+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8p6m | |||||||||||||||
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Title | Arsenate reductase (ArsC2) from Deinococcus indicus | |||||||||||||||
Components | Low molecular weight phosphatase family protein | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / bioremediation / arsenic / LMW-PTPase / reductase / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
Function / homology | Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Low molecular weight phosphatase family protein Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Deinococcus indicus (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||||||||
Authors | Gouveia, A.G. / Matias, P.M. / Romao, C.V. | |||||||||||||||
Funding support | Portugal, 4items
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Citation | Journal: Front Microbiol / Year: 2023 Title: Unraveling the multifaceted resilience of arsenic resistant bacterium Deinococcus indicus . Authors: Gouveia, A.G. / Salgueiro, B.A. / Ranmar, D.O. / Antunes, W.D.T. / Kirchweger, P. / Golani, O. / Wolf, S.G. / Elbaum, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8p6m.cif.gz | 142.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8p6m.ent.gz | 91.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8p6m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8p5nC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15760.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Arsenic resistant / Source: (gene. exp.) Deinococcus indicus (bacteria) / Strain: Wt/1a / Gene: CBQ26_01585 / Plasmid: pET28a(+) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A246BSD0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Sodium Acetate trihdrate, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→19.7 Å / Num. obs: 25923 / % possible obs: 87.3 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 29.476 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 994 / CC1/2: 0.485 / Rpim(I) all: 0.55 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65→19.7 Å / SU ML: 0.2217 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.2776 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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