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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p7k | |||||||||
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タイトル | The impact of molecular variants, crystallization conditions and space group on structure-ligand complexes: A case study on Bacterial Phosphotriesterase Variants and complexes | |||||||||
![]() | Parathion hydrolase | |||||||||
![]() | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dym, O. / Aggawal, N. / Ashani, Y. / Albeck, S. / Unger, T. / Hamer Rogotner, S. / Silman, I. / Sussman, J.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The impact of molecular variants, crystallization conditions and the space group on ligand-protein complexes: a case study on bacterial phosphotriesterase. 著者: Dym, O. / Aggarwal, N. / Ashani, Y. / Leader, H. / Albeck, S. / Unger, T. / Hamer-Rogotner, S. / Silman, I. / Tawfik, D.S. / Sussman, J.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p7fC ![]() 8p7hC ![]() 8p7iC ![]() 8p7mC ![]() 8p7nC ![]() 8p7qC ![]() 8p7rC ![]() 8p7sC ![]() 8p7tC ![]() 8p7uC ![]() 8p7vC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36756.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: opd / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% Polyacrylic acid 0.02M MgCl2 0.1M HEPES pH=7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.929→32.702 Å / Num. obs: 46379 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4410 / CC1/2: 0.772 / Rpim(I) all: 0.338 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.929→32.702 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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