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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p0x | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the human Commander complex Retriever Subcomplex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | UNKNOWN FUNCTION / alpha solenoid (Αソレノイド) / arrestin fold / phosphoesterase fold / complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retromer, cargo-selective complex / WNT ligand biogenesis and trafficking / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / retromer complex / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / cullin family protein binding / ficolin-1-rich granule membrane ...retromer, cargo-selective complex / WNT ligand biogenesis and trafficking / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / retromer complex / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / cullin family protein binding / ficolin-1-rich granule membrane / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular protein transport / protein transport / late endosome / Neddylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / Neutrophil degranulation / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kumpula, E.P. / Laulumaa, S. / Huiskonen, J.T. | |||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structure and interactions of the endogenous human Commander complex. 著者: Saara Laulumaa / Esa-Pekka Kumpula / Juha T Huiskonen / Markku Varjosalo / 要旨: The Commander complex, a 16-protein assembly, plays multiple roles in cell homeostasis, cell cycle and immune response. It consists of copper-metabolism Murr1 domain proteins (COMMD1-10), coiled-coil ...The Commander complex, a 16-protein assembly, plays multiple roles in cell homeostasis, cell cycle and immune response. It consists of copper-metabolism Murr1 domain proteins (COMMD1-10), coiled-coil domain-containing proteins (CCDC22 and CCDC93), DENND10 and the Retriever subcomplex (VPS26C, VPS29 and VPS35L), all expressed ubiquitously in the body and linked to various diseases. Here, we report the structure and key interactions of the endogenous human Commander complex by cryogenic-electron microscopy and mass spectrometry-based proteomics. The complex consists of a stable core of COMMD1-10 and an effector containing DENND10 and Retriever, scaffolded together by CCDC22 and CCDC93. We establish the composition of Commander and reveal major interaction interfaces. These findings clarify its roles in intracellular transport, and uncover a strong association with cilium assembly, and centrosome and centriole functions. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p0x.cif.gz | 290.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p0x.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8p0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17341MC 8p0vC 8p0wC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73319.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T FlpIn T-REx / 参照: UniProt: Q567U6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 70856.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T FlpIn T-REx / 参照: UniProt: O60826 |
#3: タンパク質 | 分子量: 20531.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T FlpIn T-REx / 参照: UniProt: Q9UBQ0 |
#4: タンパク質 | 分子量: 109700.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T FlpIn T-REx / 参照: UniProt: Q7Z3J2 |
#5: タンパク質 | 分子量: 33049.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T FlpIn T-REx / 参照: UniProt: O14972 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human Commander Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.56 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 55769 詳細: Two datasets were collected from identical grids prepared in the same session. Dataset 1: 20675 movies 50 frames / movie 59 e-/A2 total dose Dataset 2: 35084 movies 45 frames / movie 56 e-/A2 total dose |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 7700000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |