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- PDB-8p2k: Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p2k
タイトルTernary complex of translating ribosome, NAC and METAP1
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (60S ribosomal protein ...) x 28
  • (Ribosomal protein ...) x 14
  • 18s rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • E-site tRNA
  • Glucose-6-phosphate isomerase
  • Methionine aminopeptidase 1
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
  • P-site Val-tRNA
  • RACK1
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • S10_plectin domain-containing protein
  • Transcription factor BTF3
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • eL18
  • eL42
  • eS26
  • uL22
  • uS9
キーワードTRANSLATION / ribosome / methionine aminopeptidase 1 / methionine excision / protein biogenesis / nascent chain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / glucose-6-phosphate isomerase / N-terminal protein amino acid modification / glucose-6-phosphate isomerase activity ...negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / glucose-6-phosphate isomerase / N-terminal protein amino acid modification / glucose-6-phosphate isomerase activity / peptidyl-methionine modification / hemostasis / glucose 6-phosphate metabolic process / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / heart trabecula morphogenesis / carbohydrate derivative binding / skeletal muscle tissue regeneration / metalloexopeptidase activity / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / ribosomal subunit / Glycolysis / exit from mitosis / erythrocyte homeostasis / ciliary membrane / optic nerve development / positive regulation of immunoglobulin production / laminin receptor activity / retinal ganglion cell axon guidance / organelle membrane / metalloaminopeptidase activity / response to testosterone / humoral immune response / Peptide chain elongation / mesoderm formation / Selenocysteine synthesis / response to immobilization stress / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / aminopeptidase activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / response to cadmium ion / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / gastrulation / response to muscle stretch / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / positive regulation of endothelial cell migration / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / protein maturation / cellular response to interleukin-4 / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to progesterone / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytokine activity / gluconeogenesis / glycolytic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / growth factor activity / wound healing / spindle / platelet aggregation / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / glucose homeostasis / protein transport / response to estradiol / regulation of translation / large ribosomal subunit / heparin binding / ribosome binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / MYND-like zinc finger ...Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Zinc finger C6H2-type profile. / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / SIS domain superfamily / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYLAMINO-ACETIC ACID / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) ...ACETYLAMINO-ACETIC ACID / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / 40S ribosomal protein S26 / Transcription factor BTF3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Glucose-6-phosphate isomerase / Methionine aminopeptidase 1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jia, M. / Jaskolowski, M. / Scaiola, A. / Jomaa, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation51NF40_141735 スイス
Swiss National Science Foundation310030_212308 スイス
German Research Foundation (DFG)SFB969/A01 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB969/A07 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: NAC controls cotranslational N-terminal methionine excision in eukaryotes.
著者: Martin Gamerdinger / Min Jia / Renate Schloemer / Laurenz Rabl / Mateusz Jaskolowski / Katrin M Khakzar / Zeynel Ulusoy / Annalena Wallisch / Ahmad Jomaa / Gundula Hunaeus / Alain Scaiola / ...著者: Martin Gamerdinger / Min Jia / Renate Schloemer / Laurenz Rabl / Mateusz Jaskolowski / Katrin M Khakzar / Zeynel Ulusoy / Annalena Wallisch / Ahmad Jomaa / Gundula Hunaeus / Alain Scaiola / Kay Diederichs / Nenad Ban / Elke Deuerling /
要旨: N-terminal methionine excision from newly synthesized proteins, catalyzed cotranslationally by methionine aminopeptidases (METAPs), is an essential and universally conserved process that plays a key ...N-terminal methionine excision from newly synthesized proteins, catalyzed cotranslationally by methionine aminopeptidases (METAPs), is an essential and universally conserved process that plays a key role in cell homeostasis and protein biogenesis. However, how METAPs interact with ribosomes and how their cleavage specificity is ensured is unknown. We discovered that in eukaryotes the nascent polypeptide-associated complex (NAC) controls ribosome binding of METAP1. NAC recruits METAP1 using a long, flexible tail and provides a platform for the formation of an active methionine excision complex at the ribosomal tunnel exit. This mode of interaction ensures the efficient excision of methionine from cytosolic proteins, whereas proteins targeted to the endoplasmic reticulum are spared. Our results suggest a broader mechanism for how access of protein biogenesis factors to translating ribosomes is controlled.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B5: 28S rRNA
B7: 5S rRNA
B8: 5.8S rRNA
BA: 60S ribosomal protein L8
BB: Ribosomal protein L3
BC: 60S ribosomal protein L4
BD: Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein
BE: 60S ribosomal protein L6
BF: Ribosomal Protein uL30
BG: 60S ribosomal protein L7a
BH: 60S ribosomal protein L9
BI: 60S ribosomal protein L10
BJ: 60S ribosomal protein L11
BK: Glucose-6-phosphate isomerase
BL: 60S ribosomal protein L13
BM: 60S ribosomal protein L14
BN: Ribosomal protein L15
BO: 60S ribosomal protein L13a
BP: uL22
BQ: eL18
BR: Ribosomal protein L19
BS: 60S ribosomal protein L18a
BT: 60S ribosomal protein L21
BU: 60S ribosomal protein L22
BV: Ribosomal protein L23
BW: Ribosomal protein L24
BX: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
BY: Ribosomal protein L26
BZ: 60S ribosomal protein L27
Ba: 60S ribosomal protein L27a
Bb: 60S ribosomal protein L29
Bc: 60S ribosomal protein L30
Bd: 60S ribosomal protein L31
Be: Ribosomal protein L32
Bf: 60S ribosomal protein L35a
Bg: 60S ribosomal protein L34
Bh: 60S ribosomal protein L35
Bi: 60S ribosomal protein L36
Bj: Ribosomal protein L37
Bk: 60S ribosomal protein L38
Bl: 60S ribosomal protein L39-like
Bm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Bo: eL42
Bp: 60S ribosomal protein L37a
Br: 60S ribosomal protein L28
Bs: 60S acidic ribosomal protein P0
Bt: 60S ribosomal protein L12
Bv: Ribosomal protein uL1
MA: Methionine aminopeptidase 1
Na: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
Nb: Transcription factor BTF3
A2: 18s rRNA
AA: 40S ribosomal protein S27
AB: 40S ribosomal protein S28
AC: Ribosomal protein S27a
AD: 40S ribosomal protein S30
AE: eS26
AF: RACK1
AG: 40S ribosomal protein S29
AI: E-site tRNA
AT: P-site Val-tRNA
AZ: 40S ribosomal protein SA
Aa: 40S ribosomal protein S3a
Ab: 40S ribosomal protein S2
Ac: 40S ribosomal protein S3
Ad: 40S ribosomal protein S4
Ae: Ribosomal protein S5
Af: 40S ribosomal protein S6
Ag: 40S ribosomal protein S7
Ah: 40S ribosomal protein S8
Ai: 40S ribosomal protein S9
Aj: S10_plectin domain-containing protein
Ak: 40S ribosomal protein S11
Al: 40S ribosomal protein S12
Am: 40S ribosomal protein S13
An: 40S ribosomal protein S14
Ao: 40S ribosomal protein uS19
Ap: uS9
Aq: 40S ribosomal protein eS17
Ar: 40S ribosomal protein S18
As: 40S ribosomal protein S19
At: 40S ribosomal protein uS10
Au: 40S ribosomal protein S21
Av: Ribosomal protein S15a
Aw: 40S ribosomal protein S23
Ax: 40S ribosomal protein S24
Ay: 40S ribosomal protein S25
Az: 60S ribosomal protein L41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,984,431936
ポリマ－3,952,46588
非ポリマー31,966848
水38,1382117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B5B7B8A2AIAT

