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- PDB-8oim: Crystal structure of the lipase SpL from Sphingomonas sp. HXN-200 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oim | |||||||||
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Title | Crystal structure of the lipase SpL from Sphingomonas sp. HXN-200 | |||||||||
![]() | Lipase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta hydrolase / lipase / SpL | |||||||||
Function / homology | Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Lipase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mokos, D. / Gruber, K. / Daniel, B. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biocatalytic Heteroaromatic Amide Formation in Water Enabled by a Catalytic Tetrad and Two Access Tunnels. Authors: Zukic, E. / Mokos, D. / Weber, M. / Stix, N. / Ditrich, K. / Ferrario, V. / Muller, H. / Willrodt, C. / Gruber, K. / Daniel, B. / Kroutil, W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 244.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 190.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8p7eC ![]() 8p8fC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 6 - 314 / Label seq-ID: 20 - 328
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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Components
#1: Protein | Mass: 35488.051 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 5 mg/ml SPL, Index screen condition 78 (0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS, 25% PEG 3350) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2021 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03321 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→42.05 Å / Num. obs: 44854 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.462 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.994→42.048 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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