PDB-8p5i: Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound XMD-17-51

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5i

タイトル

Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound XMD-17-51

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.829 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5i.cif.gz	477.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5i.ent.gz	385.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p5i_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p5i_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8p5i_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	8p5i_validation.cif.gz	75.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5gC 8p5hC 8p5jC 8p5kC 8p5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.470, 109.540, 96.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.839, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
2	1	1	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
3	2	2	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
4	2	2	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
5	3	3	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
6	3	3	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
7	4	4	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
8	4	4	ALA	ALA	8 - 280	9 - 281
9	5	5	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
10	5	5	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
11	6	6	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280
12	6	6	ASP	ASP	8 - 279	9 - 280

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32121.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 976分子

#2: 化合物	ChemComp-WYX / 5,11-dimethyl-2-[(1-piperidin-4-ylpyrazol-4-yl)amino]pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one 分子量: 404.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.829→96.402 Å / Num. obs: 156366 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.829→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7774 / CC_1/2: 0.723 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.829→96.402 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.241 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	7671	4.906 %
R_work	0.1657	148693	-
all	0.167	-	-
obs	-	156364	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.298 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.199 Å²	-0 Å²	-0.422 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.538 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.829→96.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8644	0	143	959	9746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	9374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.655	12763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.523	1.578	21208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.65	5	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.851	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.771	10	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.411	10	418
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.047	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	8128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.236	2.929	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.227	2.929	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.381	5.233	5605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.381	5.233	5606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.708	3.45	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.707	3.45	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.201	6.068	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.201	6.068	7096
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.915	29.303	10800
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.813	28.487	10499
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	8791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.107	0.05	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.08	0.05	8985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.075	0.05	9161
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.097	0.05	8798
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.098	0.05	8858

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10551	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10551	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10703	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10703	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08028	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08028	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0752	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0752	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09684	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09684	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09764	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09764	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.829-1.876	0.296	590	0.275	10906	0.276	11503	0.95	0.957	99.9391	0.258
1.876-1.928	0.27	552	0.246	10704	0.247	11258	0.957	0.964	99.9822	0.223
1.928-1.984	0.231	588	0.211	10347	0.212	10937	0.966	0.972	99.9817	0.184
1.984-2.045	0.22	517	0.195	10124	0.196	10642	0.969	0.976	99.9906	0.168
2.045-2.112	0.211	519	0.183	9766	0.184	10286	0.972	0.979	99.9903	0.156
2.112-2.186	0.206	507	0.172	9385	0.174	9920	0.974	0.981	99.7177	0.147
2.186-2.268	0.188	485	0.162	9122	0.163	9609	0.978	0.984	99.9792	0.138
2.268-2.361	0.199	430	0.164	8877	0.166	9310	0.977	0.984	99.9678	0.141
2.361-2.466	0.188	456	0.167	8402	0.168	8859	0.978	0.983	99.9887	0.144
2.466-2.586	0.198	434	0.164	8046	0.166	8481	0.976	0.984	99.9882	0.144
2.586-2.726	0.175	422	0.154	7673	0.155	8096	0.979	0.986	99.9876	0.137
2.726-2.891	0.196	389	0.165	7225	0.167	7615	0.975	0.984	99.9869	0.151
2.891-3.09	0.189	348	0.165	6880	0.167	7228	0.979	0.985	100	0.157
3.09-3.338	0.194	312	0.167	6381	0.168	6695	0.978	0.984	99.9701	0.163
3.338-3.656	0.183	296	0.166	5884	0.167	6180	0.981	0.987	100	0.167
3.656-4.086	0.169	241	0.142	5363	0.143	5609	0.984	0.989	99.9109	0.15
4.086-4.717	0.131	216	0.124	4705	0.124	4923	0.99	0.991	99.9594	0.139
4.717-5.774	0.178	180	0.157	4005	0.158	4193	0.987	0.989	99.8092	0.174
5.774-8.151	0.178	132	0.173	3130	0.173	3263	0.985	0.987	99.9694	0.19
8.151-96.402	0.192	57	0.168	1768	0.168	1837	0.982	0.985	99.3468	0.204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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