990	0.259	5229	0.943	0.956	100	0.239
1.897-1.952	0.338	229	0.323	4836	0.323	5066	0.927	0.938	99.9803	0.315
1.952-2.012	0.255	250	0.223	4678	0.225	4928	0.952	0.967	100	0.203
2.012-2.078	0.256	245	0.215	4534	0.217	4780	0.951	0.971	99.9791	0.199
2.078-2.151	0.25	219	0.206	4468	0.208	4688	0.955	0.972	99.9787	0.191
2.151-2.232	0.254	212	0.215	4236	0.217	4448	0.958	0.97	100	0.198
2.232-2.323	0.28	214	0.229	4106	0.232	4321	0.946	0.965	99.9769	0.217
2.323-2.426	0.234	194	0.196	3943	0.198	4139	0.967	0.978	99.9517	0.187
2.426-2.544	0.26	192	0.203	3760	0.206	3952	0.96	0.978	100	0.198
2.544-2.681	0.253	192	0.193	3554	0.196	3746	0.963	0.979	100	0.193
2.681-2.843	0.277	176	0.188	3357	0.192	3533	0.957	0.979	100	0.193
2.843-3.038	0.244	209	0.184	3159	0.188	3368	0.962	0.978	100	0.197
3.038-3.281	0.219	150	0.184	2942	0.186	3092	0.971	0.979	100	0.201
3.281-3.592	0.229	158	0.19	2743	0.192	2901	0.97	0.981	100	0.206
3.592-4.013	0.205	108	0.168	2473	0.17	2584	0.976	0.984	99.8839	0.188
4.013-4.628	0.175	126	0.141	2165	0.143	2293	0.981	0.988	99.9128	0.169
4.628-5.654	0.187	131	0.137	1807	0.14	1938	0.981	0.989	100	0.165
5.654-7.938	0.176	85	0.149	1422	0.151	1507	0.982	0.987	100	0.18
7.938-46.618	0.13	36	0.14	828	0.14	866	0.991	0.986	99.7691	0.18

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