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万見
- PDB-8p4x: FAD_ox bound dark state structure of PdLCry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4x
タイトルFAD_ox bound dark state structure of PdLCry
要素Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)
キーワードFLAVOPROTEIN / light-sensitive / circalunar clock
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Behrmann, E. / Behrmann, H.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1372 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1885 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A marine cryptochrome with an inverse photo-oligomerization mechanism.
著者: Hong Ha Vu / Heide Behrmann / Maja Hanić / Gayathri Jeyasankar / Shruthi Krishnan / Dennis Dannecker / Constantin Hammer / Monika Gunkel / Ilia A Solov'yov / Eva Wolf / Elmar Behrmann /
要旨: Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, ...Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, its light receptive cryptochrome L-CRY (PdLCry) allows the animal to discriminate between sunlight and moonlight, an important requirement for synchronizing its lunar cycle-dependent mass spawning. Using cryo-electron microscopy, we show that in the dark, PdLCry adopts a dimer arrangement observed neither in plant nor insect CRYs. Intense illumination disassembles the dimer into monomers. Structural and functional data suggest a mechanistic coupling between the light-sensing flavin adenine dinucleotide chromophore, the dimer interface, and the C-terminal tail helix, with a likely involvement of the phosphate binding loop. Taken together, our work establishes PdLCry as a CRY protein with inverse photo-oligomerization with respect to plant CRYs, and provides molecular insights into how this protein might help discriminating the different light intensities associated with sunlight and moonlight.
履歴
登録2023年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)
B: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,5856
ポリマ－130,9662
非ポリマー1,6204
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUCYSCYSBB31 - 55631 - 556
d_12FADFADFADFADBE601
d_21GLUGLUCYSCYSAA31 - 55631 - 556
d_22FADFADFADFADAC601

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要素

#1: タンパク質 Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)


分子量: 65482.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
プラスミド: pCoofy27 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G8Z9G7
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dimeric complex of PdLCry in the dark state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMBis-tris propane1
2150 mMNaCl1
31 mMTCEP1
40.01 %fOM1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: grids were prepared under far-red light illumination (Osram OSLON SSL 120, GF CSSPM1.24)
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K
詳細: grids were prepared under far-red light illumination

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
詳細: see material+methods

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8PHENIXモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: see supplementary table and materials+methods
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 424744 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: starting model was based on 4jzy / Source name: Other / タイプ: integrative model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 22.58 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038964
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47312194
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.9623276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041552
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 2.57425599462E-13 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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