PDB-8p6j: Structure of the hypervariable region of Streptococcus pyogenes M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p6j

タイトル

Structure of the hypervariable region of Streptococcus pyogenes M3 protein in complex with a collagen peptide

要素

Antiphagocytic M protein, type 3
collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

キーワード

PROTEIN BINDING / M protein / Streptococcus pyogenes / hypervariable region / collagen-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.324 Å

データ登録者

Wojnowska, M. / Schwarz-Linek, U.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for collagen recognition by the Streptococcus pyogenes M3 protein and its involvement in biofilm
著者: Wojnowska, M. / Wajima, T. / Yelland, T. / Ludewig, H. / Hagan, R.M. / Watt, G. / Hamaia, S.W. / Bihan, D. / Malcor, J.D. / Bonna, A. / Bergsten, H. / Svensson, M. / Oppegaard, O. / Skrede, S. ...

履歴

登録	2023年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.title / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p6j.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p6j.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8p6j_validation.pdf.gz	488 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p6j_full_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示
XML形式データ	8p6j_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	8p6j_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Antiphagocytic M protein, type 3

CCC: Antiphagocytic M protein, type 3

AAA: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

DDD: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

EEE: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

FFF: Antiphagocytic M protein, type 3

GGG: Antiphagocytic M protein, type 3

HHH: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

JJJ: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

III: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

66 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Antiphagocytic M protein, type 3

CCC: Antiphagocytic M protein, type 3

HHH: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

JJJ: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

III: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, full-length M3 has been shown to form a homodimer using CD
33 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

DDD: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

EEE: collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238)

FFF: Antiphagocytic M protein, type 3

GGG: Antiphagocytic M protein, type 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.832, 51.503, 80.186
Angle α, β, γ (deg.)	87.326, 84.780, 89.394
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d1	1	Chains BBB CCC
d2	2	Chains BBB FFF
d3	3	Chains BBB GGG
d4	4	Chains CCC FFF
d5	5	Chains CCC GGG
d6	6	Chains AAA DDD
d7	7	Chains AAA EEE
d8	8	Chains AAA HHH
d9	9	Chains AAA JJJ
d10	10	Chains AAA III
d11	11	Chains DDD EEE
d12	12	Chains DDD HHH
d13	13	Chains DDD JJJ
d14	14	Chains DDD III
d15	15	Chains EEE HHH
d16	16	Chains EEE JJJ
d17	17	Chains EEE III
d18	18	Chains FFF GGG
d19	19	Chains HHH JJJ
d20	20	Chains HHH III
d21	21	Chains JJJ III

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d1	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	BBB	A	4 - 106	4 - 106
d1	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	CCC	B	4 - 106	4 - 106
d2	3	2	ASP	ASP	LYS	LYS	BBB	A	4 - 106	4 - 106
d2	4	2	ASP	ASP	LYS	LYS	FFF	F	4 - 106	4 - 106
d3	5	3	ALA	ALA	LYS	LYS	BBB	A	5 - 106	5 - 106
d3	6	3	ALA	ALA	LYS	LYS	GGG	G	5 - 106	5 - 106
d4	7	4	MET	MET	LYS	LYS	CCC	B	3 - 106	3 - 106
d4	8	4	MET	MET	LYS	LYS	FFF	F	3 - 106	3 - 106
d5	9	5	ALA	ALA	LYS	LYS	CCC	B	5 - 106	5 - 106
d5	10	5	ALA	ALA	LYS	LYS	GGG	G	5 - 106	5 - 106
d6	11	6	GLY	GLY	HYP	HYP	AAA	C	6 - 29	1 - 24
d6	12	6	GLY	GLY	HYP	HYP	DDD	D	36 - 59	1 - 24
d7	13	7	GLY	GLY	HYP	HYP	AAA	C	6 - 29	1 - 24
d7	14	7	GLY	GLY	HYP	HYP	EEE	E	66 - 89	1 - 24
d8	15	8	GLY	GLY	HYP	HYP	AAA	C	6 - 29	1 - 24
d8	16	8	GLY	GLY	HYP	HYP	HHH	H	6 - 29	1 - 24
d9	17	9	GLY	GLY	HYP	HYP	AAA	C	6 - 29	1 - 24
d9	18	9	GLY	GLY	HYP	HYP	JJJ	I	66 - 89	1 - 24
d10	19	10	PRO	PRO	PRO	PRO	AAA	C	7 - 28	2 - 23
d10	20	10	PRO	PRO	PRO	PRO	III	J	37 - 58	2 - 23
d11	21	11	GLY	GLY	HYP	HYP	DDD	D	36 - 59	1 - 24
d11	22	11	GLY	GLY	HYP	HYP	EEE	E	66 - 89	1 - 24
d12	22	12	GLY	GLY	HYP	HYP	DDD	D	36 - 59	1 - 24
d12	23	12	GLY	GLY	HYP	HYP	HHH	H	6 - 29	1 - 24
d13	24	13	GLY	GLY	HYP	HYP	DDD	D	36 - 59	1 - 24
d13	25	13	GLY	GLY	HYP	HYP	JJJ	I	66 - 89	1 - 24
d14	26	14	PRO	PRO	PRO	PRO	DDD	D	37 - 58	2 - 23
d14	27	14	PRO	PRO	PRO	PRO	III	J	37 - 58	2 - 23
d15	28	15	GLY	GLY	HYP	HYP	EEE	E	66 - 89	1 - 24
d15	29	15	GLY	GLY	HYP	HYP	HHH	H	6 - 29	1 - 24
d16	30	16	GLY	GLY	HYP	HYP	EEE	E	66 - 89	1 - 24
d16	31	16	GLY	GLY	HYP	HYP	JJJ	I	66 - 89	1 - 24
d17	32	17	PRO	PRO	PRO	PRO	EEE	E	67 - 88	2 - 23
d17	33	17	PRO	PRO	PRO	PRO	III	J	37 - 58	2 - 23
d18	33	18	ALA	ALA	LYS	LYS	FFF	F	5 - 106	5 - 106
d18	34	18	ALA	ALA	LYS	LYS	GGG	G	5 - 106	5 - 106
d19	35	19	GLY	GLY	HYP	HYP	HHH	H	6 - 29	1 - 24
d19	36	19	GLY	GLY	HYP	HYP	JJJ	I	66 - 89	1 - 24
d20	37	20	PRO	PRO	PRO	PRO	HHH	H	7 - 28	2 - 23
d20	38	20	PRO	PRO	PRO	PRO	III	J	37 - 58	2 - 23
d21	39	21	PRO	PRO	PRO	PRO	JJJ	I	67 - 88	2 - 23
d21	40	21	PRO	PRO	PRO	PRO	III	J	37 - 58	2 - 23

