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- PDB-8p6m: Arsenate reductase (ArsC2) from Deinococcus indicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p6m
タイトルArsenate reductase (ArsC2) from Deinococcus indicus
要素Low molecular weight phosphatase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / bioremediation / arsenic / LMW-PTPase / reductase / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Low molecular weight phosphatase family protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus indicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Gouveia, A.G. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
資金援助 ポルトガル, 4件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/31317/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04612/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04612/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLA/P/0087/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: Unraveling the multifaceted resilience of arsenic resistant bacterium Deinococcus indicus .
著者: Gouveia, A.G. / Salgueiro, B.A. / Ranmar, D.O. / Antunes, W.D.T. / Kirchweger, P. / Golani, O. / Wolf, S.G. / Elbaum, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
履歴
登録2023年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphatase family protein
B: Low molecular weight phosphatase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5222
ポリマ－31,5222
非ポリマー00
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.673, 39.401, 72.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.383, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphatase family protein


分子量: 15760.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Arsenic resistant
由来: (組換発現) Deinococcus indicus (バクテリア)
株: Wt/1a / 遺伝子: CBQ26_01585 / プラスミド: pET28a(+)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A246BSD0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium Acetate trihdrate, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.7 Å / Num. obs: 25923 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 29.476 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 994 / CC1/2: 0.485 / Rpim(I) all: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→19.7 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2776
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1272 4.91 %
Rwork0.2235 24627 -
obs0.225 25899 87.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 0 262 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00472065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67392821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3001731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.720.34531100.25922087X-RAY DIFFRACTION67.43
1.72-1.790.26981190.26072365X-RAY DIFFRACTION76.17
1.79-1.890.31911270.26122589X-RAY DIFFRACTION82.58
1.89-2.010.27911480.24692799X-RAY DIFFRACTION89.85
2.01-2.160.27341410.22362988X-RAY DIFFRACTION95.4
2.16-2.380.26421590.20922978X-RAY DIFFRACTION95.87
2.38-2.720.25661620.21393016X-RAY DIFFRACTION95.81
2.72-3.430.22451410.21042949X-RAY DIFFRACTION92.9
3.43-19.70.2341650.22282856X-RAY DIFFRACTION88.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.10132636064-0.02453435508890.28141762982.04749708495-0.01680179999561.53420364242-0.00130469764375-0.146970664854-0.0592162948459-0.0726190274650.05760163341270.237751486099-0.078143275532-0.163343245417-0.03865918323660.1083863704120.0236350095013-0.007475213186910.09402783766890.01255028457180.128431092567-7.60271666878-5.1412811197-32.0374921537
26.223639516042.00520403344.741115403450.7113358197531.783461764154.587787914550.346730442992-0.893512698296-0.1032863415330.311234725601-0.1655499613910.2838915402620.383864140989-0.511789240231-0.167867066840.206022567129-0.01867017166740.01506893989150.1925762980050.02497835638460.318292219543-12.4132509998-16.3247593052-32.2263312767
33.266709594840.5095893622791.401553043242.539963583441.024699489775.842090234280.0261417839206-0.0922455870161-0.03950044811890.1238630567250.0231321595979-0.002337825172590.224880189940.239911336015-0.04938750764190.1038873936870.02229662298450.03013456215130.07084651021440.00813919906030.07493868888322.85851260935-12.591735392-30.3379509724
43.46530407794-0.394479849086-0.5696161142041.758261465970.141821368171.36979549322-0.03153274234150.101458862101-0.007189631934770.009237719079360.05508701270250.2696951140610.073866521023-0.137279523241-0.01278071715670.102994428301-0.0304290696943-0.0001909456726840.0866932354240.02947499818730.113271817051-12.6305392181.50831448958-3.57717595013
57.186502025550.0638255323407-1.288570092712.29784868642.780661408663.622590782350.2914051948921.078183831460.461991179285-0.415556000728-0.07502749677880.61123703907-0.891859451584-0.885294643738-0.2869929250060.2834697362610.09858260056050.01931969630220.3075616453990.1009433851480.490812538665-22.578747868910.3354481521-5.43486122178
62.43218420126-0.417495068307-1.073615038671.815785395671.143146464161.332163809370.1040839889880.1489133850220.191468351864-0.1583954499150.0250028777113-0.109759542102-0.136214451776-0.00869936035213-0.1097774281210.13449658708-0.006720105776080.004427449382130.1003445503080.03171351668450.0768858768049-4.594585642229.80761070496-5.90782770544
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 81 )AA8 - 811 - 74
22chain 'A' and (resid 82 through 110 )AA82 - 11075 - 95
33chain 'A' and (resid 111 through 144 )AA111 - 14496 - 129
44chain 'B' and (resid 8 through 85 )BB8 - 851 - 78
55chain 'B' and (resid 86 through 101 )BB86 - 10179 - 89
66chain 'B' and (resid 102 through 143 )BB102 - 14390 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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