PDB-8p5h: Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound CCT241533

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5h

タイトル

Kinase domain of mutant human ULK1 in complex with compound CCT241533

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

omegasome membrane / neuron projection regeneration / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension ...omegasome membrane / neuron projection regeneration / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension / phagophore assembly site / TBC/RABGAPs / reticulophagy / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / cellular response to stress / response to starvation / autophagosome membrane / autophagosome assembly / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / positive regulation of autophagy / autophagosome / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / recycling endosome / small GTPase binding / autophagy / neuron projection development / intracellular protein localization / peptidyl-serine phosphorylation / GTPase binding / protein autophosphorylation / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of autophagy / protein phosphorylation / axon / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.941 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5h.cif.gz	239.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5h.ent.gz	188.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5gC 8p5iC 8p5jC 8p5kC 8p5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.650, 96.310, 109.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 280 / Label seq-ID: 9 - 281

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32121.098 Da / 分子数: 2 / 変異: R245A, E246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-XBJ / 4-FLUORO-2-(4-{[(3S,4R)-4-(1-HYDROXY-1-METHYLETHYL)PYRROLIDIN-3-YL]AMINO}-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLIN-2-YL)PHENOL / CCT-241533 分子量: 442.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇FN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.941→66.9 Å / Num. obs: 66660 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.941→1.974 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3287 / CC_1/2: 0.682 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.941→66.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.754 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	3377	5.066 %
R_work	0.1698	63281	-
all	0.171	-	-
obs	-	66658	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.564 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.148 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.941→66.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4296	0	70	348	4714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.651	6177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.527	1.578	10216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.907	5	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.628	5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.557	10	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.624	10	203
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.02	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.083	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.533	3.411	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.534	3.411	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.471	6.083	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.472	6.086	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.138	3.983	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.137	3.983	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.73	7.041	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.729	7.041	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.914	33.814	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.874	33.197	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	8678

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0875	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0875	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.941-1.991	0.281	235	0.259	4615	X-RAY DIFFRACTION	99.9794
1.991-2.045	0.251	243	0.234	4497	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
2.045-2.105	0.241	237	0.207	4379	X-RAY DIFFRACTION	99.8918
2.105-2.169	0.213	238	0.189	4260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.24	0.205	210	0.178	4141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.319	0.184	209	0.17	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.406	0.217	198	0.181	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.406-2.505	0.216	180	0.171	3727	X-RAY DIFFRACTION	99.9488
2.505-2.616	0.209	197	0.182	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.616-2.743	0.202	199	0.166	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.743-2.891	0.207	168	0.168	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.891-3.066	0.214	163	0.169	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.066-3.278	0.208	169	0.168	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.278-3.539	0.189	143	0.172	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.539-3.876	0.211	136	0.162	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.876-4.332	0.164	111	0.143	2299	X-RAY DIFFRACTION	100
4.332-4.999	0.147	118	0.133	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.9536
4.999-6.113	0.19	88	0.177	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
6.113-8.61	0.163	87	0.162	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
8.61-66.9	0.138	48	0.182	817	X-RAY DIFFRACTION	99.5397

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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