PDB-8p5k: Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound MRT68921

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5k

タイトル

Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound MRT68921

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

omegasome membrane / neuron projection regeneration / regulation of protein lipidation / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.209 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5k.cif.gz	458.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5k.ent.gz	371.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8p5k_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p5k_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8p5k_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	8p5k_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5gC 8p5hC 8p5iC 8p5jC 8p5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.260, 109.940, 96.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.775, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
2	1	1	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
3	2	2	LEU	LEU	8 - 278	9 - 279
4	2	2	LEU	LEU	8 - 278	9 - 279
5	3	3	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
6	3	3	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
7	4	4	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
8	4	4	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
9	5	5	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
10	5	5	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
11	6	6	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
12	6	6	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32121.098 Da / 分子数: 4 / 変異: R245A, E246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1

分子量: 32121.098 Da / 分子数: 4 / 変異: R245A, E246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 634分子

#2: 化合物	ChemComp-HVH / ~{N}-[3-[[5-cyclopropyl-2-[(2-methyl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-6-yl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]propyl]cyclobutanecarboxamide 分子量: 434.577 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₄N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.209→85.075 Å / Num. obs: 88463 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.209→2.247 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4401 / CC_1/2: 0.714 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.209→85.075 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.874 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	4466	5.049 %
R_work	0.177	83995	-
all	0.178	-	-
obs	-	88461	99.649 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.344 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.246 Å²	0 Å²	-1.165 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.209→85.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8649	0	164	617	9430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	9164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.653	12403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.478	1.577	20573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.849	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	10.202	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.703	10	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.695	10	410
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	7999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.605	3.917	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.604	3.917	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.104	7.02	5485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.103	7.021	5485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.977	4.498	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.957	4.491	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.675	7.99	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.671	7.976	6859
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.143	37.897	10216
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.136	37.76	10072
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.08	0.05	8785
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.098	0.05	8659
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.096	0.05	8607
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.075	0.05	8885
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.1	0.05	8617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09334	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09334	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07977	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07977	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09812	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09812	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09611	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09611	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0755	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0755	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09981	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09981	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.209-2.266	0.277	313	0.267	6128	X-RAY DIFFRACTION	99.3062
2.266-2.328	0.281	308	0.246	6047	X-RAY DIFFRACTION	99.4367
2.328-2.395	0.25	269	0.225	5915	X-RAY DIFFRACTION	99.5012
2.395-2.469	0.252	286	0.213	5727	X-RAY DIFFRACTION	99.5695
2.469-2.55	0.25	286	0.206	5495	X-RAY DIFFRACTION	99.6209
2.55-2.639	0.235	303	0.19	5338	X-RAY DIFFRACTION	99.6995
2.639-2.739	0.24	291	0.189	5160	X-RAY DIFFRACTION	99.7621
2.739-2.851	0.237	286	0.186	4926	X-RAY DIFFRACTION	99.7512
2.851-2.977	0.231	236	0.176	4806	X-RAY DIFFRACTION	99.7034
2.977-3.122	0.217	246	0.168	4573	X-RAY DIFFRACTION	99.8343
3.122-3.291	0.202	239	0.169	4321	X-RAY DIFFRACTION	99.9781
3.291-3.49	0.211	239	0.187	4101	X-RAY DIFFRACTION	99.8849
3.49-3.731	0.222	194	0.182	3898	X-RAY DIFFRACTION	99.7805
3.731-4.029	0.179	206	0.161	3580	X-RAY DIFFRACTION	99.7891
4.029-4.413	0.134	175	0.131	3333	X-RAY DIFFRACTION	99.9146
4.413-4.932	0.155	134	0.132	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
4.932-5.692	0.197	160	0.164	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.7877
5.692-6.963	0.193	126	0.179	2256	X-RAY DIFFRACTION	99.7487
6.963-9.815	0.172	110	0.152	1732	X-RAY DIFFRACTION	99.6753
9.815-85.075	0.185	59	0.228	981	X-RAY DIFFRACTION	97.6526

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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検証レポート

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

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非ポリマー , 5種, 634分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)