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万見
- PDB-8p0s: Crystal structure HR1 domain of Rho-associated coiled-coil protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0s
タイトルCrystal structure HR1 domain of Rho-associated coiled-coil protein kinases (ROCK-HR1)
要素Rho-associated protein kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Coiled coil / HR1 / Rho kinase / ROCK / PRK / PKN / Rhotekin
機能・相同性
機能・相同性情報


apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / bleb / embryonic morphogenesis / bleb assembly / neuron projection arborization / regulation of cell motility / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / regulation of synapse maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / RHOBTB1 GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of neuron differentiation / RND3 GTPase cycle / motor neuron apoptotic process / tau-protein kinase activity / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / negative regulation of amyloid-beta formation / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of cell adhesion / negative regulation of protein binding / Rho protein signal transduction / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of autophagy / centriole / regulation of cell migration / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Schaffer collateral - CA1 synapse / tau protein binding / neuron projection development / cytoplasmic stress granule / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dubey, B.N. / Dvorsky, R. / Gremer, L. / Vetter, I.R. / Schmitt, L. / Groth, G. / Ahmadian, M.R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01GS08100 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional insights into the p160 Rho-associated coiled-coil-containing protein kinase
著者: Dubey, B.N. / Amin, E. / Dvorsky, R. / Gremer, L. / Moll, J.M. / Wolff, M. / Graewert, M. / Tschapek, B. / Vetter, I.R. / Schmitt, L. / Svergun, D. / Raunser, R. / Groth, G. / Nagel-Steger, L. / Ahmadian, M.R.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1833
ポリマ－32,0292
非ポリマー1541
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.260, 87.070, 148.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated protein kinase 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / ...Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / coiled-coil-containing protein kinase I / ROCK-I / p160 ROCK-1 / p160ROCK


分子量: 16014.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GS is due to the cloning site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% PEG 3350, 150 mM Tri-potassium citrate and 4% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 116242 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 30449

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158:)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.05 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2935 809 5 %
Rwork0.2186 --
obs0.2224 16169 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2199 0 8 25 2232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1392996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.718297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.340.28381310.22812496X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.520.30831330.23352529X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.770.32931340.24922532X-RAY DIFFRACTION99
2.77-3.170.31391340.25862543X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.28821360.19912593X-RAY DIFFRACTION100
4-37.050.27321410.19932667X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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