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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p3d | ||||||
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タイトル | Full length structure of TcMIP with bound inhibitor NJS224. | ||||||
![]() | peptidylprolyl isomerase | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Macrophage / potentiator / soluble / protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / chromatin / nucleolus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural dynamics of macrophage infectivity potentiator proteins (MIPs) are differentially modulated by inhibitors and appendage domains 著者: Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p3cC ![]() 8p42C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18401.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Tc00.1047053508897.110 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-WS5 / ( 分子量: 504.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33FN4O4S | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5 mM Tris pH 7.5 150 mM NaCl PEG2000 12 % |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→46.77 Å / Num. obs: 18060 / % possible obs: 96.58 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.77 Å / Num. unique obs: 1811 / CC1/2: 0.78 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→46.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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