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- PDB-8p2o: Dimeric mutant S103R of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p2o
タイトルDimeric mutant S103R of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / BTB domain / polymerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Coste, F. / Mance, L. / Pukalo, Z. / Suskiewicz, M.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimeric mutant S103R of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis
著者: Coste, F. / Mance, L. / Pukalo, Z. / Suskiewicz, M.J.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,81710
ポリマ－35,3202
非ポリマー4978
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area12010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.918, 87.918, 97.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量: 17660.076 Da / 分子数: 2 / 変異: S103R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: zbtb8a.1-a, zbtb8, zbtb8.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0IH98
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG8000, Na Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.9 Å / Num. obs: 36642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 35.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 20 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2244 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.432 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→35.48 Å / SU ML: 0.1593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.3164
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1781 4.87 %
Rwork0.1694 34786 -
obs0.1703 36567 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 0 32 185 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74132669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2545731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.23841450.24322679X-RAY DIFFRACTION99.79
1.9-1.960.27881490.24782654X-RAY DIFFRACTION99.68
1.96-2.020.24781360.2062620X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.090.22471430.18272675X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.170.20921220.17232686X-RAY DIFFRACTION99.93
2.18-2.270.17911240.16382678X-RAY DIFFRACTION99.82
2.27-2.390.20281610.16932642X-RAY DIFFRACTION99.93
2.39-2.540.23211480.18412661X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.740.21131160.17932707X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.020.17931110.17612696X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.450.18261250.16952691X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.350.1611540.14772678X-RAY DIFFRACTION100
4.35-35.480.1771470.1632719X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.313295070649-0.216332713296-0.03645640923610.1991125934940.05470498635780.2387222811660.2155032158980.4462528063290.475013038058-0.3838344777460.05217919092130.498742955991-0.237378954619-0.396126277701-0.0005299942703290.3822385607320.0158358752183-0.00656820005490.4289342706130.02507839558340.417219024358-32.452078936533.22400911289.44897013356
20.346567204387-0.464178165051-0.08266431091610.575519198771-0.05608095561290.2216860261710.023746063325-0.109249250341-0.07298169330530.01185001026680.2012521425910.07185701501110.4370724442220.05435115111580.006669238412550.354969505194-0.06434523841020.01758058576450.3370173876880.03503019283450.361332444587-32.891781767321.956521620421.1595015435
30.834651011544-0.645225366209-0.8248697460460.9894947186140.3267044646091.765048080980.00685113473923-0.192882152373-0.06799201434420.08833383481970.0448589803123-0.05837940919290.2702394182550.105422029472-2.92002671946E-50.297186715768-0.0267782438848-0.006519952462530.320659409712-0.005833491051290.310840239366-30.211996885727.945791268526.0553974831
40.104523536569-0.1441818555550.1244461529110.14089480733-0.1288050839820.1305072157750.4297275769650.431108736331-0.108110539818-0.188052560263-0.3616358243720.0416714097284-0.0500741594102-0.655552062914-0.0005084449298840.2849706530260.03660026299820.03036849789350.5170054057360.01054417279840.340183353518-44.11521063737.82260995422.1398219746
50.126864283888-0.1134907415960.07871970035980.0636227672356-0.08608189304790.112516620006-0.182814080145-0.1522066366670.5503736508250.2212577938520.124148776266-0.0695389131154-0.2436970467510.06203498254928.62871599292E-50.332332053652-0.02940417421380.01212124875910.410447979285-0.02876913432060.383065054488-38.271319841337.91448160332.3733503214
60.01392994631750.001765059973080.0456776575250.1399702855290.1172873382790.4878433135170.3694698787780.1691922796240.841844459074-0.3922167284710.122254738487-0.449402607453-0.666793075591-0.4025036903550.001325961045060.4665481735780.05813909017730.1018512713040.4336188305590.1049494170970.527648051062-44.961345891648.268127326527.2988817319
70.176727319030.126706934157-0.1626287411830.3472998723950.08899744043480.352273915290.285908480663-0.1705697650860.4810410829810.305592959173-0.0869375920020.0883052999555-0.4468588956110.194153669631-0.000333267662080.41900130359-0.06971616243250.04287184043210.333925647025-0.03069943651320.398183652894-23.335884646339.961918319916.5271875754
80.6618226840750.111733090975-0.4998481301160.695094488976-0.3673607638580.495569043306-0.0886958431896-0.0244873337301-0.0874738526411-0.101448776521-0.00558936576709-0.1817285989010.2440131777540.352609631592-0.0004143076758950.280601765124-0.01357013251840.00601063225170.404331922964-0.004697667135990.337895602481-16.744184480427.5966217329.09743446222
90.07886927910390.0178214488102-0.04825229404930.1168964861320.2800643482320.685543445717-0.168353970857-0.0468579353525-0.308576842391-0.144404108795-0.0472488611864-0.3149468100920.7885562366840.3276326217312.38355092579E-50.4713184661810.04318697562430.04609081719620.3802092204540.04737967178650.411335854821-16.436384043121.22290322028.05977854424
100.07420292024660.09358844793640.07019860271490.2140149187620.1273490685870.3448935343090.1502858211610.1454229510440.1702351466470.206450579818-0.045942018136-0.0825555342831-0.423983689380.2280002425210.0002082654875620.329610408405-0.05422394787640.02203780347010.4012774826390.004794742727180.351242688845-14.783631893740.35638775742.60349104514
110.005189644446090.00655789795489-0.05107472557580.1917316883230.02496320245490.143840640497-0.112525620840.420310410935-0.27924383769-0.481405564418-0.0695783510881-0.1073264844520.2675079843150.2218148182660.0004629207899010.344139042084-0.04947530257770.01331470453160.411747176212-0.005663525184610.317677975438-16.56400446334.5577352066-6.10506586171
12-0.00566250192652-0.0124433360622-0.0280400271070.1174332781140.2275418889220.4120180249910.1161342331170.2531940167840.08994336947140.02648357879340.2343282261410.24926257535-0.695585928602-0.6822480815150.0006445467746330.4115862477510.03479296030350.04267749031350.4436847071680.05026440295740.362469047479-21.417101865445.1013004983-7.96742302083
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 19 )AA4 - 191 - 16
22chain 'A' and (resid 20 through 32 )AA20 - 3217 - 29
33chain 'A' and (resid 33 through 83 )AA33 - 8330 - 80
44chain 'A' and (resid 84 through 94 )AA84 - 9481 - 91
55chain 'A' and (resid 95 through 107 )AA95 - 10792 - 104
66chain 'A' and (resid 108 through 125 )AA108 - 125105 - 122
77chain 'B' and (resid 4 through 19 )BB4 - 191 - 16
88chain 'B' and (resid 20 through 54 )BB20 - 5417 - 51
99chain 'B' and (resid 55 through 72 )BB55 - 7252 - 69
1010chain 'B' and (resid 73 through 94 )BB73 - 9470 - 91
1111chain 'B' and (resid 95 through 107 )BB95 - 10792 - 104
1212chain 'B' and (resid 108 through 123 )BB108 - 123105 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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