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万見
- PDB-8p0i: Crystal structure of the open conformation of insulin-regulated a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0i
タイトルCrystal structure of the open conformation of insulin-regulated aminopeptidase in complex with a small-MW inhibitor
要素Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
キーワードHYDROLASE / insulin regulated aminopeptidase / irap / hsplap / antigen presentation / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / neuropeptide catabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome lumen / Endosomal/Vacuolar pathway / protein catabolic process ...cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / neuropeptide catabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome lumen / Endosomal/Vacuolar pathway / protein catabolic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / protein polyubiquitination / cell-cell signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy ...Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Leucyl-cystinyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Stabilization of the open conformation omicron f insulin-regulated aminopeptidase by a novel substrate-selective small-molecule inhibitor.
著者: Mpakali, A. / Georgaki, G. / Buson, A. / Findlay, A.D. / Foot, J.S. / Mauvais, F.X. / van Endert, P. / Giastas, P. / Hamprecht, D.W. / Stratikos, E.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,77329
ポリマ－200,2802
非ポリマー9,49327
水00
1
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,90816
ポリマ－100,1401
非ポリマー5,76815
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,86513
ポリマ－100,1401
非ポリマー3,72512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.229, 255.121, 73.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form


分子量: 100139.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNPEP, OTASE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIQ6

-
糖 , 4種, 23分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-WC3 / 2-[2-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)-6-(4-methoxyphenyl)pyrimidin-4-yl]oxy-N-methyl-N-[(2-methylpyridin-3-yl)methyl]ethanamide


分子量: 472.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M SPG buffer (Succinic acid, Phosphate, Glycine), pH 9.0 and 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→64.11 Å / Num. obs: 29554 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 117.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07566 / Rpim(I) all: 0.07566 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 7.85
反射 シェル解像度: 3.5→3.5 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.8233 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2970 / CC1/2: 0.426 / CC star: 0.773 / Rpim(I) all: 0.8233 / Rrim(I) all: 1.164 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→64.11 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 1689 -
Rwork0.24 --
obs-29554 99.72 %
原子変位パラメータBiso mean: 117.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→64.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13314 0 622 0 13936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007114271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.092419458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06442336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00652384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.67244954
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.625 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3947 166 -
Rwork0.3689 2970 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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