PDB-8p5g: Kinase domain of wild type human ULK1 in complex with compound CC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5g

タイトル

Kinase domain of wild type human ULK1 in complex with compound CCT241533

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE / Autophagy / Unc-like 1 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

omegasome membrane / neuron projection regeneration / regulation of protein lipidation / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.019 Å

データ登録者

Battista, T. / Semrau, M.S. / Heroux, A. / Lolli, G. / Storici, P.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of ULK1 in complex with KCGS compounds
著者: Battista, T. / Semrau, M.S. / Lolli, G. / Storici, P.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5g.cif.gz	238.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5g.ent.gz	188.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p5hC 8p5iC 8p5jC 8p5kC 8p5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.800, 111.670, 84.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 279 / Label seq-ID: 9 - 280

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32265.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-XBJ / 4-FLUORO-2-(4-{[(3S,4R)-4-(1-HYDROXY-1-METHYLETHYL)PYRROLIDIN-3-YL]AMINO}-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLIN-2-YL)PHENOL / CCT-241533 分子量: 442.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇FN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.3-0.8 M NaAcetate pH 6, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.019→67.383 Å / Num. obs: 60175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.019→2.054 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2959 / CC_1/2: 0.789 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
pointless	1.12.12	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.019→67.383 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.795 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	3109	5.167 %
R_work	0.1839	57066	-
all	0.186	-	-
obs	-	60175	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.644 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.843 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.801 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.019→67.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4284	0	70	291	4645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.651	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.498	1.577	10252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.03	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.614	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.453	10	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.078	10	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	689
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.96	4.386	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.948	4.386	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.98	7.845	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.979	7.846	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.43	4.989	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.429	4.99	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.908	8.892	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.907	8.892	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.232	42.841	5255
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.235	42.145	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	8772

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10222	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10222	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.019-2.071	0.305	234	0.27	4165	X-RAY DIFFRACTION	99.7054
2.071-2.128	0.288	187	0.244	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.128-2.19	0.279	228	0.223	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.9519
2.19-2.257	0.295	207	0.221	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.331	0.244	202	0.204	3745	X-RAY DIFFRACTION	99.9747
2.331-2.413	0.239	188	0.202	3609	X-RAY DIFFRACTION	99.9211
2.413-2.504	0.273	200	0.196	3457	X-RAY DIFFRACTION	99.918
2.504-2.606	0.292	173	0.207	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.721	0.237	191	0.191	3214	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
2.721-2.854	0.251	174	0.194	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.8465
2.854-3.008	0.224	165	0.187	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.9032
3.008-3.19	0.239	148	0.178	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.9662
3.19-3.41	0.215	160	0.184	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.682	0.199	133	0.183	2467	X-RAY DIFFRACTION	99.9616
3.682-4.033	0.202	135	0.176	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
4.033-4.507	0.194	109	0.15	2072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.507-5.2	0.213	96	0.149	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.9483
5.2-6.359	0.224	93	0.195	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
6.359-8.954	0.242	52	0.169	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
8.954-67.383	0.161	34	0.184	756	X-RAY DIFFRACTION	99.4962

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