PDB-8p8e: Crystal structure of endolysin gp46 from Pseudomonas aeruginosa b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8e

タイトル

Crystal structure of endolysin gp46 from Pseudomonas aeruginosa bacteriophage vB_PaeM_KTN6

要素

Glycoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

endolysin / phage lysozyme /

muramidase (リゾチーム) /

antimicrobial

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I /

chitinase activity / chitin catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / Lysozyme-like domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycoside hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteriophage sp. (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.391 Å

データ登録者

van Raaij, M.J. / Sanz-Gaitero, M.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: PHAGE / 年: 2024
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a New Phage-Encoded Muramidase, KTN6 Gp46
著者: Sanz-Gaitero, M. / De Maesschalck, V. / Patel, A. / Longin, H. / Van Noort, V. / Rodriguez-Rubio, L. / van Ryne, M. / Danis-Wlodarczyk, K. / Drulis-Kawa, Z. / Mesnage, S. / van Raaij, M. / Lavigne, R.

履歴

登録	2023年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8e.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Glycoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.796, 43.201, 126.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family protein 分子量: 24199.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 遺伝子: IDBGMNHM_00003 / プラスミド: pEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: A0A9E7MJ36
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 % / 解説: needle
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mM HEPES-NaOH pH 7.0; 10 mM trisodium citrate; 16% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→43.2 Å / Num. obs: 46757 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.995 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6679 / CC_1/2: 0.695 / R_pim(I) all: 0.425 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Nov 1, 2016	データ削減
Aimless	0.5.31	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.391→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.033 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1641	2227	4.771 %
R_work	0.1263	44455	-
all	0.128	-	-
obs	-	46682	99.767 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.118 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.292 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.645 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.353 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.391→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1686	0	25	234	1945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.642	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.581	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.376	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.048	21.429	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.992	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.032	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.363	2.485	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.357	2.48	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.942	3.739	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.941	3.745	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.673	2.964	884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.671	2.964	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.432	4.258	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.43	4.259	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.688	31.399	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.394	30.793	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.76	3	3437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.391-1.427	0.362	147	0.305	3211	0.308	3373	0.848	0.879	99.5553	0.298
1.427-1.466	0.261	164	0.254	3142	0.254	3314	0.904	0.902	99.7586	0.242
1.466-1.509	0.233	145	0.212	3073	0.213	3237	0.933	0.93	99.413	0.196
1.509-1.555	0.184	162	0.149	2957	0.151	3129	0.952	0.959	99.6804	0.129
1.555-1.606	0.195	124	0.134	2947	0.136	3073	0.947	0.962	99.9349	0.112
1.606-1.662	0.157	116	0.111	2856	0.112	2973	0.97	0.974	99.9664	0.093
1.662-1.725	0.161	129	0.11	2704	0.112	2833	0.966	0.975	100	0.093
1.725-1.795	0.17	119	0.105	2615	0.107	2735	0.967	0.976	99.9634	0.088
1.795-1.875	0.154	139	0.099	2508	0.102	2647	0.97	0.98	100	0.085
1.875-1.966	0.161	110	0.1	2418	0.103	2530	0.972	0.979	99.9209	0.088
1.966-2.072	0.135	103	0.096	2313	0.098	2416	0.979	0.986	100	0.088
2.072-2.198	0.148	109	0.098	2169	0.1	2278	0.975	0.984	100	0.092
2.198-2.349	0.168	100	0.102	2068	0.105	2169	0.968	0.981	99.9539	0.1
2.349-2.537	0.148	129	0.104	1892	0.107	2022	0.974	0.982	99.9505	0.105
2.537-2.778	0.135	100	0.102	1764	0.104	1867	0.982	0.984	99.8393	0.108
2.778-3.103	0.177	102	0.121	1591	0.125	1699	0.963	0.977	99.6469	0.131
3.103-3.58	0.133	92	0.121	1419	0.122	1516	0.977	0.98	99.6702	0.139
3.58-4.376	0.16	59	0.12	1234	0.121	1296	0.976	0.983	99.7685	0.145
4.376-6.152	0.173	56	0.164	973	0.165	1038	0.975	0.975	99.1329	0.204
6.152-40.003	0.219	22	0.184	601	0.185	629	0.951	0.971	99.0461	0.251

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