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Antiphagocytic M protein, type 3 分子量: 13276.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: emm3, SpyM3_1727 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UWN1
#2: タンパク質・ペプチド	collagen II-27 Toolkit peptide (JDM238) 分子量: 2148.244 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris pH8.5, 8% PEG10k protein 1:1.5 peptide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→79.77 Å / Num. obs: 35250 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 2.1
反射シェル	解像度: 2.32→2.34 Å / Num. unique obs: 997 / CC_1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.324→79.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.314 / WR_factor R_work: 0.27 / SU B: 17.265 / SU ML: 0.384 / Average fsc free: 0.7474 / Average fsc work: 0.7642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.768 / ESU R Free: 0.326 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	947	4.849 %
R_work	0.2412	18583	-
all	0.243	-	-
obs	-	19530	89.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.565 Å²	0.43 Å²	-0.858 Å²
2-	-	0.796 Å²	0.149 Å²
3-	-	-	-0.358 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.324→79.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4011	0	0	25	4036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	1.666	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	1.58	8255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.111	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.187	25.689	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.857	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.104	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.302	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.262	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.898	4.602	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.898	4.602	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.4	6.893	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.4	6.893	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.491	4.763	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.49	4.764	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.457	7.044	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.456	7.044	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.01	58.152	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.009	58.157	4659
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.094	0.05	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.109	0.05	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.111	0.05	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.097	0.05	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.073	0.05	410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.064	0.05	411
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.105	0.05	410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.066	0.05	412
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.053	0.05	375
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.044	0.05	409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.104	0.05	410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.042	0.05	410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.011	0.05	375
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.095	0.05	408
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.063	0.05	415
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.044	0.05	378
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.094	0.05	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.106	0.05	408
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.098	0.05	373
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.043	0.05	377

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.324-2.384	0.346	67	0.325	1330	0.326	1570	0.527	0.537	88.9809	0.33
2.384-2.45	0.339	70	0.326	1411	0.327	1639	0.514	0.522	90.36	0.327
2.45-2.521	0.384	62	0.328	1300	0.33	1478	0.54	0.528	92.1516	0.327
2.521-2.598	0.342	73	0.322	1284	0.323	1486	0.617	0.625	91.319	0.328
2.598-2.683	0.336	67	0.279	1243	0.282	1449	0.729	0.747	90.4072	0.283
2.683-2.777	0.322	58	0.261	1220	0.264	1381	0.76	0.79	92.5416	0.268
2.777-2.882	0.352	58	0.249	1210	0.254	1384	0.772	0.812	91.6185	0.255
2.882-3	0.251	66	0.246	1087	0.246	1246	0.817	0.812	92.5361	0.255
3-3.133	0.267	60	0.234	1116	0.236	1258	0.797	0.818	93.4817	0.245
3.133-3.285	0.27	42	0.243	1013	0.244	1171	0.803	0.826	90.0939	0.255
3.285-3.463	0.276	58	0.218	959	0.221	1144	0.862	0.887	88.8986	0.23
3.463-3.672	0.255	35	0.195	882	0.197	1048	0.879	0.914	87.5	0.213
3.672-3.925	0.246	47	0.196	787	0.198	1013	0.895	0.92	82.3297	0.218
3.925-4.239	0.258	32	0.202	760	0.204	922	0.907	0.922	85.9002	0.229
4.239-4.642	0.233	29	0.184	693	0.186	890	0.914	0.927	81.1236	0.209
4.642-5.188	0.316	32	0.235	594	0.24	767	0.83	0.879	81.6167	0.284
5.188-5.986	0.289	29	0.306	576	0.305	670	0.877	0.866	90.2985	0.346
5.986-7.321	0.339	25	0.263	503	0.266	580	0.824	0.891	91.0345	0.312
7.321-10.311	0.236	19	0.207	405	0.208	458	0.925	0.922	92.5764	0.264
10.311-79.769	0.25	18	0.276	210	0.273	244	0.909	0.892	93.4426	0.363

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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