PDB-8p6k: Structure of the hypervariable region of Streptococcus pyogenes M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p6k

タイトル

Structure of the hypervariable region of Streptococcus pyogenes M3 protein

要素

Antiphagocytic M protein, type 3

キーワード

PROTEIN BINDING / M protein / Streptococcus pyogenes / hypervariable region / collagen-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.918 Å

データ登録者

Wojnowska, M. / Schwarz-Linek, U.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for collagen recognition by the Streptococcus pyogenes M3 protein and its involvement in biofilm
著者: Wojnowska, M. / Wajima, T. / Yelland, T. / Ludewig, H. / Hagan, R.M. / Watt, G. / Hamaia, S.W. / Bihan, D. / Malcor, J.D. / Bonna, A. / Bergsten, H. / Svensson, M. / Oppegaard, O. / Skrede, S. ...

履歴

登録	2023年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p6k.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p6k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p6k_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p6k_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	8p6k_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8p6k_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p6jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Antiphagocytic M protein, type 3

CCC: Antiphagocytic M protein, type 3

26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, dimerisation was verified using CD spectroscopy on full length protein

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.474, 24.107, 78.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.287, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Antiphagocytic M protein, type 3 分子量: 13276.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌) 株: MGAS315 / 遺伝子: emm3, SpyM3_1727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UWN1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.918→75.25 Å / Num. obs: 21415 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.9 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / Num. unique obs: 1045 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 1.741

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.918→75.247 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.278 / WR_factor R_work: 0.237 / Average fsc free: 0.8638 / Average fsc work: 0.8803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	1054	4.923 %
R_work	0.2297	20357	-
all	0.232	-	-
obs	-	21411	99.721 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.913 Å²	-0 Å²	-2.306 Å²
2-	-	0.838 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.162 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.918→75.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1787	0	0	81	1868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.648	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.269	1.601	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.337	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.115	25.229	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.756	15	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.143	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.057	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.936	4.448	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.923	4.445	869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.957	6.633	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.955	6.637	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.375	5.139	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.352	5.138	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.284	7.421	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.291	7.425	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.339	52.367	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.322	52.231	2114

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.918-1.968	0.338	84	0.333	1452	0.334	1564	0.703	0.727	98.2097	0.339
1.968-2.022	0.347	83	0.324	1457	0.326	1548	0.73	0.753	99.4832	0.326
2.022-2.081	0.342	54	0.288	1389	0.29	1450	0.79	0.807	99.5172	0.283
2.081-2.145	0.315	82	0.259	1365	0.263	1452	0.847	0.857	99.6556	0.253
2.145-2.215	0.279	72	0.251	1335	0.252	1410	0.875	0.88	99.7872	0.239
2.215-2.293	0.292	66	0.234	1254	0.237	1321	0.88	0.896	99.9243	0.22
2.293-2.379	0.245	69	0.219	1266	0.221	1336	0.91	0.922	99.9251	0.211
2.379-2.476	0.267	60	0.214	1195	0.217	1256	0.902	0.917	99.9204	0.2
2.476-2.586	0.273	59	0.219	1128	0.222	1187	0.92	0.927	100	0.201
2.586-2.712	0.331	44	0.237	1148	0.24	1192	0.875	0.91	100	0.223
2.712-2.859	0.257	57	0.242	1018	0.243	1075	0.888	0.908	100	0.231
2.859-3.032	0.29	50	0.247	1035	0.249	1085	0.907	0.906	100	0.238
3.032-3.241	0.349	55	0.237	908	0.242	964	0.875	0.909	99.8963	0.237
3.241-3.5	0.262	46	0.227	891	0.229	937	0.918	0.921	100	0.231
3.5-3.833	0.223	46	0.227	801	0.227	850	0.93	0.936	99.6471	0.241
3.833-4.284	0.227	30	0.194	748	0.195	778	0.951	0.958	100	0.208
4.284-4.944	0.217	30	0.194	674	0.195	704	0.942	0.952	100	0.218
4.944-6.049	0.329	28	0.25	572	0.253	600	0.898	0.926	100	0.281
6.049-8.527	0.268	25	0.255	446	0.256	471	0.95	0.93	100	0.301
8.527-75.247	0.208	14	0.208	274	0.208	290	0.944	0.963	99.3103	0.253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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