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- PDB-8p25: Solution structure of a chimeric U2AF2 RRM2 / FUBP1 N-Box -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p25
タイトルSolution structure of a chimeric U2AF2 RRM2 / FUBP1 N-Box
要素Splicing factor U2AF 65 kDa subunit,Far upstream element-binding protein 1
キーワードSPLICING / regulation (規制) / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / ヒドロキシル化 / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / nuclear speck / mRNA binding / positive regulation of gene expression / enzyme binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. ...: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / Far upstream element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hipp, C. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP 1935 #273941853 ドイツ
German Research Foundation (DFG)and SFB 1035 #201302640 ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: FUBP1 is a general splicing factor facilitating 3' splice site recognition and splicing of long introns.
著者: Ebersberger, S. / Hipp, C. / Mulorz, M.M. / Buchbender, A. / Hubrich, D. / Kang, H.S. / Martinez-Lumbreras, S. / Kristofori, P. / Sutandy, F.X.R. / Llacsahuanga Allcca, L. / Schonfeld, J. / ...著者: Ebersberger, S. / Hipp, C. / Mulorz, M.M. / Buchbender, A. / Hubrich, D. / Kang, H.S. / Martinez-Lumbreras, S. / Kristofori, P. / Sutandy, F.X.R. / Llacsahuanga Allcca, L. / Schonfeld, J. / Bakisoglu, C. / Busch, A. / Hanel, H. / Tretow, K. / Welzel, M. / Di Liddo, A. / Mockel, M.M. / Zarnack, K. / Ebersberger, I. / Legewie, S. / Luck, K. / Sattler, M. / Konig, J.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit,Far upstream element-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2961
ポリマ－16,2961
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit,Far upstream element-binding protein 1 / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF(65) / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit ...U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF(65) / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit / FBP / FUSE-binding protein 1 / DNA helicase V / hDH V


分子量: 16296.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker,Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker,Chimeric construct of U2AF2 ...詳細: Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker,Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker,Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker,Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-Box linked by a 14-GS linker
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF2, U2AF65, FUBP1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26368, UniProt: Q96AE4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1152isotropic2(HB)CB(CGCD)HD
1162isotropic2(HB)CB(CGCDCE)HE
132isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
1141isotropic43D HNHA
1102isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic33D 1H-15N NOESY
1122isotropic33D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 100% D2O15N13C_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMChimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMChimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態詳細: 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, pH 6.5, 2mM DTT
イオン強度: 50mM NaCl mM / Label: conditions_NMR / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W., Tonelli M., Markley J. L.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W., Tonelli M., Markley J. L.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospin解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu, and Ad Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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