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- PDB-8p4q: Structure of the IMP dehydrogenase related protein GUAB3 from Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4q
タイトルStructure of the IMP dehydrogenase related protein GUAB3 from Synechocystis PCC 6803
要素IMP dehydrogenase subunit
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / IMP dehydrogenase related protein GUAB3 complexed to IMP-XMP
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / purine nucleotide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase-related 2 / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / IMP dehydrogenase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Hernandez-Gomez, A. / Fernandez-Justel, D. / Buey, R.M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-109671GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: GuaB3, an overlooked enzyme in cyanobacteria's toolbox that sheds light on IMP dehydrogenase evolution.
著者: Hernandez-Gomez, A. / Irisarri, I. / Fernandez-Justel, D. / Pelaez, R. / Jimenez, A. / Revuelta, J.L. / Balsera, M. / Buey, R.M.
履歴
登録2023年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP dehydrogenase subunit
B: IMP dehydrogenase subunit
C: IMP dehydrogenase subunit
D: IMP dehydrogenase subunit
E: IMP dehydrogenase subunit
F: IMP dehydrogenase subunit
G: IMP dehydrogenase subunit
H: IMP dehydrogenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,13824
ポリマ－324,4318
非ポリマー5,70716
水28,9141605
1
A: IMP dehydrogenase subunit
B: IMP dehydrogenase subunit
C: IMP dehydrogenase subunit
D: IMP dehydrogenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,06912
ポリマ－162,2154
非ポリマー2,8548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: IMP dehydrogenase subunit
F: IMP dehydrogenase subunit
G: IMP dehydrogenase subunit
H: IMP dehydrogenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,06912
ポリマ－162,2154
非ポリマー2,8548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.980, 131.680, 182.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid -2 through 2 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and (resid -2 or (resid -1 through 2...
d_3ens_1(chain "C" and (resid -2 or (resid -1 through 2...
d_4ens_1(chain "D" and (resid -2 through 32 or (resid 33...
d_5ens_1(chain "E" and (resid -2 or (resid -1 through 2...
d_6ens_1(chain "F" and (resid -2 or (resid -1 through 2...
d_7ens_1(chain "G" and (resid -2 or (resid -1 through 2...
d_8ens_1(chain "H" and (resid -2 or (resid -1 through 2...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYLEUA1 - 69
d_12ens_1GLULEUA71 - 108
d_13ens_1GLNPROA110 - 174
d_14ens_1GLUALAA176 - 222
d_15ens_1THRLYSA224 - 388
d_21ens_1GLYLEUC1 - 69
d_22ens_1GLULEUC71 - 108
d_23ens_1GLNPROC110 - 174
d_24ens_1GLUALAC176 - 222
d_25ens_1THRLYSC224 - 388
d_31ens_1GLYLEUE1 - 69
d_32ens_1GLULEUE71 - 108
d_33ens_1GLNPROE110 - 174
d_34ens_1GLUALAE176 - 222
d_35ens_1THRLYSE224 - 388
d_41ens_1GLYLEUG1 - 69
d_42ens_1GLULEUG71 - 108
d_43ens_1GLNPROG110 - 174
d_44ens_1GLUALAG176 - 222
d_45ens_1THRLYSG224 - 388
d_51ens_1GLYLEUI1 - 69
d_52ens_1GLULEUI71 - 108
d_53ens_1GLNPROI110 - 174
d_54ens_1GLUALAI178 - 224
d_55ens_1THRLYSI226 - 390
d_61ens_1GLYLEUK1 - 69
d_62ens_1GLULEUK71 - 108
d_63ens_1GLNPROK110 - 174
d_64ens_1GLUALAK176 - 222
d_65ens_1THRLYSK224 - 388
d_71ens_1GLYLEUM1 - 69
d_72ens_1GLULEUM71 - 108
d_73ens_1GLNPROM110 - 174
d_74ens_1GLUALAM177 - 223
d_75ens_1THRLYSM225 - 389
d_81ens_1GLYLEUO1 - 69
d_82ens_1GLULEUO71 - 108
d_83ens_1GLNPROO110 - 174
d_84ens_1GLUALAO178 - 224
d_85ens_1THRLYSO226 - 390

