PDB-8p37: Structure a catalytically inactive mutant of the IMP dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p37

タイトル

Structure a catalytically inactive mutant of the IMP dehydrogenase related protein GUAB3 from Synechocystis PCC 6803

要素

IMP dehydrogenase subunit

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex of the enzyme with cofactor and product

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / purine nucleotide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.219 Å

データ登録者

Hernandez-Gomez, A. / Fernandez-Justel, D. / Buey, R.M.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: GuaB3, an overlooked enzyme in cyanobacteria's toolbox that sheds light on IMP dehydrogenase evolution.
著者: Hernandez-Gomez, A. / Irisarri, I. / Fernandez-Justel, D. / Pelaez, R. / Jimenez, A. / Revuelta, J.L. / Balsera, M. / Buey, R.M.

履歴

登録	2023年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p37.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p37.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p37	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p4qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IMP dehydrogenase subunit

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
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1

A: IMP dehydrogenase subunit

ヘテロ分子

A: IMP dehydrogenase subunit

ヘテロ分子

A: IMP dehydrogenase subunit

ヘテロ分子

A: IMP dehydrogenase subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.867, 112.867, 54.119
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	IMP dehydrogenase subunit 分子量: 40537.801 Da / 分子数: 1 / 変異: C222S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: guaB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73853
#2: 化合物	ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE 分子量: 365.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: SynGUAB3-C222S crystals were grown in the presence of IMP and NAD+ in mother liquor from the condition 2-48 of the commercial screen Morpheus (Molecular Dimensions), which consists of an ...詳細: SynGUAB3-C222S crystals were grown in the presence of IMP and NAD+ in mother liquor from the condition 2-48 of the commercial screen Morpheus (Molecular Dimensions), which consists of an amino acid mixture (0.02M DL-Glutamic acid monohydrate, 0.02M DL-Alanine, 0.02M Glycine, 0.02M DL-Lysine monohydrochloride, and 0.02M DL-Serine, a precipitant mix (25% (v/v) PEG 500 MME and 12.5 % (w/v) PEG 20000), and 0.1M of a buffer system (Tris-base, Bicine) adjusted at pH 8.5. Initial conditions: Buffer: 10 mM TrisHCl, pH 8.0 Protein concentration = 15 mg/mL Substrate concentration: 3 mM NAD + 3 mM IMP

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.14 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SynGUAB3-C222S crystals were grown in the presence of IMP and NAD+ in mother liquor from the condition 2-48 of the commercial screen Morpheus (Molecular Dimensions), which consists of an ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.979181423454 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979181423454 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.219→39.905 Å / Num. obs: 77746 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 12.82 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC_1/2: 0.999 / CC_1/2 anomalous: -0.339 / R_merge(I) obs: 0.0877 / R_pim(I) all: 0.0254 / R_rim(I) all: 0.0914 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.71 / B_aniso tensor eigenvalue 1: 0 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 2: 0 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 3: 9.4753 Å² / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 1.219 Å / Aniso diffraction limit 2: 1.219 Å / Aniso diffraction limit 3: 1.506 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 14.54 / Num. measured all: 996816 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 93.8 / % possible ellipsoidal: 94 / % possible ellipsoidal anomalous: 93.8 / % possible spherical: 76.7 / % possible spherical anomalous: 75.9 / Redundancy anomalous: 6.55 / Signal type: local