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#52: RNA鎖 18s rRNA


分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCT01000564.1
#60: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#61: RNA鎖 P-site Val-tRNA


分子量: 24451.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
60S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 BABCBEBGBHBIBJBLBMBOBSBTBUBZBaBbBcBdBfBgBhBiBkBlBpBrBtAz

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: F2X241
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62424
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / L13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A0N8ETI8
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5LHJ5
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39-like / eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#88: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Ribosomal protein ... , 14種, 14分子 BBBDBFBNBRBVBWBYBeBjBvACAeAv

#5: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#7: タンパク質 Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein


分子量: 34509.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#9: タンパク質 Ribosomal Protein uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB1
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#21: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TYL6
#25: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#26: タンパク質 Ribosomal protein L24 / eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#28: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#34: タンパク質 Ribosomal protein L32 / eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#39: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#48: タンパク質 Ribosomal protein uL1


分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#55: タンパク質 Ribosomal protein S27a


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#67: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#84: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89

-
タンパク質 , 14種, 14分子 BKBPBQBXBmBoBsMANaNbAEAFAjAp

#14: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Autocrine motility factor / AMF / Neuroleukin / NLK / Phosphoglucose isomerase / PGI / ...GPI / Autocrine motility factor / AMF / Neuroleukin / NLK / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI / Sperm antigen 36 / SA-36


分子量: 7967.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: GPI / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P06744, glucose-6-phosphate isomerase
#19: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#20: タンパク質 eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: F6QKI9
#27: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein / uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#42: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2I3MBB6
#43: タンパク質 eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#46: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#49: タンパク質 Methionine aminopeptidase 1 / MAP 1 / MetAP 1 / Peptidase M 1


分子量: 43274.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1, KIAA0094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53582, methionyl aminopeptidase
#50: タンパク質 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 23406.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACA, HSD48 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13765
#51: タンパク質 Transcription factor BTF3


分子量: 14493.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I2YQL2
#57: タンパク質 eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6
#58: タンパク質 RACK1 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#72: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein / eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#78: タンパク質 uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 AAABADAGAZAaAbAcAdAfAgAhAiAkAlAmAnAoAqArAsAtAuAwAxAy

#53: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / RPS3A


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: O18789
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / uS3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16316.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U472
#77: タンパク質 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#79: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#82: タンパク質 40S ribosomal protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5KTU7
#85: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#86: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#87: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3

-
非ポリマー , 9種, 2965分子

#89: 化合物...
ChemComp-N / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / 1-DEOXY-RIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 214.110 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O7P
#90: 化合物...
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#91: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#92: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#93: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 312 / 由来タイプ: 合成
#94: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#95: 化合物 ChemComp-AAC / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / N-アセチルグリシン


分子量: 117.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3
#96: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#97: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1COMPLEX#1-#880NATURAL
2complex of NAC and METAP1 at the tennel exit of translating ribosomeCOMPLEX#49-#511RECOMBINANT
3Ribosome translating a cytosolic peptideCOMPLEX#1-#48, #52-#881NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
43Homo sapiens (ヒト)9606
53Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
43Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
53Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
20PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21221 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17O7Y

7o7y

17O7Y1PDBexperimental model
22B3K

2b3k

12B3K2PDBexperimental model
37QWR

7qwr

17QWR3PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 115.48 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0014247491
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3429364157
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.025744487
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002423421
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.704112516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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