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0104300490992, 0.995922626533, -0.0896065624538), (-0.999536698856, 0.00782137384363, -0.0294145159894), (-0.0285937355986, 0.089871842477, 0.995542791754)-47.8535354406, -47.854583141, -1.29391418958
2given(-0.991081174188, -0.00288404525362, -0.13322833202), (-0.00646279507503, -0.997549098939, 0.069670851048), (-0.133102736447, 0.0699104962714, 0.988633493293)-95.9566517798, 0.452521489032, -6.50022134441
3given(-0.00105827716248, -0.999384382935, -0.0350675804052), (0.995596898224, -0.0043399297276, 0.0936374992066), (-0.0937320451988, -0.0348140798527, 0.994988584631)-47.9012114706, 48.3707996806, -4.47393263057
4given(0.983483210243, 0.128333248032, 0.127637583101), (0.129121727392, -0.991626501279, 0.00211222094466), (0.126839878136, 0.0144034513747, -0.991818625507)-0.530728220853, 6.83043817993, 2.42944217818
5given(0.121446166318, -0.986529079632, 0.109595637351), (-0.98625040472, -0.132398613489, -0.0988976558656), (0.112075723849, -0.0960780005307, -0.98904400809)-41.6027884584, -47.1494839675, 1.8435855466
6given(-0.993328479718, -0.115292120281, 0.00250167579013), (-0.11507510414, 0.989581237122, -0.0865256929714), (0.00750011917816, -0.0862363156579, -0.996246478575)-95.903936611, -5.62769297176, -3.12467520281
7given(-0.126505510824, 0.991504716851, 0.0302448705319), (0.991823492814, 0.125911913075, 0.0207930096141), (0.0168081776006, 0.0326280034335, -0.999326222291)-54.2666240372, 48.0482125257, -3.0072576026

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要素

#1: タンパク質
IMP dehydrogenase subunit


分子量: 40553.863 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: guaB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73853
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals were grown in the presence of XMP and NAD+ in mother liquor from the condition 1-10 of the commercial screen Morpheus (Molecular Dimensions), which consists of a salt mixture (0.03M ...詳細: Crystals were grown in the presence of XMP and NAD+ in mother liquor from the condition 1-10 of the commercial screen Morpheus (Molecular Dimensions), which consists of a salt mixture (0.03M Magnesium chloride hexahydrate and 0.03M Calcium chloride dihydrate), a precipitant mix (20% v/v Ethylene glycol and 10 % w/v PEG 8000), and 0.1M of a buffer system (Tris-base, Bicine) adjusted at pH 8.5. Initial concentrations: Protein = 12.5 mg/mL XMP = 3 mM NAD = 3 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979263470491 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979263470491 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→49.04 Å / Num. obs: 219243 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.21
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 1.18 % / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 7407 / CC1/2: 0.55 / Rrim(I) all: 0.806 / % possible all: 35.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_4933精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→49.04 Å / SU ML: 0.2062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 11046 5.04 %
Rwork0.1784 208127 -
obs0.1793 219173 90.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22122 0 376 1606 24104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004822955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68431372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05023833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00544015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.73278214
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.262495333697
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.259640594065
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.344387391215
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.285039668707
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.246911998391
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.266989932337
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.238789448413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90.35821450.39092372X-RAY DIFFRACTION31.57
1.9-1.920.38191490.37662887X-RAY DIFFRACTION37.95
1.92-1.950.39292100.35533914X-RAY DIFFRACTION51.48
1.95-1.970.37413050.3345514X-RAY DIFFRACTION72.38
1.97-20.33373390.30825930X-RAY DIFFRACTION78.25
2-2.020.32323620.28616106X-RAY DIFFRACTION80.69
2.02-2.050.29694120.25966543X-RAY DIFFRACTION86.72
2.05-2.080.25873760.23496885X-RAY DIFFRACTION90.72
2.08-2.110.25143610.2197056X-RAY DIFFRACTION92.82
2.12-2.150.23993690.21227310X-RAY DIFFRACTION95.43
2.15-2.190.22224020.2027489X-RAY DIFFRACTION97.93
2.19-2.230.21774060.19357563X-RAY DIFFRACTION99.02
2.23-2.270.22213900.19627555X-RAY DIFFRACTION99.35
2.27-2.320.22133710.18937678X-RAY DIFFRACTION99.85
2.32-2.370.2163750.17617651X-RAY DIFFRACTION99.93
2.37-2.420.2274220.17987659X-RAY DIFFRACTION99.95
2.42-2.480.20084270.1787615X-RAY DIFFRACTION99.9
2.48-2.550.19543960.1747624X-RAY DIFFRACTION99.88
2.55-2.620.20224370.17497633X-RAY DIFFRACTION99.94
2.62-2.710.1914300.17427610X-RAY DIFFRACTION99.88
2.71-2.810.19794050.17027678X-RAY DIFFRACTION99.88
2.81-2.920.19523830.17647713X-RAY DIFFRACTION99.84
2.92-3.050.20263980.18747663X-RAY DIFFRACTION99.78
3.05-3.210.19493840.18557713X-RAY DIFFRACTION99.69
3.21-3.410.17893970.16937665X-RAY DIFFRACTION99.64
3.41-3.680.17843840.16577743X-RAY DIFFRACTION99.58
3.68-4.050.15563920.14967735X-RAY DIFFRACTION99.67
4.05-4.630.15043800.13137793X-RAY DIFFRACTION99.49
4.63-5.830.16254060.14937839X-RAY DIFFRACTION99.53
5.83-49.040.19154330.19027991X-RAY DIFFRACTION98.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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