PDB-8p0l: Crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with an S-linke...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p0l

タイトル

Crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with an S-linked CKII peptide

要素

Protein O-GlcNAcase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / S-GlcNAc / GH84

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Males, A. / Davies, G.J. / Calvelo, M. / Alteen, M.G. / Vocadlo, D.J. / Rovira, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Human O -GlcNAcase Uses a Preactivated Boat-skew Substrate Conformation for Catalysis. Evidence from X-ray Crystallography and QM/MM Metadynamics.
著者: Calvelo, M. / Males, A. / Alteen, M.G. / Willems, L.I. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J. / Rovira, C.

履歴

登録	2023年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p0l.cif.gz	366.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p0l.ent.gz	281.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein O-GlcNAcase

B: Protein O-GlcNAcase

ヘテロ分子

206 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.499, 101.499, 284.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...

分子量: 103020.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#2: 化合物

ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S

#3: 化合物

ChemComp-SER / SERINE / セリン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→284.62 Å / Num. obs: 52629 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
10.31-284.62	13.3	0.032	52629	1	0.012	0.035
2.5-2.58	16.5	0.84	4489	0.843	0.3	0.892

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→95.785 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 12.049 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2711	1571	2.991 %
R_work	0.2158	50954	-
all	0.218	-	-
obs	-	52525	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.059 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→95.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6955	0	14	26	6995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	7165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.644	9759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.504	1.556	14920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.496	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.39	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.029	10	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.086	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.378	10	298
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3725
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.282	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.566	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.952	7.393	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.948	7.393	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.176	13.246	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.175	13.246	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.343	7.378	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.342	7.378	3584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.962	13.554	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.962	13.553	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.632	66.877	8250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.633	66.877	8251

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.419	94	0.369	3736	0.371	3832	0.828	0.843	99.9478	0.362
2.565-2.635	0.373	105	0.348	3594	0.348	3699	0.886	0.887	100	0.333
2.635-2.711	0.339	104	0.313	3518	0.314	3622	0.918	0.918	100	0.296
2.711-2.795	0.403	90	0.308	3414	0.31	3504	0.901	0.92	100	0.287
2.795-2.886	0.342	115	0.259	3303	0.262	3418	0.918	0.946	100	0.238
2.886-2.988	0.287	106	0.244	3224	0.245	3330	0.935	0.954	100	0.22
2.988-3.1	0.37	87	0.238	3077	0.242	3164	0.908	0.957	100	0.212
3.1-3.227	0.282	103	0.229	2975	0.231	3078	0.942	0.962	100	0.209
3.227-3.37	0.261	108	0.219	2865	0.221	2973	0.945	0.967	100	0.202
3.37-3.534	0.306	79	0.213	2754	0.215	2833	0.943	0.971	100	0.198
3.534-3.725	0.257	73	0.217	2639	0.218	2712	0.956	0.973	100	0.206
3.725-3.951	0.243	77	0.204	2488	0.206	2565	0.957	0.975	100	0.196
3.951-4.223	0.231	70	0.18	2386	0.181	2456	0.964	0.98	100	0.174
4.223-4.561	0.227	82	0.148	2156	0.15	2238	0.972	0.986	100	0.144
4.561-4.995	0.194	54	0.141	2048	0.142	2102	0.981	0.987	100	0.138
4.995-5.582	0.197	70	0.155	1853	0.156	1923	0.981	0.986	100	0.152
5.582-6.442	0.297	44	0.21	1666	0.212	1710	0.947	0.975	100	0.208
6.442-7.881	0.295	50	0.242	1424	0.244	1474	0.945	0.963	100	0.241
7.881-11.108	0.254	39	0.184	1131	0.186	1170	0.958	0.979	100	0.191
11.108-95.785	0.339	21	0.344	703	0.344	727	0.939	0.86	99.5873	0.412

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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