PDB-8p5n: Arsenate reductase (ArsC2) from Deinococcus indicus, co-crystalli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5n

タイトル

Arsenate reductase (ArsC2) from Deinococcus indicus, co-crystallized with arsenate

要素

Low molecular weight phosphatase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bioremediation / arsenic / LMW-PTPase / reductase

機能・相同性

Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / response to arsenic-containing substance / ARSENATE / Low molecular weight phosphatase family protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus indicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gouveia, A.G. / Matias, P.M. / Romao, C.V.

資金援助

ポルトガル, 4件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	PTDC/BIA-BQM/31317/2017	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDB/04612/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDP/04612/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	LA/P/0087/2020	ポルトガル

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: Unraveling the multifaceted resilience of arsenic resistant bacterium Deinococcus indicus .
著者: Gouveia, A.G. / Salgueiro, B.A. / Ranmar, D.O. / Antunes, W.D.T. / Kirchweger, P. / Golani, O. / Wolf, S.G. / Elbaum, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5n.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5n.ent.gz	137.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p6mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Low molecular weight phosphatase family protein

B: Low molecular weight phosphatase family protein

ヘテロ分子

32 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Low molecular weight phosphatase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Low molecular weight phosphatase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.513, 39.822, 72.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.075, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 8 through 35 or resid 37...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 8 through 35 or resid 37...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	A	A	8 - 35	8 - 35
d_1	2	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	37 - 67	37 - 67
d_1	3	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	69 - 134	69 - 134
d_1	4	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	136 - 142	136 - 142
d_1	5	ART	ART	ART	ART	A	C	201
d_1	6	GOL	GOL	GOL	GOL	A	D	202
d_2	1	PRO	PRO	GLY	GLY	B	B	8 - 35	8 - 35
d_2	2	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	37 - 67	37 - 67
d_2	3	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	69 - 134	69 - 134
d_2	4	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	136 - 142	136 - 142
d_2	5	ART	ART	ART	ART	B	E	201
d_2	6	GOL	GOL	GOL	GOL	B	F	202

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999988084451, 0.00090828120668, 0.00479645507371), (0.000718659970787, -0.999223717224, 0.0393884052205), (0.00482850741647, -0.0393844888657, -0.99921246367) ...

#1: タンパク質	Low molecular weight phosphatase family protein / Arsenate reductase (ArsC2) 分子量: 15760.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Arsenic resistant 由来: (組換発現) Deinococcus indicus (バクテリア) 株: Wt/1a / 遺伝子: CBQ26_01585 / プラスミド: pET28a(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A246BSD0
#2: 化合物	ChemComp-ART / ARSENATE / アルセナ-ト分子量: 138.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.32 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M Dibasic Heptahydratesodium Arsenate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→19.91 Å / Num. obs: 35509 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.16 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1775 / CC_1/2: 0.725 / R_pim(I) all: 0.347 / R_rim(I) all: 0.62 / % possible all: 41.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→19.91 Å / SU ML: 0.1246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.1334
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1716	1730	4.87 %
R_work	0.1525	33776	-
obs	0.1534	35506	89.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2098	0	20	307	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6698	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0587	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2695	789