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	CC_1/2 anomalous	R_pim(I) all	R_rim(I) all	AbsDiff over sigma anomalous	% possible anomalous	% possible ellipsoidal	% possible ellipsoidal anomalous	% possible spherical	% possible spherical anomalous	Redundancy anomalous	% possible all
3.652-39.905	12.61	0.0428	53.3	48957	48957	3883	3883	0.999	-0.444	0.0124	0.0446	0.539	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	6.62	99.8
2.889-3.652	12.07	0.0473	45.21	46953	46953	3890	3890	0.999	-0.348	0.0139	0.0493	0.704	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	6.22	99.8
2.521-2.889	12.77	0.0608	36.95	49648	49648	3888	3888	0.999	-0.183	0.0177	0.0633	0.786	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	6.54	99.8
2.286-2.521	13.56	0.076	31.11	52725	52725	3887	3887	0.998	-0.204	0.0214	0.079	0.741	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	6.94	99.8
2.121-2.286	13.89	0.0941	26.34	54023	54023	3888	3888	0.998	-0.205	0.0263	0.0978	0.77	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	7.1	99.8
1.995-2.121	12.68	0.1237	20.4	49296	49296	3888	3888	0.997	-0.134	0.036	0.1289	0.756	100	100	100	100	100	6.45	100
1.895-1.995	13.21	0.1699	15.67	51332	51332	3887	3887	0.995	-0.094	0.0485	0.1767	0.725	100	100	100	100	100	6.72	100
1.812-1.895	13.24	0.2234	12.07	51414	51414	3883	3883	0.992	-0.082	0.0638	0.2324	0.73	100	100	100	100	100	6.73	100
1.741-1.812	12.35	0.2875	9.31	48063	48063	3891	3891	0.987	-0.053	0.0851	0.3	0.714	100	100	100	100	100	6.26	100
1.681-1.741	13.09	0.4	7.03	50899	50899	3889	3889	0.976	-0.032	0.1148	0.4164	0.72	100	100	100	100	100	6.64	100
1.628-1.681	13.45	0.4538	6.28	52288	52288	3887	3887	0.971	0.015	0.1286	0.4719	0.73	100	100	100	100	100	6.82	100
1.581-1.628	13.48	0.527	5.32	52427	52427	3888	3888	0.96	-0.006	0.1492	0.5479	0.702	99.8	99.8	99.8	99.8	99.8	6.84	99.8
1.539-1.581	13.47	0.6281	4.48	52311	52311	3883	3883	0.947	-0.004	0.1779	0.653	0.699	99.1	99.2	99.1	99.2	99.1	6.82	99.2
1.5-1.539	13.38	0.7257	3.82	52021	52021	3889	3889	0.931	-0.019	0.2063	0.7547	0.715	96.2	96.3	96.2	96	95.9	6.78	96.3
1.462-1.5	12.19	0.8629	3.02	47368	47368	3885	3885	0.895	-0.012	0.2572	0.9009	0.712	95.3	95.5	95.3	90.8	90.5	6.18	95.5
1.423-1.462	12.12	0.9862	2.59	47121	47121	3888	3888	0.847	-0.03	0.2947	1.0299	0.692	89	89.4	89	78.7	78.1	6.17	89.4
1.379-1.423	12.88	1.0071	2.58	50120	50120	3890	3890	0.854	0.002	0.2912	1.0488	0.707	78.8	79.5	78.8	62.4	61.5	6.56	79.5
1.333-1.379	11.76	1.2432	1.97	45713	45713	3886	3886	0.784	-0.031	0.3766	1.2999	0.686	75.3	76.2	75.3	51.1	49.9	6.02	76.2
1.284-1.333	12.29	1.3047	1.87	47822	47822	3890	3890	0.757	-0.001	0.385	1.3613	0.689	78.4	79.3	78.4	42.8	41.4	6.33	79.3
1.219-1.284	11.92	1.558	1.51	46315	46315	3886	3886	0.68	-0.031	0.4665	1.6279	0.668	80	80.1	80	26.6	25.3	6.18	80.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
autoPROC	1.0.5 20220608	data processing
autoPROC	Jan 10, 2022	data processing
Aimless	0.7.9	データスケーリング
autoPROC	2.3.87	data processing
XDS	20220820	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.219→39.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.053 / SU R_free Blow DPI: 0.052 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.05

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1876	3882	-	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.1755	77746	76.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2698 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2698 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5396 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.219→39.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2753	0	68	331	3152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.013	5759	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.29	10490	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1737	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		891	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5759	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		412	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6667	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.9
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.46

LS精密化シェル

解像度: 1.22→1.25 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	65	-
R_work	0.2323	-	-
obs	0.2326	1555	20.36 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.237	0.0973	0.1055	1.6426	-0.1027	0.1897	0.0283	-0.1163	-0.0091	-0.1163	-0.0606	0.0221	-0.0091	0.0221	0.0323	0.1085	0.0046	0.0096	0.1168	-0.003	0.1245	8.9054	-6.6618	-30.9398
2	0.6599	-0.0006	0.0968	0.8772	0.1286	0.6534	-0.006	0.1009	-0.0262	0.1009	0.0224	0.0642	-0.0262	0.0642	-0.0164	0.0949	0.0043	-0.0056	0.1056	0.0131	0.1062	31.9653	-10.0643	-9.4724
3	0.7211	-0.3581	0.4573	0.8406	-0.3444	0.6714	0.0167	0.0699	-0.0077	0.0699	-0.0435	0.0987	-0.0077	0.0987	0.0268	0.0985	0.0021	-0.0073	0.1269	0.0173	0.1594	42.788	-12.0666	-11.6125
4	0.292	-0.1804	0.2186	1.8795	-0.7018	0.4622	0.0524	-0.0806	-0.0301	-0.0806	-0.1323	0.1026	-0.0301	0.1026	0.0799	0.1104	-0.003	0.0169	0.143	0.0065	0.1745	39.8788	-1.9702	-21.6978
5	0.3646	-0.0375	0.0893	0.6018	0.0414	0.3683	-0.0089	-0.0476	-0.0081	-0.0476	0.0018	0.0456	-0.0081	0.0456	0.007	0.0889	0.0011	0.0127	0.0971	0.0086	0.1004	27.2853	-5.5859	-23.3361
6	0.4996	0.1723	0.2913	0.6852	0.1222	0.4299	0.0315	0.0532	0.0406	0.0532	-0.005	-0.0376	0.0406	-0.0376	-0.0266	0.0886	0.0053	0.0075	0.0969	0.0086	0.1046	17.3688	-21.1154	-15.6373
7	0.4318	0.1158	-0.7506	0.2072	-0.2008	1.2747	0.0398	0.0519	-0.1068	0.0519	-0.0492	0.0491	-0.1068	0.0491	0.0094	0.1203	-0.0048	0.0059	0.1276	-0.0125	0.132	1.6017	-12.8264	-16.2999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|30 }	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|31 - A\|115 }	A	31 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|116 - A\|138 }	A	116 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|139 - A\|170 }	A	139 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|171 - A\|313 }	A	171 - 313
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|314 - A\|361 }	A	314 - 361
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|362 - A\|386 }	A	362 - 386

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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