PDB-8p3c: Full length structure of BpMIP with bound inhibitor NJS227.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p3c

タイトル

Full length structure of BpMIP with bound inhibitor NJS227.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Macrophage / potentiator / soluble / protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / chromatin / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural dynamics of macrophage infectivity potentiator proteins (MIPs) are differentially modulated by inhibitors and appendage domains
著者: Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A.

履歴

登録	2023年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p3c.cif.gz	42.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p3c.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p3c_validation.pdf.gz	812.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p3c_full_validation.pdf.gz	813.6 KB	表示
XML形式データ	8p3c_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	8p3c_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p3dC 8p42C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR relaxation study

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.608, 77.608, 52.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 13622.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: fbp, BPSS1823 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63J95, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-WRX / (2~{S})-1-[(4-fluorophenyl)methylsulfonyl]-~{N}-[(2~{S})-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-1-(pyridin-3-ylmethylamino)propan-2-yl]piperidine-2-carboxamide 分子量: 556.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₀F₂N₄O₄S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M BisTris pH 5.0 0.8 M Ammonium sulfate PEG3350 14 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.967 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→67.21 Å / Num. obs: 12368 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 30.77 Å² / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.02→2.092 Å / Num. unique obs: 1234 / CC_1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→67.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23525	529	4.2 %	RANDOM
R_work	0.19398	-	-	-
obs	0.19582	11920	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.02→67.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	961	0	58	80	1099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.487	1.683	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.639	1.604	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.997	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.586	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.507	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.135	3.366	485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.135	3.365	485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.576	6.053	605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.574	6.051	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.961	4.051	553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.956	4.053	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.726	7.199	803
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.648	41.54	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.699	40.52	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.021→2.068 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	27	-
R_work	0.248	860	-
obs	-	-	99.89 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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