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- PDB-8p0f: Crystal structure of the VCB complex with compound 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0f
タイトルCrystal structure of the VCB complex with compound 1.
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / Inhibitor / Ligand / PROTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WBN / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bader, G. / Boettcher, J. / Wolkerstorfer, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Drugit: crowd-sourcing molecular design of non-peptidic VHL binders.
著者: Scott, T. / Smethurst, C.A.P. / Westermaier, Y. / Mayer, M. / Greb, P. / Kousek, R. / Biberger, T. / Bader, G. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P.S. / Fuchs, J.E. / Magarkar, A. / Hoenke, C. / ...著者: Scott, T. / Smethurst, C.A.P. / Westermaier, Y. / Mayer, M. / Greb, P. / Kousek, R. / Biberger, T. / Bader, G. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P.S. / Fuchs, J.E. / Magarkar, A. / Hoenke, C. / Gerstberger, T. / Combs, S.A. / Pape, R. / Phul, S. / Kothiwale, S. / Bergner, A. / Waterson, A.G. / Weinstabl, H. / McConnell, D.B. / Meiler, J. / Bottcher, J. / Moretti, R.
#1: ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2023
タイトル: Drugit: Crowd-sourcing molecular design of non-peptidic VHL binders
著者: Scott, T. / Smethurst, C. / Westermaier, Y. / Mayer, M. / Greb, P. / Kousek, R. / Biberger, T. / Bader, G. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P. / Fuchs, J. / Magarkar, A. / Hoenke, C. / ...著者: Scott, T. / Smethurst, C. / Westermaier, Y. / Mayer, M. / Greb, P. / Kousek, R. / Biberger, T. / Bader, G. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P. / Fuchs, J. / Magarkar, A. / Hoenke, C. / Gerstberger, T. / Combs, S. / Pape, R. / Phul, S. / Kothiwale, S. / Bergner, A. / Moretti, R.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22025年5月7日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-C
C: Elongin-B
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Elongin-C
F: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7319
ポリマ－82,8516
非ポリマー8803
水5,927329
1
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-C
C: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8835
ポリマ－41,4253
非ポリマー4582
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17140 Å2
2
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Elongin-C
F: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8484
ポリマ－41,4253
非ポリマー4231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.387, 47.720, 98.756
Angle α, β, γ (deg.)81.70, 76.66, 82.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 3種, 332分子

#4: 化合物 ChemComp-WBN / (3~{R},5~{R})-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-5-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-pyridin-2-yl-piperidine-3-carboxamide


分子量: 422.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30 % PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→95.4 Å / Num. obs: 33557 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.25 Å / Num. unique obs: 1679 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→35.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.401 / SU Rfree Blow DPI: 0.248
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 1680 5.01 %RANDOM
Rwork0.2288 ---
obs0.2302 33550 58.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3305 Å22.1832 Å22.108 Å2
2---2.9881 Å20.9599 Å2
3----5.3424 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 61 329 5828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9520135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3283SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1717HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5625HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion730SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9089SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.16 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 -4.92 %
Rwork0.2886 638 -
all0.2908 671 -
obs--5.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4362-0.9186-1.47940.38690.39420.8477-0.5446-0.4399-0.02690.04730.2723-0.0696-0.00610.02110.27220.15130.16010.0905-0.07240.0097-0.153512.5931-23.779637.9772
25.01720.70930.35431.74450.07312.6055-0.69350.40350.344-0.08780.37290.0818-0.20480.19370.32060.1758-0.0694-0.014-0.12230.0371-0.162432.8596-14.076422.1464
33.5432-1.05850.14842.7087-2.20093.0402-0.56561.18350.4744-0.25660.29240.2584-0.0235-0.0660.27310.112-0.3018-0.18010.07550.212-0.225928.0519-8.45935.861
41.07480.45960.57317.2715-1.8651.7910.08660.09110.0241-0.39640.01690.1237-0.06520.1186-0.10340.04590.07430.0341-0.1083-0.0233-0.109920.6317-9.2606-33.4831
52.68631.2994-0.07334.65151.48513.86010.3244-0.0514-0.08120.3265-0.28910.08180.3164-0.3253-0.03530.0837-0.0026-0.0753-0.12650.0274-0.124512.3566-29.2205-15.8644
62.3071-1.3354-2.251.95622.26865.03710.365-0.1750.01120.7694-0.3949-0.14180.4425-0.14230.02990.2072-0.231-0.0706-0.06450.0494-0.25511.4507-24.72511.4573
70.35010.0973-0.52120.7990.36030.1274-0.1053-0.03470.0165-0.00610.10240.0477-0.0358-0.0220.0029-0.19980.04320.0205-0.11510.1079-0.125610.8964-10.37042.0558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|62 - A|207 }A62 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|16 - B|111 }B16 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|104 }C1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|62 - D|207 }D62 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|16 - E|111 }E16 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|1 - F|104 }F1 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|301 - A|301 D|301 - D|301 }A301
8X-RAY DIFFRACTION7{ A|301 - A|301 D|301 - D|301 }D301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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