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万見
- PDB-8p7n: The impact of molecular variants, crystallization conditions and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p7n
タイトルThe impact of molecular variants, crystallization conditions and space group on structure-ligand complexes: A case study on Bacterial Phosphotriesterase Variants and complexes
要素Parathion hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase activity / aryldialkylphosphatase / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Parathion hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dym, O. / Aggarwal, N. / Ashani, Y. / Albeck, S. / Unger, T. / Hamer Rogotner, S. / Silman, I. / Sussman, J.L.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation イスラエル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The impact of molecular variants, crystallization conditions and the space group on ligand-protein complexes: a case study on bacterial phosphotriesterase.
著者: Dym, O. / Aggarwal, N. / Ashani, Y. / Leader, H. / Albeck, S. / Unger, T. / Hamer-Rogotner, S. / Silman, I. / Tawfik, D.S. / Sussman, J.L.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2023年10月25日ID: 6FU0
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB ..._atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathion hydrolase
B: Parathion hydrolase
C: Parathion hydrolase
D: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67216
ポリマ－141,9654
非ポリマー70712
水724
1
A: Parathion hydrolase
B: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3368
ポリマ－70,9832
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
2
C: Parathion hydrolase
D: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3368
ポリマ－70,9832
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.890, 119.900, 161.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Parathion hydrolase / Phosphotriesterase / PTE


分子量: 35491.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
遺伝子: opd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A434, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 6,000 2% PEG 400 15% MPD 0.1M HEPES pH=7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→77.872 Å / Num. obs: 29131 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.09627 / Net I/σ(I): 7.24
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 2870 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.3261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→77.872 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1412 4.86 %
Rwork0.1821 --
obs0.1858 29064 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→77.872 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9874 0 5 4 9883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20513701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2118194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.31440.3491480.2412719X-RAY DIFFRACTION100
3.3144-3.44710.33271130.22152738X-RAY DIFFRACTION100
3.4471-3.6040.30771440.22292721X-RAY DIFFRACTION100
3.604-3.7940.28861200.19512742X-RAY DIFFRACTION100
3.794-4.03170.23351490.18342757X-RAY DIFFRACTION100
4.0317-4.34290.28691200.17232750X-RAY DIFFRACTION100
4.3429-4.77990.26241430.16252770X-RAY DIFFRACTION100
4.7799-5.47150.2271450.15992780X-RAY DIFFRACTION100
5.4715-6.89280.25081640.19322779X-RAY DIFFRACTION99
6.8928-100.17081660.1452896X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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