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.54259887781 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.267	56	0.2166	1132	X-RAY DIFFRACTION	36.5
1.54-1.59	0.2386	93	0.212	2139	X-RAY DIFFRACTION	67.74
1.59-1.65	0.2271	144	0.2075	2823	X-RAY DIFFRACTION	90.57
1.65-1.72	0.2127	171	0.1868	3016	X-RAY DIFFRACTION	97.73
1.72-1.79	0.2212	166	0.1735	3039	X-RAY DIFFRACTION	97.65
1.79-1.89	0.1685	143	0.1562	3085	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.89-2.01	0.1959	155	0.1511	3044	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.01-2.16	0.1631	151	0.1374	3097	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.16-2.38	0.1509	147	0.1351	3066	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.38-2.72	0.1529	145	0.1452	3121	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.72-3.43	0.1878	172	0.1452	3102	X-RAY DIFFRACTION	97.91
3.43-19.91	0.1458	187	0.1481	3112	X-RAY DIFFRACTION	96.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.85101398648	-0.380819622551	-0.405729694224	2.45060377317	-0.599702895808	2.03772950679	0.013486149606	-0.174747325001	0.0126783256607	0.214546962421	0.0405873189361	-0.196922209719	-0.126319250317	0.226507328141	-0.0674687971404	0.093792983383	-0.0123616651288	0.00032660832336	0.0898949961243	-0.0145723321854	0.126590314365	-5.4504035969	11.6231378696	-0.723932519409
2	3.69868989446	0.166210515032	0.161910925158	2.89951244853	-0.019872521846	0.252568145973	0.0619380525297	-0.207864441852	0.0790713658758	0.123140293359	0.0371936240399	-0.0155678354565	-0.12441203645	0.0738362531348	-0.081943971764	0.0702830483536	-0.00176001014869	0.00374283712079	0.0723253305141	-0.00868333633134	0.0684891449058	-11.3428823016	12.8074034892	1.41719295997
3	3.03267894944	-0.289284386522	-0.254006935574	1.3380594704	0.0146276517689	1.21164705601	0.0221622487434	0.18179017867	0.157403504347	-0.121693934463	-0.0101863314843	-0.142875419127	-0.0596062885332	-0.00717443876387	-0.0290884919341	0.108841938691	-0.010471712794	0.0134708569397	0.0719698286271	-0.00225716903195	0.105407679432	-14.3169332855	17.7521296083	-8.3343374289
4	6.08876393526	1.44002641136	-0.982167739459	4.0853526909	-4.53458467337	5.09717829585	-0.015727875327	0.0820216211965	0.123363878687	-0.143806356745	-0.287689497192	-0.471034001578	0.0945365849285	0.177488049719	0.325232058416	0.134244165887	0.00409450810353	0.00439317687898	0.118375137435	-0.0226680469507	0.167232279332	4.27339698098	12.8756506689	-2.60338486172
5	3.14074774167	0.124198536582	1.13349814112	1.17999407782	-0.251612060874	2.1841575357	0.0553611286285	0.226405578174	-0.313553345332	-0.236621059788	0.00704804148152	-0.126032127951	0.174960128475	0.157470091773	-0.0824884098015	0.143244228538	0.0252998476301	0.00322400009411	0.0964828024558	-0.0143653748856	0.147457550452	-4.38729583683	2.94900739785	-5.91945401806
6	2.07978353946	-0.119206508122	0.67678631403	1.59592682937	-1.03618939709	4.78113089559	0.0174304203826	0.0254042021948	-0.0108263677664	-0.0987312288909	0.0210384834385	0.0342955475791	0.110818454788	-0.179071939878	-0.0708441735653	0.0817892829669	-0.0126333667137	0.00453343196709	0.0657028403028	-0.00698375528479	0.0828891120013	-20.0062067012	6.55905394388	-5.67733091677
7	2.55735943037	0.177556778269	-0.36558222995	1.85155028713	-0.310997282437	1.18255953977	-0.00162596913612	0.0237533543279	-0.0741066700163	-0.0311394293686	0.0269685147352	-0.199163820013	0.08941904388	0.07753289974	-0.0270315871571	0.120161740607	0.0229652314105	-0.00610086918338	0.1169328317	-0.0228311451831	0.134165026143	-7.1382887098	20.1015578575	-32.2178881991
8	3.81237790343	-1.43814636451	1.98640691452	5.38333136195	-4.1350060513	3.43330897233	0.0248840109443	-0.102585951475	-0.146247169707	0.160902944441	0.154024157462	-0.0812052784143	-0.135953863532	0.0557299170359	-0.155433198139	0.151690938964	0.0332568405319	0.0327657989007	0.189214052289	-0.0267048362382	0.375923475929	8.62153404054	22.0255887592	-33.1807984742
9	3.25285293913	-0.364787480564	-1.39905105918	1.52002717213	0.559301111192	5.37238227064	0.0303151385263	-0.481432019769	0.46297461293	0.326649736426	-0.0674938921489	-0.475171912838	-0.39237591769	0.303038352983	-0.0841680590376	0.208542873172	-0.0260299232822	-0.0380251737499	0.183163857405	-0.0492940664958	0.281178807585	1.94119055528	30.5654674306	-27.8221967448
10	2.15817386721	0.336173679511	-1.22085843342	1.82478047309	-0.857600320938	2.15068580135	0.0560602176052	-0.099428668369	0.143107504432	0.159442562559	0.0407985268815	-0.00864206603105	-0.137616029783	0.0184642602866	-0.0984952808749	0.139845884879	0.0161846193243	-0.00258990240391	0.122556291114	-0.0109412479899	0.118037828428	-12.5065410463	29.0220487543	-29.6229775806

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 20 )	A	A	6 - 20	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 21 through 43 )	A	A	21 - 43	16 - 38
3	3	chain 'A' and (resid 44 through 72 )	A	A	44 - 72	39 - 67
4	4	chain 'A' and (resid 73 through 81 )	A	A	73 - 81	68 - 76
5	5	chain 'A' and (resid 82 through 110 )	A	A	82 - 110	77 - 105
6	6	chain 'A' and (resid 111 through 143 )	A	A	111 - 143	106 - 138
7	7	chain 'B' and (resid 8 through 72 )	B	D	8 - 72	1 - 65
8	8	chain 'B' and (resid 73 through 81 )	B	D	73 - 81	66 - 74
9	9	chain 'B' and (resid 82 through 100 )	B	D	82 - 100	75 - 93
10	10	chain 'B' and (resid 101 through 142 )	B	D	101 - 142	94 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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